馬耀南出生于山東省長山縣（今鄒平）的一個農(nóng)民兼手工業(yè)的家庭。父親為私塾教師，母親也知書達(dá)理。他自幼就受到家庭中關(guān)于忠孝節(jié)義的傳統(tǒng)教育。少年時代，目睹德國入侵山東，占領(lǐng)青島，在山東土地上筑路開礦，為所欲為。

    第一次世界大戰(zhàn)結(jié)束，中國當(dāng)局屈從帝國主義擺布，同意日本取代德國在山東的權(quán)利，年僅17歲的馬耀南義憤填膺。他在日記中寫下了“我們要把帝國主義趕出去，我們要做真正的中國人”的豪情壯志。他進(jìn)入山東省立濟南第一中學(xué)后，積極參加愛國反帝活動。他同進(jìn)步同學(xué)組織了“反日會”和反對日本侵略的游行，并組織同學(xué)到商埠宣傳抵制日貨和查封日貨。在省立一中期間，他還參加了山東早期的共產(chǎn)黨人鄧恩銘、王藎美組織的“馬克思學(xué)說研究會”活動，接受到一些共產(chǎn)主義的啟蒙教育。馬耀南后來考入天津北洋大學(xué)讀機械工程專業(yè)。在大學(xué)里，他是一位思想活躍、社會活動能力強的學(xué)生。他很快成為大學(xué)學(xué)生會負(fù)責(zé)人，并成為天津市學(xué)生聯(lián)合會的負(fù)責(zé)人之一。

    1930年出席國民黨的三大期間，目睹親歷了國民黨內(nèi)賄賂拉票的腐敗行徑。他當(dāng)機立斷，宣布退出國民黨。他回到天津，積極參加倒蔣活動。蔣介石便宣布馬耀南“親共反蔣”并通令緝捕。馬耀南為逃避通緝，先是跑到河北永清縣中學(xué)教書，嗣后，又被聘到南通大學(xué)任教。1933年，他受家鄉(xiāng)長山縣各界聯(lián)名邀請，回到故鄉(xiāng)出任長山中學(xué)校長。他立志為國家培育有用人才，走教育救國之路。在他出任長山中學(xué)校長后，提出了一系列新的辦學(xué)方針。他把掛了多少年的那塊“學(xué)校重地、閑人免進(jìn)”的牌子摘掉，一方面歡迎民眾到學(xué)校參觀，另方面還帶領(lǐng)學(xué)生走出校門，或掃街或修路，加強同民眾的聯(lián)系。

    1937年盧溝橋事變不久，北平和天津相繼失守，日寇從南北兩方進(jìn)攻。馬耀南決心投筆從戎，抗日救國。他在當(dāng)年8月15日的日記中寫道：“上海炮火異常兇猛，全國已入血戰(zhàn)狀態(tài)。自顧尚在此安逸消閑，能不愧死！自即日起，當(dāng)特別振奮，求有所報命國家，獲取較大代價之犧牲，方不愧生世間?！?br/>
    同年底，中共山東省委派遣地下黨員姚仲明、紅軍干部廖容標(biāo)和地下黨員趙明新三人先后到長山中學(xué)，并建立起以姚仲明為組長的黨小組。

    姚仲明、廖容標(biāo)和趙明新到達(dá)長山，馬耀南安排他們?nèi)藶殚L山中學(xué)的教員。馬耀南對姚仲明他們?nèi)吮硎荆骸澳銈兙头攀指砂?，國民黨縣黨部和縣政府來找麻煩由我頂著。”

    1937年12月24日，日軍飛機轟炸了長山城，炸彈落在了長山中學(xué)和縣政府附近。

    長山中學(xué)的黨組織召開緊急會議，決定把師生拉到長山九區(qū)的衛(wèi)固一帶進(jìn)行抗日，并打出山東人民抗日救國軍第五軍的番號。會議還決定由馬耀南任司令，廖容標(biāo)任副司令，姚仲明任政委。

    次日，他們分頭行動。姚、廖帶領(lǐng)師生去衛(wèi)固，馬耀南赴二區(qū)和八區(qū)聯(lián)絡(luò)人員和籌備糧款。姚仲明和廖容標(biāo)帶著百人師生到達(dá)衛(wèi)固黑鐵山下的太平莊住了下來。第二天在村小學(xué)集合全體師生，姚仲明宣讀了《告同胞書》，宣布建立中國人民抗日救國軍第五軍。

    五軍的旗號打出之后，就像一塊巨大磁石，吸引著四面八方抗日救國的有志之士。他們紛紛向黑鐵山聚集。原長山縣政府所屬的武裝大隊，與南逃的縣政府失去聯(lián)系，為求生存，也投奔了黑鐵山。馬耀南和姚仲明從團結(jié)各界人士聯(lián)合抗戰(zhàn)出發(fā)，當(dāng)即表示歡迎。這樣一來，五軍編了三個中隊，隊伍近400人，有槍200余支。

    剛過了1938年元旦，日軍占領(lǐng)了長山城。為鼓舞軍民斗志，打擊日軍的囂張氣焰，在馬、姚的策劃下，由廖容標(biāo)率30名隊員，化裝成農(nóng)民，夜襲長山城，且一舉成功。守城的33名偽軍被一網(wǎng)打盡，收繳步槍17支和一些彈藥。此后不久，五軍又在小清河上的陶唐口伏擊了日軍的一艘軍船。日軍地區(qū)司令松井山林中將為首的12名日軍全部被擊斃。兩次勝利，鼓舞了五軍士氣和群眾的抗日熱情，同時也震動了山東的日寇。

    至1938年4月，五軍隊伍擴大到5000人之眾。經(jīng)過統(tǒng)一編制，組建成七個支隊，下轄30個中隊。其中第一支隊司令員馬天民是馬耀南的三弟，第七支隊司令員馬曉云是馬耀南的二弟。因而，在抗日戰(zhàn)爭中魯北地區(qū)人民皆稱之為“一馬三司令”，并廣為流傳著稱頌馬家三兄弟的歌謠：“一馬三司令，得了抗日病。齊心打日本，保衛(wèi)老百姓。”

    1938年5月，五軍攻克了鄒平城。在馬耀南主持下，鄒平第一次選舉了縣長。

    1938年6月16日在鄒平城舉行了五軍整編大會。山東抗日救國軍第五軍正式整編為八路軍第三支隊，司令員馬耀南，政治委員霍士廉，副司令員楊國夫。下轄三個團一個營。

    馬耀南身為司令，始終堅持平易近人與士兵同甘共苦。他待士兵一貫像兄長待兄弟，老師對學(xué)生一樣關(guān)心愛護(hù)。原來長山中學(xué)的學(xué)生兵，仍然親切地喊他馬校長。部隊到了缺水的山區(qū)，找到一點水，都要分著飲，馬司令從不例外。有的山區(qū)群眾吃的是“灣水”，也就是村邊池塘里流聚的雨水。部隊到那里，都要同群眾一樣吃“灣水”。有的戰(zhàn)士不習(xí)慣，馬司令就帶頭喝。馬司令口腔生瘡，吃煎餅難咬。司務(wù)長為他炒個雞蛋，受到嚴(yán)厲的批評。最后，只好把雞蛋給別的病號吃。

    馬司令善于對每次戰(zhàn)斗進(jìn)行總結(jié)，從中找出成功和失敗的經(jīng)驗與教訓(xùn)。因而他由一介書生迅速鍛煉成為一位機智勇敢、多謀善斷、指揮得當(dāng)?shù)能娛轮笓]員。在他經(jīng)歷和指揮的幾十次大小戰(zhàn)斗中，絕大多數(shù)他都是勝利者。

    1938年10月，由邊區(qū)省委書記郭洪濤和特委書記霍士廉介紹，馬耀南加入了中國共產(chǎn)黨。

    1939年6月初，日軍糾結(jié)5000余人，配有各種炮10余門，汽車20余輛，突然包圍了駐守在鄒平縣劉家井一帶的三支隊。敵人大兵壓境，三支隊處境十分險惡。在馬耀南司令和楊國夫副司令的指揮下，我軍上下同仇敵愾，頑強反擊日軍，并多次同日寇進(jìn)行英勇悲壯的肉搏戰(zhàn)。最后，斃傷日軍井口司令以下日偽軍共800余人，隨之撤出戰(zhàn)斗。當(dāng)年7月21日，部隊轉(zhuǎn)移到桓臺縣牛旺莊，又遭日寇三面包圍。我軍經(jīng)一晝夜英勇戰(zhàn)斗，決定向東轉(zhuǎn)移。并決定馬司令先撤，楊副司令掩護(hù)、斷后。22日當(dāng)馬司令一行騎馬撤到緊靠牛旺莊東側(cè)的大寨村時，突遭日軍伏兵射擊。馬司令身負(fù)重傷落馬，爬行到一墻腳，用手槍擊斃數(shù)名日軍。當(dāng)一日軍企圖用刺刀殺害馬司令時，馬司令用最后一顆子彈把那敵人的手臂打斷，并拖倒敵人用手槍擊破敵人的腦殼，自己也因流血過多而壯烈殉國。年僅37歲。

    為紀(jì)念馬耀南的功績，1946年，中共渤海區(qū)黨委將長山縣更名為耀南縣。