天啟四年正月，杭州有諸生家張燈，不慎火起，延燒房屋，九營兵卒乘亂而起，據(jù)錢塘門外更樓十座。ｗｗ．la當(dāng)時有楊把總，約束營兵勿予亂，被各兵捆綁還營，懸之高竿，欲以弓箭射之，兩游擊好言撫慰乃定。
　　
　　朱由校接到消息后，心里氣得要死，這樣的軍隊，有不如無?？磥碛媒l(wèi)軍來代替衛(wèi)所兵的事要加緊進(jìn)行了。
　　
　　而上次近衛(wèi)軍新招收的士兵，在拱極城訓(xùn)練了這么長的時間，鹿善繼和孫祖壽都認(rèn)為，他們已經(jīng)具有了一定的戰(zhàn)斗能力，欠缺的只是戰(zhàn)場的鍛煉了。
　　
　　朱由校命令這三萬多人全部組成步兵營，一共組成了三十個步兵營。抽調(diào)了九個步兵營前往第一師，與第一師的步兵旅的九個步兵營進(jìn)行混編，組成了六個步兵旅。
　　
　　再從六個步兵旅中抽調(diào)三個步兵旅，組成第四師，由曹文詔任師長，調(diào)到日本及濟(jì)州府。在日本守衛(wèi)的滿桂獨立旅則回到國內(nèi)。
　　
　　獨立旅回國后，從新兵營中抽調(diào)了六個步兵營加入獨立旅，改組成第五師，由滿桂任師長，調(diào)往遼東接替第三師魯欽的部隊。
　　
　　第三師回到國內(nèi)后，加入了九個新兵營混編，新建了第六師，由周遇吉任師長，調(diào)往覺華島接替第二師的防區(qū)。
　　
　　第二師回國后，剩下的六個營加入到里面，混編之后，組建了新的獨立旅，共有六個步兵營，一個騎兵營，由楊光皋任獨立旅旅長，專門負(fù)責(zé)拱衛(wèi)京師。而第二師師長由趙率教接任。
　　
　　混編后的第二師趙率教部和第三師魯欽部，前住山海關(guān)，接下了山海關(guān)的駐防。而山海關(guān)原來的部隊，則由王在晉在鹿善繼和孫祖壽的幫助下進(jìn)行初步的整編，然后由鹿善繼和孫祖壽帶回拱極城進(jìn)行訓(xùn)練。
　　
　　山海關(guān)的明軍部隊極其復(fù)雜，有從甘肅，寧夏，四川各地來的客軍，也有原來遼東的衛(wèi)所兵。按照朱由校的意思，客軍都應(yīng)該回到原籍，以后不再有客軍這種情況。但這一想法被徐光啟等人打消了。
　　
　　徐光啟和黃克纘都認(rèn)為，按籍貫而成軍有大弊端，如今近衛(wèi)軍六師大多是遼東人，如果加進(jìn)一些其它地方的官兵，這樣就可以保證士兵有不同的籍貫，成為大明的近衛(wèi)軍而不是遼東或者某地的近衛(wèi)軍。
　　
　　朱由校自然同意了這樣一個對軍隊的長期建設(shè)有利的建議。于是山海關(guān)原有的近八萬士兵經(jīng)過初步的挑選整編，部分年老體弱者發(fā)放軍費送回原籍以外，余下的七萬士兵全部進(jìn)入京師進(jìn)行訓(xùn)練。
　　
　　皇太極被送到京師時，正是朱由校抽調(diào)新兵，全國換防的時候，所以一直到兩個月后，朱由校才想起這回事，親自接見了皇太極。
　　
　　這種接見顯然不可能在大朝會上進(jìn)行，所以參與接見的人只有內(nèi)閣和六部尚書，地點就設(shè)在云臺。
　　
　　皇太極見到皇帝后，立即跪倒在地，口稱罪臣：“陛下，罪臣努爾哈赤之子皇太極見過吾皇，愿吾皇萬歲萬歲萬萬歲?！?br/>　　
　　這就讓朱由校有些看不懂了。皇太極不是大清開國皇帝嗎？史書上說的雄才偉略可能有些水分，但他接任為汗后，確實在對明的戰(zhàn)爭中占據(jù)極大優(yōu)勢，收服蒙古和朝鮮，這樣的人竟然直接就跪倒叩頭了？