孫可望率大軍抵達大理，龍在田與許名臣當(dāng)即大開城門，迎接大西軍的到來。孫可望又命劉文秀領(lǐng)兵征討麗江，連克鶴慶、劍川等城，麗江土司木垚開城獻降，滇西北自此平定。
　　孫可望隨即傳諭各地土司上繳錢糧、供給人役，哪知諭令一下，各地土司瞬間炸了鍋，紛紛抗拒大西軍的號令，負險固守，好不容易才稍稍穩(wěn)定下來的局勢又變得混亂起來。孫可望發(fā)現(xiàn)自己失策，連忙收回諭令，然而卻是收效甚微。
　　就在孫可望焦頭爛額的時候，一個名叫金維新的昆明諸生上書孫可望，曰：“學(xué)生昆明生員金維新俯伏拜叩大西國主千歲，今有滇、黔土司，受沐氏恩威三百年，故凡有征調(diào)，朝呼夕至，今若早迎沐公回省，與之共事，此方為上策。學(xué)生冒昧諫言，望千歲三思，謹(jǐn)此拜表以聞。”
　　這金維新，字公趾，平日里頗有才學(xué)，自詡是諸葛孔明般的人物。先前由于天下大亂，金維新并沒有選擇出仕，而是隱居于山林中，獨善其身。盡管如此，云南的形勢金維新卻是洞若觀火，自從大西軍入滇后，他見大西軍軍力強盛，對百姓更是秋毫無犯，心中頗為欣喜，認為這支軍隊有別于過去那些腐敗的明朝軍隊，可堪大用，遂起了投效之意。
　　讀罷金維新的上書，孫可望這才猛然醒悟，自己居然把云南最重要的精神領(lǐng)袖黔國公沐天波給忘了！高興之余，孫可望對金維新此人大為贊賞，更是將這個名字牢牢記在了心里。孫可望于是趕緊傳令劉文秀率軍趕赴永昌，游說沐天波與大西軍合作。
　　七月，劉文秀抵達永昌城下，隨即派遣使者入城，將繳獲的沐氏世代相傳寶物悉數(shù)歸還，并以“共扶明室，恢復(fù)江山”為詞，勸說沐天波與大西軍聯(lián)合，共同剿滅沙定洲殘部，抵御清軍進犯。
　　沐天波與沙定洲有著不共戴天之仇，這些年來，沙定洲害得他是家破人亡，流離失所。雖早存恢復(fù)之心，卻苦于自己實力有限，無法報仇。今日見大西軍兵強馬壯，劉文秀在書信中言辭態(tài)度也是十分誠懇，又想到大明江山傾頹，抗清終乃大局，遂毫不猶豫地答應(yīng)了。
　　為表示合作的誠意，沐天波派遣世子沐忠罕代表自己前往大西軍中與劉文秀接洽，并發(fā)出檄文，責(zé)成永昌府推官署金騰道印王運開、通判署府劉廷棟向大西軍繳印投降。
　　不料王運開和劉廷棟二人卻是死活不肯歸降，竟捶胸頓足，號啕大哭了好一陣子。而后當(dāng)場撕毀檄令，禁閉府門，拒不奉命。
　　無奈之下，沐天波只得請出永昌府中大小縉紳數(shù)百人前往哀請。哪知王、劉二人已是王八吃秤砣，鐵了心，不論大伙怎么勸，皆是不肯答應(yīng)。消息不脛而走，一時間，城中百姓群情激憤，洶洶咸集于府前，要求他們盡快獻印投降。見民心難違，二人走投無路，遂將大印掛于胸前，在府衙大堂上懸梁自盡，大西軍旋即占據(jù)了永昌。
　　由于沐家世鎮(zhèn)云南，在軍衛(wèi)和土司中享有很高的威望，孫可望因此并沒有收繳沐天波那枚世代相傳的“征南將軍印”，而是讓他行文招撫各地土司。
　　在沐天波的號召下，順寧、蒙化、金齒等土司皆次第來歸，只有東川土司祿萬億和祿萬兆兄弟二人尚在觀望，不肯投降。
　　至此，云南十八府，除蒙自、阿迷州、東川以外，盡皆平定，混亂已久的云南局勢，終于塵埃落定。
　　緊接著，孫可望又選派官吏前往各地赴任，并于沿途設(shè)置馬塘，軍中、地方旦有飛報公文，一晝夜便可到達昆明。
　　大勢已定，孫可望于是留下都督王復(fù)臣駐守干崖、隴川一帶，自率大軍攜黔國公沐天波以及楊畏知等新附之臣，東返昆明。
　　回到昆明后，孫可望當(dāng)即傳諭全滇，曰：“孤率三兄弟，統(tǒng)百萬貔貅，平定云貴！今建國不建統(tǒng)，紀(jì)年不紀(jì)號，惟愿與黔國公沐氏攜手共扶明后，恢復(fù)江山！”
　　緊接著孫可望又重新任命了內(nèi)閣及六部各級官員，在安西元帥李定國、撫南元帥劉文秀以下，仍封沐天波為黔國公，提調(diào)土漢官兵，加云鶴服色；楊畏知為華英殿大學(xué)士兼都察院左都御史；并以嚴(yán)似祖為吏部尚書兼禮部尚書，丁序焜為戶部尚書，任僎為兵部尚書，雷躍龍為刑部尚書，王應(yīng)龍為工部尚書；張虎為錦衣衛(wèi)指揮使，馬兆熙為學(xué)院。
　　同時調(diào)整地方各級政權(quán)結(jié)構(gòu)，滇黔二省的地方官皆由孫可望親自委任。鑒于云南初定，大西軍另在貴州設(shè)立行營，分兵屯駐各地，又收編諸土司之兵數(shù)萬人，一時間大西軍兵馬強盛，精銳之兵近二十萬。
　　八月初，孫可望開始在昆明城中營建王府，他命人拆毀呈貢縣城磚石以為宮墻，腳寬六尺有余，并僭越使用黃瓦紅墻，殿懸五龍，陛雕盤螭。另在宮門外設(shè)通政司，立下馬牌，置天子儀仗，一切皆參照皇家標(biāo)準(zhǔn)。除此之外，還在城郊建太廟祭祀張獻忠，凡有大事必先告之于太廟。
　　直到這時，沐天波方才發(fā)現(xiàn)孫可望根本就沒把大明朝廷放在眼中，打的是扶明抗清的旗號，行的卻是割據(jù)一方之事，與沙定洲相比，竟有過之而不及。無奈黔國公府的實力經(jīng)過沙定洲之亂，早已不同往日，為了不給自己招惹災(zāi)禍，沐天波惟有終日閉門不出，盡量避免與孫可望走得過近，只與楊畏知經(jīng)常保持書信往來，互相傾訴愁腸。