萬(wàn)歷時(shí)期，諍諫之風(fēng)進(jìn)一步發(fā)展，消極因素增多，并由量變到質(zhì)變，正義的外表下隱藏著各種爭(zhēng)權(quán)奪利的算計(jì)。
時(shí)人對(duì)此己有明確的認(rèn)識(shí)。禮部尚書(shū)的于慎行說(shuō)：“近世士大夫以氣節(jié)相高，不恤生死，往往視廷杖戍譴為登仙之路。一遭斥謫，意氣揚(yáng)揚(yáng)，目上趾高，傲視一世，正所謂意氣有加也”。這反映了諍諫的名節(jié)動(dòng)機(jī)。人們看重名節(jié)勝過(guò)一切，把受廷杖、流放視為登仙之路。既使被罷免，也神氣十足。大學(xué)士許國(guó)也憤慨地說(shuō)：“邇來(lái)建言成風(fēng)，可要名，可躐秩，又可掩過(guò)，故人競(jìng)趨之為捷徑，此風(fēng)既成，莫可救止。”這反映的是諍諫的功利動(dòng)機(jī)?？色@得清名，又可以升官，還可以諉過(guò)，一箭多雕。
對(duì)此萬(wàn)歷也心知肚明，他斥責(zé)群臣只會(huì)拿小道消息對(duì)他吹毛求疵，“每每歸過(guò)于上，市恩取譽(yù)。輒屢借風(fēng)聞之語(yǔ)，訕上要直”，對(duì)于真正的問(wèn)題卻視而不見(jiàn)，“鬻貨欺君，嗜利不軌，汝等何獨(dú)無(wú)言，好生可惡”，并一語(yǔ)揭穿了他們的真實(shí)目的是“每每搜揚(yáng)君過(guò)，沽名速遷為？”但言官們依然我行我素，萬(wàn)歷也拿他們沒(méi)有辦法，面對(duì)言官群狼式的圍攻，暴風(fēng)雨式的批判漫罵，只好采取鴕鳥(niǎo)政策，對(duì)類似的奏折，他說(shuō)“此不過(guò)欲沽名爾，若重處之，適以成其名”，于是“卷而封之”，這就是萬(wàn)歷“不批”的由來(lái)。
萬(wàn)歷所謂的“風(fēng)聞之語(yǔ)”指得是立太子的問(wèn)題。這是明代歷史上繼“大禮議”之爭(zhēng)后又一個(gè)著名大論戰(zhàn)，即“國(guó)本之爭(zhēng)”。
明代皇位繼承制度健全，像正德這樣即無(wú)子嗣又無(wú)兄弟的情況都沒(méi)有出現(xiàn)繼位問(wèn)題。萬(wàn)歷朝怎么會(huì)出問(wèn)題呢？據(jù)說(shuō)是因?yàn)槿f(wàn)歷不喜歡他的長(zhǎng)子朱常洛，而想立他所寵愛(ài)的鄭貴妃之子朱常洵為太子。
萬(wàn)歷不喜歡朱常洛母子，因?yàn)樗麄兣c一樁丑事聯(lián)系在一起。萬(wàn)歷九年（1581年）的一天，萬(wàn)歷皇帝像以往一樣來(lái)到了慈圣太后的住處慈寧宮準(zhǔn)備向他的母后請(qǐng)安，不巧的是圣皇太后因事不在慈寧宮中。慈寧宮的一名年僅17歲宮女王氏向19歲的萬(wàn)歷獻(xiàn)茶，萬(wàn)歷見(jiàn)這位宮女端莊秀美、姿色宜人一時(shí)沖動(dòng)寵幸了她。明朝崇尚儒家道德思想，講究禮義廉恥。此事時(shí)間、地點(diǎn)、人物、事件等方面完全不符合儒家倫理道德，對(duì)于飽讀圣賢之書(shū)的萬(wàn)歷來(lái)說(shuō)，這無(wú)疑是一件失禮且令人感到羞愧的事，在他內(nèi)心肯定不想讓人知道這件事。沒(méi)想到王氏十分不給面子，竟然朱胎暗結(jié)，懷了龍種，將皇帝這點(diǎn)隱私暴露在大庭廣眾之下，令他十分難堪。
萬(wàn)歷的生母慈圣皇太后一直期待著皇長(zhǎng)孫的誕生，對(duì)于這次兔子吃窩邊草的事件不僅不見(jiàn)怪，還十分欣喜，1582年6月，她要求萬(wàn)歷承認(rèn)此事，并封宮女王氏為恭妃，萬(wàn)歷本想抵賴，于是太后拿出了太監(jiān)所記內(nèi)起居注，他只好承認(rèn)。同年8月，被冊(cè)封升級(jí)的王恭妃不負(fù)眾望的產(chǎn)下了一個(gè)男嬰，萬(wàn)歷卻一點(diǎn)也高興不起來(lái)。
相比之下，朱常洵的誕生則是真正愛(ài)情的結(jié)晶。公元1582年3月年僅14歲鄭氏被選入宮被冊(cè)封為淑嬪，在以后的兩年里鄭氏依靠她的美貌、聰明和豐富的文學(xué)、詩(shī)詞的各方面的良好修養(yǎng)征服了皇帝，不久就被封為德妃，萬(wàn)歷與鄭氏的感情是真正的愛(ài)情。萬(wàn)歷十四年（1586年）鄭氏為萬(wàn)歷皇帝產(chǎn)下了他們的愛(ài)子朱常洵，萬(wàn)歷大喜過(guò)望，打算晉封鄭德妃為地位僅次于皇后的皇貴妃，而對(duì)于先前已為萬(wàn)歷產(chǎn)下長(zhǎng)子的恭妃王氏卻沒(méi)有得到這樣的待遇。
按說(shuō)皇上晉封妃子和立太子沒(méi)有什么關(guān)系，皇上喜歡哪個(gè)老婆純屬私事。但此時(shí)宮中盛傳萬(wàn)歷欲立與鄭貴妃之子朱常洵為太子，并寫(xiě)有信物交鄭貴妃保存。
按照明代“立嫡、無(wú)嫡立長(zhǎng)、兄終弟極”的繼位制度。朱常洵是沒(méi)有機(jī)會(huì)超過(guò)他的哥哥朱常洛的，然而，一旦皇后去世，鄭貴妃可以升為皇后，這樣按照有嫡立嫡的法則，就可以名正言順地立朱常洵為太子。
國(guó)嘴們相信萬(wàn)歷晉封鄭德妃是為朱常洵接班輔路搭橋。于是紛紛上疏指責(zé)皇帝專寵?quán)嵸F妃，要求按照理論和習(xí)慣應(yīng)當(dāng)先晉封產(chǎn)下皇長(zhǎng)子朱常洛的生母恭妃王氏為皇貴妃，也有人直接要求“冊(cè)立東宮”。對(duì)于言官的指責(zé)，萬(wàn)歷十分生氣，他說(shuō)冊(cè)封貴妃與立儲(chǔ)沒(méi)有關(guān)系，大臣不該把這兩件事聯(lián)系起來(lái)指責(zé)他（冊(cè)封貴妃，初非為東宮起見(jiàn)，科臣奈何訕朕）。
當(dāng)時(shí)朱常洵才四歲，皇后還年輕，還有生子的可能，萬(wàn)歷認(rèn)為“元子?jì)肴酰儋苟?、三年舉行?！辈⒎呛翢o(wú)道理。
東林黨在萬(wàn)歷末期式微后，暗中結(jié)交太子朱常洛，把希望寄托在太子身上，萬(wàn)歷四十八年七月二十一日，萬(wàn)歷駕崩，改朝換代給東林黨帶來(lái)了新的希望。
在萬(wàn)歷病重期間，東林黨人給事中楊漣，御史左光斗擔(dān)心皇位繼承出問(wèn)題，比太子還心急，多次催促首輔方從哲入宮打聽(tīng)消息，甚至要求方從哲夜宿內(nèi)閣以防變故。
過(guò)了兩天，方從哲帶廷臣到皇宮問(wèn)候，此時(shí)萬(wàn)歷病情危重，太子在宮門(mén)外俳佪，沒(méi)有被召見(jiàn)。楊漣、左光斗見(jiàn)此情景，擔(dān)心有變，派人傳話給太子的親信太監(jiān)王安，爭(zhēng)取讓太子進(jìn)宮侍候皇上，以防不測(cè)。太子見(jiàn)楊漣等人如此維護(hù)自己，非常感動(dòng)。不久，萬(wàn)歷去世，遺詔宣布傳位太子朱常洛。
八月一日，太子朱常洛正式即位。朱常洛繼位后，重用東林黨人，東林黨似乎又要東山再起。然而好景不長(zhǎng)，朱常洛剛登上皇位就一病不起，一個(gè)月后去世。
朱常洛這個(gè)倒楣孩子，從小就不被父親待見(jiàn)，被大臣用口水托上了太子的位置上，父親偏偏又是明代在位最長(zhǎng)的皇上，長(zhǎng)期生活在父親的陰影里。好不容易熬出了頭，皇帝的寶座還沒(méi)坐熱就一命嗚呼了。
他的死因，主要是因?yàn)楫?dāng)上皇帝以后腐化墮落得太快，他雖然貴為太子，衣食無(wú)憂，但是在萬(wàn)歷的眼皮底下，必定受到很多約束，難得自由。當(dāng)上皇帝以后，就無(wú)所顧忌，壓抑多年的欲望得到釋放，貪戀女色，縱欲過(guò)度，身體很快就搞垮了。
對(duì)于朱常洛之死，最遺憾是福王朱常洵。他一定在心里想，早不死晚不死，當(dāng)了一個(gè)月皇帝死了，要是早死一個(gè)月，皇位就是我的了。
比福王更遺憾的是李才人，如果常洛不死，自己肯定能當(dāng)上皇貴妃，甚至皇后的位置也指日可待。
比李才人更遺憾的是東林黨人，辛苦經(jīng)營(yíng)了這么多年，終于翻身了，本想擁抱太陽(yáng)，卻迎來(lái)了流星。
嘆息之余，東林黨人對(duì)新皇帝寄予厚望，積極運(yùn)作新皇帝繼位。不過(guò)他們此時(shí)還不知道，這位新皇帝將把他們淹沒(méi)在血泊中。
這位新皇帝叫朱由校，他是光宗朱常洛的長(zhǎng)子。
光宗臨死之前兩次召開(kāi)專門(mén)會(huì)議，交待后事。他指定由朱由校繼位，并封他所寵愛(ài)的李選侍為皇貴妃。
由于光宗后郭氏和朱由校的生母王氏己經(jīng)去世，光宗最寵愛(ài)的李選侍是事實(shí)上的第一夫人，她是光宗在這個(gè)世界上最信任的女人，因此朱由校一直由她負(fù)責(zé)撫養(yǎng)，此次封她為皇貴妃，實(shí)際上是讓她幫襯年輕的朱由校，以達(dá)到制衡朝臣的目的。
李選侍原本想當(dāng)皇后，對(duì)封皇貴妃很不滿，不料光宗死得太快，連皇貴妃的冊(cè)封也沒(méi)有來(lái)得及進(jìn)行，李選侍心有不甘，企圖“攜皇長(zhǎng)子自重”。
而東林黨人也正計(jì)劃“攜天子以令諸侯”。光宗尸骨未寒，東林黨人和李選侍爭(zhēng)奪朱由校的戰(zhàn)斗就打響了。
東林黨人以快打慢。九月一日，就在光宗駕崩當(dāng)天，楊漣等人強(qiáng)行闖入乾清宮，在光宗的遺體面前行過(guò)禮后，要求見(jiàn)朱由校。此時(shí)李選侍將朱由校藏在乾清宮暖閣，光宗親信太監(jiān)、與東林黨交好的王安出面將朱由校騙出暖閣，楊漣等人一見(jiàn)朱由校，立刻拉著往外跑，李選侍派太監(jiān)去搶回，被楊漣等斥退。
楊漣等人將朱由校帶到文華殿，舉行了冊(cè)立太子典禮（此前朱由校還沒(méi)來(lái)得及被冊(cè)立為太子）。禮畢，李選侍派人來(lái)請(qǐng)?zhí)踊厍鍖m，閣臣劉一燝勸說(shuō)朱由校住在慈慶宮，不要回乾清宮。朱由校聽(tīng)從了劉一燝的意見(jiàn)，前往慈慶宮，眾人議定九月六日正式即皇帝位。
周嘉謨對(duì)朱由校說(shuō)，殿下是社稷神人托重之身，不要隨便活動(dòng)，更不要獨(dú)自去乾清宮哭喪，要去的話也要等大臣們到了再一起去。楊漣一再囑咐太監(jiān)王安要保護(hù)好未來(lái)的皇上。王安等表示一定照辦。
朱由校雖然脫離了李選侍，可是乾清宮是皇上居住的地方，要當(dāng)皇帝就必須回乾清宮。東林黨人必須再下一城，將李選侍趕出乾清宮。
第二天，東林黨人左光斗、周嘉謨上疏要求李選侍搬出乾清宮。左光斗的奏疏寫(xiě)得很難聽(tīng)，他說(shuō)，乾清宮是皇帝和皇后居住的地方。選侍即不是嫡母又不是生母，沒(méi)有資格居住在乾清宮，不要借撫養(yǎng)之名，干預(yù)朝政，使武后之禍，再現(xiàn)于今，如果那樣的話，將來(lái)后果會(huì)非常悲慘。
左光斗將李選侍比作武則天，有兩層含義。一是武則天篡位；二是武則天**。武則天本是唐太宗的宮人，太宗死后卻成了其兒子高宗的皇后，左光斗以此影射李選侍與朱由校同住乾清宮可能會(huì)**。
李選侍看后非常生氣，幾次派人傳詔左光斗，左光斗卻不聽(tīng)命，他說(shuō)，我是朝庭命官，天子才有權(quán)利召見(jiàn)我，你有什么權(quán)利召見(jiàn)我。
李選侍更怒，派人請(qǐng)朱由校來(lái)乾清宮商議對(duì)策。當(dāng)時(shí)朱由校己經(jīng)十六歲了，基本成年，他需要獨(dú)立，不希望李選侍管著自己。更重要的是，李選侍曾欺凌過(guò)朱由校的生母王氏，至使王氏于萬(wàn)歷四十七年含憤死去。因此他站在大臣一邊，不肯去乾清宮，反而要求李選侍擇日搬家。
朱常洛在臨死之前，擔(dān)心朱由校駕馭不了局面，有抬高李選侍，讓她撫養(yǎng)并輔助朱由校處理政務(wù)的囑咐。但同時(shí)他又擔(dān)心李選侍專權(quán)而沒(méi)有給予她皇后的名份。這樣就留下了大片的模糊地帶。李選侍名不正言不順，勢(shì)單力薄，一旦臣下抗命，將很難應(yīng)付，而她手中唯一的“王牌”朱由校又嫌她多余，不與她一世。她除了接受現(xiàn)實(shí)，別無(wú)選擇。九月五日，李選侍被迫搬出乾清宮，住進(jìn)了宮女養(yǎng)老所居住的鸞宮。九月六日，朱由校正式即位。
東林黨人在兩代帝王即位過(guò)程中的突出表現(xiàn)，得到了天啟的賞識(shí)，左光斗、劉一燝、周嘉謨等人受到重用，楊漣因在移宮案中表現(xiàn)過(guò)于搶眼，其動(dòng)機(jī)和目的遭人質(zhì)疑，被彈劾下臺(tái)，但沒(méi)過(guò)多久又重新啟用。
一批被萬(wàn)歷處理過(guò)的東林黨人如鄒元標(biāo)、趙南星、高攀龍、王之寀、喬允升、葉向高等也紛紛還朝，擔(dān)任要職。顧憲成己于萬(wàn)歷四十三年死去，不然也應(yīng)重列朝堂。天啟初年，東林黨人布列滿朝，分據(jù)內(nèi)閣、吏部、都察院及六科、十三道各部門(mén)，一時(shí)勢(shì)力大熾。
東林黨當(dāng)權(quán)以后，對(duì)非東林黨人進(jìn)行了報(bào)復(fù)，以梃擊、紅丸、移宮三案（詳細(xì)內(nèi)容見(jiàn)后）為議題，排擠驅(qū)逐非東林黨人。
非東林黨人也不是省油的燈，他們紛紛投靠天啟的親信太監(jiān)魏忠賢，結(jié)成所謂閹黨與東林黨對(duì)抗，很快扭轉(zhuǎn)了被動(dòng)挨打的局面。東林黨人又把矛頭指向魏忠賢，魏忠賢得到天啟的支持，形勢(shì)急轉(zhuǎn)直下，東林黨最終被打入深淵。
魏忠賢，河北肅寧縣人，原名李進(jìn)忠，本己娶妻生子，萬(wàn)歷十七年（1589年），因欠賭資被人追債，不得己將老婆改嫁他人，自行閹割當(dāng)了太監(jiān)。魏忠賢目不識(shí)丁，但為人機(jī)靈，有謀略。他判斷皇長(zhǎng)孫朱由校遲早會(huì)即位，于是竭盡全力接想近這位未來(lái)的皇位繼承人。
朱由校的奶媽客氏，18歲入宮，第二年丈夫去世，成了寡婦，后來(lái)她耐不住寂寞和太監(jiān)魏朝搞得火熱。魏忠賢通過(guò)巴結(jié)魏朝，結(jié)識(shí)了客氏，并由她引薦當(dāng)上了朱由校的母親王才人的典膳，進(jìn)入了朱由校的生活圈子。
沒(méi)想到魏忠賢這小子不厚道，不久就過(guò)河拆橋，當(dāng)起了第三者，與魏朝爭(zhēng)起了客氏。由于魏忠賢屬于成人后才去勢(shì)，娶過(guò)妻生過(guò)子，比起從小就閹割的一般太監(jiān)更象個(gè)男人，憑著這個(gè)生理優(yōu)勢(shì)，魏忠賢贏得了客氏的歡心，戰(zhàn)勝了魏朝。
朱由校從小由客氏帶大，因此對(duì)她感情極深，長(zhǎng)大以后也離不開(kāi)她。所以，當(dāng)上皇帝后不到一個(gè)月就封客氏為“奉圣夫人”，在事實(shí)上取代了李選侍在后宮的位置。在客氏的幫助下，魏忠賢也從惜薪司太監(jiān)的崗位上被提拔為司禮監(jiān)秉筆太監(jiān)。
魏朝看到朱由校繼位后客氏奇貨可居，就想重新奪回客氏。一天晚上，兩人酒后爭(zhēng)搶客氏，叫罵聲被天啟聽(tīng)見(jiàn)。天啟知道客氏心向魏忠賢，就責(zé)備了魏朝。不久魏朝被發(fā)往鳳陽(yáng)，魏忠賢派人將其縊殺。
王安是光宗的親信太監(jiān)，天啟繼位時(shí)也出過(guò)力，深得天啟信任。隨著客、魏地位的上升，與王安形成了競(jìng)爭(zhēng)，雙方矛盾尖銳。
從某種角度上說(shuō)，太監(jiān)也是臣，是內(nèi)臣。宮中太監(jiān)對(duì)權(quán)力的爭(zhēng)奪，比朝臣還要激烈。由于明代外廷大員常與宮中太監(jiān)勾結(jié)，互相影響，朝中宮內(nèi)各種矛盾交織在一起，十分復(fù)雜。
天啟元年四月，天啟帝大婚。東林黨人、閣臣劉一燝上言“請(qǐng)”客氏出皇宮，未果。此事很難說(shuō)沒(méi)有王安的影子，從此，東林黨與魏忠賢結(jié)下了梁子。
七月，給事中霍維華聽(tīng)說(shuō)王安和魏忠賢勢(shì)如水火，為巴結(jié)魏忠賢，上疏彈劾王安。魏忠賢矯詔允告，將王安“降作凈軍，發(fā)去南海子，看守墻鋪”。魏忠賢又借刀殺人，派王安的死對(duì)頭，太監(jiān)劉朝任南海提督。劉朝到任后立刻對(duì)王安下手，他先是停了王安的伙食，想把他餓死，可是王安生存能力很強(qiáng)，到處挖野菜充饑，三天還沒(méi)餓死。劉朝等得不耐煩了，命人將其縊殺。
年底，閣臣劉一燝、吏部尚書(shū)鄭嘉謨利用職權(quán)報(bào)復(fù)霍維華，將其降調(diào)陜西僉事。
霍維華同黨，給事中孫杰彈劾一燝、嘉謨。認(rèn)為霍維華沒(méi)有過(guò)失，一燝、嘉謨此舉是為了給王安報(bào)仇，是徇私枉法。在魏忠賢運(yùn)作下，二人被免。
雙方你來(lái)我往，互不相讓，萬(wàn)歷末期的黨爭(zhēng)局面又死灰復(fù)燃，重新熾熱起來(lái)。
從天啟三年（1623年）起，東林黨人與其他派系矛盾激化，這年初，東林領(lǐng)袖趙南星新任左都御史，他利用六年一次的京察算舊帳，許多過(guò)去反對(duì)過(guò)東林集團(tuán)的人被罷黜。同年晚些時(shí)候，趙南星出任吏部尚書(shū)，他到任后立即開(kāi)始從全國(guó)特別是從北京的政府中根除他和他朋友的對(duì)手。
東林黨的活動(dòng)升級(jí)，引起了天啟的注意，這年，他任命魏忠賢兼掌東廠，就有整治結(jié)黨的用意。
天啟四年春，魏忠賢將東林黨人內(nèi)閣中書(shū)汪文言下獄，開(kāi)始對(duì)東林黨下手。魏忠賢為什么會(huì)拿無(wú)名小卒汪文言開(kāi)刀呢，因?yàn)橥粑难詫?shí)在是一個(gè)很不簡(jiǎn)單的人物。
萬(wàn)歷末年，就在東林黨日暮西山的時(shí)候，有一顆新星冉冉升起，挽東林于危亡，這個(gè)人就是汪文言。
汪文言，安徽歙縣人，是繼顧憲成、李三才之后，東林黨又一個(gè)著名的活動(dòng)家。此人既非官員，也無(wú)功名，但為人講義氣，有智謀，善權(quán)變。
汪文言曾在縣衙里當(dāng)差，從事過(guò)獄訟相關(guān)工作，收點(diǎn)錢(qián)，打通關(guān)節(jié)，撈個(gè)人這樣的事自然少了不，因此在工作中培養(yǎng)了很強(qiáng)的“活動(dòng)”能力。一次偶然的機(jī)會(huì)，他結(jié)識(shí)了閑居在鄉(xiāng)的東林黨官員于玉立。于玉立很欣賞他，派他到京城活動(dòng)，為了方便他開(kāi)展工作，于玉立還花錢(qián)替他捐了一個(gè)監(jiān)生的資格，讓他進(jìn)了國(guó)子監(jiān)。
國(guó)子監(jiān)這個(gè)舞臺(tái)使汪文言如魚(yú)得水，他的活動(dòng)能力得到發(fā)揮，很快就和大量官員建立了密切關(guān)系，史書(shū)記載他“游諸賢豪間，恂恂若無(wú)所為者。躡足孱語(yǔ)，時(shí)見(jiàn)端緒”，汪文言躡手躡腳的樣子與水滸傳中的時(shí)遷有幾分相似，因此他在《東林點(diǎn)將錄》中被稱為鼓上蚤汪文言。
汪文言最重要的一項(xiàng)活動(dòng)成果，是與光宗的近侍、東宮伴讀太監(jiān)王安深相結(jié)納，溝通了東林黨和太子聯(lián)系的渠道，從而獲得太子的支持。萬(wàn)歷病危時(shí)，東林黨人跳得很高，積極為太子順利接班保駕護(hù)航，之所以如此有恃無(wú)恐，根源在此，這個(gè)成果也為東林黨后來(lái)的翻盤(pán)奠定了基礎(chǔ)。
汪文言對(duì)東林黨的另外一個(gè)重要貢獻(xiàn)是分化了東林黨的對(duì)手。萬(wàn)歷末年，東林黨人像是過(guò)街老鼠，處于人人喊打的境地，日子很難過(guò)。汪文言認(rèn)真分析了形勢(shì)，認(rèn)為東林黨人敗退后，其他黨派會(huì)因分贓不均產(chǎn)生矛盾，只要利用他們之間的矛盾，設(shè)計(jì)用間，就不難把他們搞垮。于是他在各黨之間奔走，設(shè)疑布謠，大搞離間活動(dòng)，加劇了浙、齊、楚、昆、宣各黨的分裂和內(nèi)斗，從而削弱了非東林黨人的力量，減輕了東林黨的壓力。
正因?yàn)槿绱?，浙、齊、楚、宣各黨對(duì)其狠之入骨，欲除之而后快。王安被殺后，順天府府丞邵輔忠，立即彈劾汪文言，剝奪了他的監(jiān)生資格。汪文言剛剛離開(kāi)京城，又被御史梁夢(mèng)環(huán)彈劾，被捕下獄，受盡牢獄之苦，后經(jīng)東林黨組織營(yíng)救出獄。獲釋后，汪文言并沒(méi)有收斂，活動(dòng)更加頻繁，經(jīng)常門(mén)庭若市。
泰昌、天啟年間，東林黨勢(shì)力大熾，在外廷倚仗劉一燝，在內(nèi)宮靠王安撐腰，汪文言從中交通聯(lián)絡(luò)，后來(lái)大學(xué)士葉向高破格任用汪文言為內(nèi)閣中書(shū)，相當(dāng)于內(nèi)閣的辦公室主任。
汪文言雖然官小，但他杰出的活動(dòng)能力使他成為東林黨實(shí)際上的組織者和靈魂人物。
汪文言的活動(dòng)早己引起了魏忠賢的注意，魏忠賢磨刀豁豁向文言，苦于找不到借口，無(wú)法下手。
天啟四年四月，東林黨人阮大鋮與左光斗、魏大中因人事問(wèn)題產(chǎn)生矛盾，轉(zhuǎn)投魏忠賢集團(tuán)，他唆使依附閹黨的給事中傅櫆上書(shū)彈劾左光斗、魏大中，說(shuō)他們與汪文言暗中勾結(jié)，專搞陰謀詭計(jì)。
魏忠賢見(jiàn)疏大喜，立即草詔一道，經(jīng)天啟批準(zhǔn)后迅速發(fā)下，將汪文言逮捕，關(guān)進(jìn)詔獄。他們希望從汪文言身上打開(kāi)突破口，以便將東林黨人一網(wǎng)打盡。
東林黨人急忙止血，魏大中、左光斗上疏力駁，首輔葉向高也挺身堵槍眼，他上疏說(shuō)，汪文言是我任用在內(nèi)閣辦事的，他的錯(cuò)責(zé)任在我，請(qǐng)皇上懲罰我一個(gè)人就行了，不要牽扯其它人，“以消縉紳之禍”。
葉向高以辭職相威脅，把所有責(zé)任扛在自己身上，不惜犧牲自己來(lái)保護(hù)組織，魏忠賢無(wú)可奈何，只好作罷。在東林黨人御史黃尊素的活動(dòng)下，汪文言被從輕發(fā)落，僅以“梃杖褫職”了事。
魏忠賢出手打擊汪文言對(duì)東林黨人震動(dòng)很大。盡管東林黨人與魏忠賢集團(tuán)長(zhǎng)期齟齬，但這些斗爭(zhēng)都是針對(duì)個(gè)別人，涉及到的人物也都無(wú)關(guān)緊要，這次魏忠賢對(duì)汪核心舞劍，意在整個(gè)東林，與以往有本質(zhì)的區(qū)別，東林黨人對(duì)此深感不安。
天啟四年（1624年）上半年，汪文言事件后不久，東林黨人在北京召開(kāi)秘密會(huì)議，討論魏忠賢的問(wèn)題。
東林黨內(nèi)部就是否與魏忠賢攤牌意見(jiàn)不一，相當(dāng)一部分人忌憚魏忠賢的權(quán)勢(shì)，擔(dān)心打狗不成反被狗咬，不贊成對(duì)魏忠賢發(fā)起攻擊。
左副都御史楊漣為人激進(jìn)，又曾在天啟即位時(shí)有逼宮壯舉，有恃無(wú)恐，他力排眾議，主張向魏忠賢開(kāi)戰(zhàn)。
六月一日，楊漣上疏攻擊魏忠賢，彈劾魏忠賢二十四大罪，包括擅權(quán)、迫害忠臣、干預(yù)人事任免、謀殺宮中異己、強(qiáng)迫皇后墮胎、絕帝〔天啟皇帝〕嗣子等。
楊漣奏章直斥天啟與魏忠賢、客氏的三角關(guān)系，指出魏忠賢權(quán)大震主，人們怕禍不敢反映意見(jiàn)，魏忠賢偶爾“奸狀敗露”，又有客氏“為之彌縫”。批評(píng)皇上政務(wù)過(guò)于依賴魏忠賢，造成大量無(wú)恥朝臣對(duì)魏忠賢“攀附枝葉，依托門(mén)墻，更相表里，迭為呼應(yīng)”，以至于人人“但知有忠賢，不知有陛下”，楊漣還使出了激將法，質(zhì)問(wèn)皇上正值“春秋鼎盛”之年，“生殺予奪，豈不可以自主？”
最后，楊漣提出了自己的要求，請(qǐng)皇上將魏忠賢交刑部議處，“以正國(guó)法”，并將奉圣夫人客氏驅(qū)逐出宮。
奏疏一出，京師為之震動(dòng)。此后東林黨人炮火源源不斷，揭發(fā)魏忠賢罪狀的奏疏雪片一樣送進(jìn)宮中。
盡管楊漣等人的火力很猛，可他注定是要失敗的，因?yàn)榻Y(jié)黨本身是有問(wèn)題的，任何一個(gè)帝王都不會(huì)允許，對(duì)東林黨的處罰，是天啟本人的意思，魏忠賢雖然起到了參謀助手作用，并具體負(fù)責(zé)執(zhí)行，但最終決策權(quán)還是牢牢掌握在天啟手中，魏忠賢不過(guò)是皇帝的一只狗而己，皇上讓他咬誰(shuí)，他就咬誰(shuí)。
毫無(wú)懸念，楊漣受到天啟“嚴(yán)旨切責(zé)”，天啟批評(píng)他的動(dòng)機(jī)是“屏逐左右，使朕孤立”，以便控制皇上。在天啟的支持下，魏忠賢對(duì)上疏的東林黨人進(jìn)行大規(guī)模的反擊。
工部官員萬(wàn)燝，曾任職皇陵工程，他控告魏忠賢不肯拿出內(nèi)官監(jiān)的舊銅器建筑光宗的陵墓，而在香山碧云寺為自己建造的墳?zāi)箙s很宏大，跟皇陵不多。
萬(wàn)燝的立論奇特，而且上疏時(shí)間在皇帝屢次“嚴(yán)旨切責(zé)”之后，屬于頂風(fēng)作案。
被朝臣彈劾搞得焦頭爛額的魏忠賢正無(wú)處出氣，決定殺雞駭猴，拿萬(wàn)燝立威，于是萬(wàn)燝被罰午門(mén)前杖一百，罷斥為民。
六月十七日，一幫內(nèi)侍闖入萬(wàn)燝家，將萬(wàn)燝抓往午門(mén)。
從萬(wàn)燝家到午門(mén)有三四里路，魏忠賢公報(bào)私仇，讓內(nèi)侍們先上點(diǎn)小菜，一路上對(duì)萬(wàn)燝拳打腳踢棍毆，把萬(wàn)燝打了個(gè)半死。到午門(mén)后，開(kāi)始上大餐，內(nèi)侍們趁熱打鐵，行梃杖時(shí)格外賣力，將萬(wàn)燝打得死去活來(lái)，萬(wàn)燝身受重傷，不久死去。
此后，對(duì)東林黨的打擊不斷擴(kuò)大，由點(diǎn)到線，由線到面，一批東林黨人受到處理。
七月，葉向高被逼去職。
十月，趙南星、高攀龍、魏大中因人事問(wèn)題被罷黜。
同月，因吏部尚書(shū)趙星南的繼任人選問(wèn)題將楊漣、左光斗、陳于廷削籍（永不錄用）。
十一逐斥接替葉向高的首輔韓爌
十二月逐斥接替韓爌的首輔朱國(guó)楨，首輔之位落入魏忠賢集團(tuán)的顧秉謙手中。
天啟五年（1625年），打擊東林黨的行動(dòng)掀起**，許多反對(duì)東林黨的人與魏忠賢結(jié)合在一起，展開(kāi)了對(duì)東林黨的大圍剿。為了明確打擊目標(biāo)，東林黨的反對(duì)者們制定了黑名單，獻(xiàn)給魏忠賢，以便定點(diǎn)清除。
魏廣微和顧秉謙搞了一本《縉紳便覽》，其中將葉向高、趙南星、高攀龍、楊漣、左光斗等一百余人列為邪黨，將賈繼春、霍維華、徐大化等六十多名反對(duì)過(guò)東林黨的人列為正人。
崔呈秀搞了兩本：一本是《同志錄》，收錄東林黨人名單。一本是《天鑒錄》，收錄東林黨反對(duì)者名單。
最精彩的要數(shù)王紹徽編的《點(diǎn)將錄》，王紹徽是老牌東林黨反對(duì)者，從萬(wàn)歷三十七年就和第一代東林黨人掐過(guò)架。他編的《點(diǎn)將錄》將東林黨一百零八人按其特征分別對(duì)應(yīng)《水滸傳》中的一百零八將，十分傳神。
大批東林黨人被揭發(fā)出來(lái)，成了禿子頭上的虱子，無(wú)處躲藏，魏忠賢集團(tuán)按圖索驥，定點(diǎn)清除，東林黨的勢(shì)力跌到了低谷。
在打擊東林黨的同時(shí)，魏忠賢起用非東林黨人填補(bǔ)東林黨人留下的空缺，一批曾經(jīng)被東林黨人打擊過(guò)的官員紛紛官?gòu)?fù)原職，為了防止東林黨人阻撓，此時(shí)的人事任免一般都是通過(guò)皇帝中旨的方式下達(dá)，而不是通過(guò)傳統(tǒng)的由內(nèi)閣票擬的手續(xù)。