很快，各位大臣出于不同派別的利益，或出于個人的私怨，紛紛開始追究起熊、王失疆的責任來。兵科都給事中蔡思允首先發(fā)難，奏請懲治熊、王及高出、胡嘉棟等人罪。朱由校已經放過熊、王，讓他們“戴罪候處”。高、胡二人在遼沈之戰(zhàn)時為逃將，此次又逃，令“錦衣衛(wèi)拿解來京”。接著，二月十一日，大理寺少卿馮從吾、太常寺少卿董應舉、太仆寺少卿何喬遠三人聯(lián)名上疏，要求逮捕熊、王，“以申國法”。朱由校雖然知道熊廷弼的策略應該是對的，但又深恨熊廷弼辜負他的厚望，竟然沒有稍做抵抗就放棄了關外之地，于是在十三日，批準逮捕王化貞，只是將熊廷弼革職，回家聽候處理。但熊廷弼不愿回家，擔心一離京師，受到東林黨政敵攻擊，加罪于己，他留京可以隨時辯駁種種不實和誣陷之詞。
　　這天，王承恩帶著兩個小太監(jiān)來到熊府。說是熊府，其實是熊廷弼典租的一處小房子，門口門子也沒有，小太監(jiān)上前敲門，熊廷弼的長子熊兆珪開了門問道：“不知公公有何事？”
　　王承恩道：“奉圣諭，著王承恩問熊廷弼幾句話?！?br/>　　熊兆珪道：“公公請?！比缓笤谇懊嬉醭卸鱽淼叫芡㈠龅臅?。熊兆珪在門前輕聲道：“大人，王公公奉旨問話?！?br/>　　書房門“吱呀”一聲打開，熊廷弼滿面愁容地拱手道：“公公請。”王承恩進了書房，站在上方，熊廷弼一拂前襟就要跪下，王承恩道：“不用了，站著回吧?！?br/>　　熊廷弼這才站直身子，低頭聆聽。王承恩說道：“熊廷弼，想當日朕送你前去遼東，殷殷相語，猶在耳旁，遼東事種種，爾可有愧？”
　　熊廷弼“撲通”一聲跪在地上，嘶聲大叫：“皇上，臣有愧呀！臣罪該萬死，請皇上將臣斬殺，傳首九邊，以儆效尤?！?br/>　　王承恩清了清嗓子道：“朕知道你會說有愧，現(xiàn)在說有愧有什么用呢？當時為什么不去廣寧，你不是有五千兵嗎？”
　　熊廷弼連連叩頭：“當日大軍已敗于沙嶺，臣只有五千兵，如果前往廣寧，則城破事小，遼民無辜，盡皆淪為奴手，臣思前想后，只得先護民入關再說。”
　　“你一定會說你是想護送遼民入關，那朕在這里要你摸著自己的良心來說，當時你是不是怕了？王化貞敗了，你是不是很高興？”
　　熊廷弼停頓了一下道：“皇上，臣當時兵少將缺，而建奴敗大軍于沙嶺，臣心畏懼，故不敢前。到于王巡撫之敗，臣只有痛心，嘆國事多艱，不敢有幸災樂禍之想，臣此言出于內心，如有虛假，則子孫后代皆為奴也。”
　　“駱養(yǎng)性說他曾經提醒過你，不可相信孫得功，可有此事？”
　　“確實有此事?！?br/>　　“那為何你不疑孫得功？是誰讓你覺得孫得功可信的？”
　　熊廷弼思考良久道：“臣接錦衣衛(wèi)傳報后，派屬下佟仆年去查過孫得功，他回報說孫得功忠君愛國，一切如常，所以臣以為錦衣衛(wèi)情報有誤，致使釀成如此大禍，臣愧對皇上呀。”