黃巢率軍追趕官兵，向長(zhǎng)安方向進(jìn)軍，很快攻入重鎮(zhèn)華州（陜西華縣）。潼關(guān)天險(xiǎn)都丟了，此時(shí)的華州主將也無(wú)心抵抗，望風(fēng)而逃。黃巢留下部將喬鈐把守華州。
起義軍的勢(shì)頭很猛，繼續(xù)前往攻打長(zhǎng)安，首先擋道的是駐守蒲州的河中節(jié)度使李都（冶所在山西永濟(jì)縣，也稱蒲州府），但他基本未做抵抗，率部投降了黃巢的軍隊(duì)。河中都虞侯王重榮雖然不很愿意，但也隨大流一起歸順農(nóng)民軍。
這個(gè)王重榮也不簡(jiǎn)單，是河中的人。他的父親王縱擔(dān)任過(guò)河中騎將，因參與大破回鶻軍有功，升任鹽州刺史。王重榮也因?yàn)槠涓傅脑虺蔀檐娦?，他與兄長(zhǎng)王重盈二人都很勇猛，被提拔為河中牙將。但王重榮善于玩弄權(quán)術(shù)和陰謀詭計(jì)，也很嚴(yán)格，軍士們懼怕他，就連軍中主將李都也對(duì)他有所忌憚，他也很快升任河中都虞侯。
黃巢本想讓李都繼續(xù)擔(dān)任河中節(jié)度使，但李都因忌憚王重榮，不愿意接受任命。黃巢就任命王重榮為河中留后，王重榮實(shí)際掌管河中事務(wù)，黃巢這個(gè)不明智的決策竟然為此后留下巨大的禍患。
朝廷對(duì)農(nóng)民軍的進(jìn)軍速度感到很吃驚，大臣們還希望以和為主。（880年）十二月初四，唐僖宗頒下詔書(shū)，授予黃巢天平節(jié)度使的官職，還在妄想收買(mǎi)黃巢。
這唐僖宗也不睜開(kāi)龍眼看看，此一時(shí)彼一時(shí)也，黃巢的目標(biāo)已經(jīng)是金鑾殿了，此時(shí)才不稀罕節(jié)度使這個(gè)官職。
農(nóng)民軍離京城不遠(yuǎn)了，宦官田令孜慌了，他害怕被追究責(zé)任，奏請(qǐng)把主戰(zhàn)派的宰相盧攜貶為太子賓客，實(shí)際上是把盧攜作為替罪羊了。
唐僖宗又在他的建議下，任命王徽為戶部侍郎，原戶部侍郎裴澈改任為工部侍郎，二人都為同平章事（宰相級(jí)）。裴澈是前宰相裴休的侄子。
而當(dāng)天晚上，被貶官的盧攜回到家后，喝毒藥自殺而死，也算是畏罪自殺了。
黃巢的前鋒軍隊(duì)已入長(zhǎng)安地界，百姓和官員都紛紛躲藏。田令孜建議唐僖宗趕快逃走，他率領(lǐng)五百名神策軍士護(hù)衛(wèi)著唐僖宗，自金光門(mén)出城，當(dāng)時(shí)只有福王、穆王、澤王、壽王及幾個(gè)妃嬪跟隨鑾駕，其余百官竟無(wú)人知道皇帝去哪里。
（唐長(zhǎng)安城有十二座城門(mén)，南面正中為明德門(mén)，東西分別為啟夏門(mén)和安化門(mén)，東面正中為春明門(mén)，南北分別為延興門(mén)和通化門(mén)，西面正中為金光門(mén)，南北分別為延平門(mén)和開(kāi)遠(yuǎn)門(mén)。其中，開(kāi)遠(yuǎn)門(mén)、延興門(mén)、金光門(mén)合稱三大主城門(mén)）
唐僖宗出了長(zhǎng)安，馬車晝夜不停地奔走，隨從人員大多跟不上。十二月初五，唐僖宗逃到咸陽(yáng)，不敢停留，再向漢中逃跑。當(dāng)唐僖宗的車駕遠(yuǎn)去后，長(zhǎng)安城中已經(jīng)得知，軍士及百姓爭(zhēng)先恐后地闖入皇宮，自取金銀財(cái)物。
黃巢的前鋒將領(lǐng)柴存率軍進(jìn)入長(zhǎng)安城，兵不血刃占領(lǐng)長(zhǎng)安，隨后，唐金吾大將軍張直方?jīng)Q定投靠黃巢，他率文武官員數(shù)十人，主動(dòng)前往霸上迎接黃巢進(jìn)城。
黃巢此時(shí)的派頭十足，再也不是昔日南跑北奔的土相。他坐著用黃金裝飾的轎子，身邊的人全都披著頭發(fā)，穿著紅絲錦繡做的衣裳。騎兵列隊(duì)行進(jìn)，輜重車輛滿大街都是，農(nóng)民軍延綿千里，絡(luò)繹不絕。
黃巢派大將朱溫領(lǐng)兵駐扎在東渭橋，保護(hù)長(zhǎng)安的安全。封尚讓為平唐大將軍，農(nóng)民起義軍浩浩蕩蕩，綿延千里從洛陽(yáng)到達(dá)長(zhǎng)安。
長(zhǎng)安城的百姓不知道起義軍是什么樣的，都來(lái)圍觀，尚讓趁機(jī)宣傳農(nóng)民軍是為百姓的軍隊(duì)，希望百姓不要恐慌。
黃巢進(jìn)城后，沒(méi)有直接進(jìn)皇宮，而是住在宦官田令孜的府中，田令孜權(quán)傾一時(shí)，府第自然不差。
農(nóng)民軍中的很多人都做過(guò)占山為王的大王，開(kāi)始在城里還受軍紀(jì)的約束，但幾天后，就開(kāi)始大肆搶劫，遇到看不順眼的人就殺，當(dāng)時(shí)的長(zhǎng)安城內(nèi)死尸到處都是。
黃巢也想制止胡亂搶劫和濫殺無(wú)辜的行為，但管不住。農(nóng)民軍尤其憎恨唐朝的官吏，因此，沒(méi)逃走的官吏很多都被殺死。黃巢還下令把留在長(zhǎng)安的唐朝宗室全部殺光，目的是為了斷絕李家的皇室血脈。
農(nóng)民起義軍的弱點(diǎn)在這個(gè)時(shí)候也都暴露出來(lái)，他們急于稱帝封官享受。880年十二月十二日，黃巢進(jìn)入皇宮居住，十三日在長(zhǎng)安含元殿稱皇帝，國(guó)號(hào)“大齊”，大赦天下。由于沒(méi)有樂(lè)器，尚讓用幾百個(gè)戰(zhàn)鼓替代樂(lè)器，奏響登基大典的國(guó)樂(lè)。
此時(shí)的黃巢可以用一首詩(shī)來(lái)表達(dá)復(fù)雜的心情：
昔日齷齪不足夸，今朝放蕩思無(wú)涯
春風(fēng)得意馬蹄疾，一日看盡長(zhǎng)安花。
長(zhǎng)安自古就是風(fēng)水寶地，皇帝輩出。黃巢今日高管得做、駿馬得騎，真可謂：
意氣風(fēng)發(fā)不可言，人生誰(shuí)能如這般！
山東黃巢無(wú)人敵，今不登基待何年？
戰(zhàn)爭(zhēng)的艱辛?xí)呵曳?，如今的頭等大事是登基坐朝，面南背北，接受群臣朝賀。
黃巢封其妻為皇后，封尚讓為太尉兼中書(shū)令，趙璋兼侍中，崔璆、楊希古都為同平章事，孟楷為左仆射兼左軍事，蓋洪為右仆射兼右軍事，費(fèi)傳古為樞密使。
黃巢還任命唐朝的太常博士、詩(shī)人皮日休為翰林學(xué)士，進(jìn)士沈云翔、原蘄州刺史裴渥都為翰林學(xué)士。
朱溫、張言、彭攢、季逵等人被封為諸衛(wèi)大將軍。黃巢的外甥林言為功臣軍使。
其余各將官各有封賞，軍士們擺酒慶賀，長(zhǎng)安城張燈結(jié)彩，歡呼與朝賀之聲直沖云天。優(yōu)哉優(yōu)哉的日子似乎不遠(yuǎn)啦!
黃巢任命的高級(jí)官員有唐朝的原官員，包括崔璆、皮日休等。崔璆擔(dān)任過(guò)浙東觀察使，與黃巢作戰(zhàn)時(shí)戰(zhàn)敗被俘。他的父親是禮部侍郎崔郾，此人曾擔(dān)任過(guò)浙西觀察使。崔璆因?yàn)樽隽它S巢政權(quán)的宰相級(jí)高官，后來(lái)當(dāng)唐僖宗返回長(zhǎng)安后，下詔指責(zé)崔璆出身顯赫，卻在黃巢手下做宰相，而崔璆既不逃走也不隱藏，最終被唐僖宗賜死在家中，當(dāng)然這是后話。
而皮日休也比較特殊，他是唐末的文學(xué)家、詩(shī)人，中過(guò)進(jìn)士，擔(dān)任過(guò)太常博士，后又出京擔(dān)任毗陵副使，在常州一帶任職。黃巢率軍打到江浙地區(qū)后，皮日休因不滿朝政而歸順農(nóng)民軍。黃巢稱帝后重用他為翰林學(xué)士，讓他撰寫(xiě)一首贊揚(yáng)自己是上天授意的詩(shī)詞，皮日休寫(xiě)了一首詩(shī)謎，但黃巢認(rèn)為這個(gè)詩(shī)謎是諷刺自己，就下令殺了皮日休。
黃巢要求停止唐朝三品以上官員的職務(wù)，但四品以下可以官員保留官位。稱帝幾天后，他又下令，凡是唐朝的官吏到趙璋府中報(bào)名登記的，都繼續(xù)擔(dān)任原來(lái)的官職，這其實(shí)是收買(mǎi)人心，減少矛盾。但實(shí)際上，一些真正的唐朝高官都不愿意到趙璋府中報(bào)名，而是隱藏起來(lái)。
當(dāng)時(shí)，唐朝的夏州節(jié)度使諸葛爽奉命到達(dá)長(zhǎng)安附近的櫟陽(yáng)保護(hù)朝廷，但他到達(dá)時(shí)長(zhǎng)安已陷落。朱溫正駐守在東渭橋，黃巢讓他招降諸葛爽，諸葛爽其實(shí)是個(gè)小人，他見(jiàn)風(fēng)使舵，立即答應(yīng)朱溫，歸降農(nóng)民軍。
黃巢任命諸葛爽為河陽(yáng)節(jié)度使，當(dāng)諸葛爽到河陽(yáng)上任時(shí)，此時(shí)的河陽(yáng)節(jié)度使羅元杲不愿意歸順農(nóng)民軍，他調(diào)集軍隊(duì)抗拒。但羅元杲是依附巴結(jié)宦官才得來(lái)的官職，部下軍士都不聽(tīng)從他的指揮，拋棄兵器迎接諸葛爽，羅元杲只好逃往漢中，投奔唐僖宗。羅元杲把自己的金帛都埋藏在地下，后來(lái)被盜賊搶走。
（渭河貫穿于八百里秦川，唐代橫跨渭水至少有三座橋：西渭橋（便橋）、東渭橋、中渭橋，合稱“渭河三橋”。漢唐時(shí)的長(zhǎng)安位于渭河的南部，東渭橋遺址位于陜西高陵，東渭橋是連接渭河南北的橋梁，是通往長(zhǎng)安城的咽喉，在戰(zhàn)略上具有重要地位。）
為了拉攏唐朝的武將，黃巢對(duì)他們都赦免，西北地區(qū)的唐朝節(jié)度使在名義上紛紛投降，起義軍的聲望達(dá)到鼎盛。
至此，經(jīng)過(guò)六年來(lái)的南征北伐，黃巢義軍終于把唐王朝趕出長(zhǎng)安城，建立起農(nóng)民政權(quán)。