自政變以來，司徒王允一直留在尚書臺視事。
根據(jù)呂布在前線的推進(jìn)進(jìn)度，他不斷地更換三輔地區(qū)的各級官員。短短一月之間，三輔的官員更迭多達(dá)二百余人，而其所用所出，多是出自于原司徒府。王允日以繼夜地安排這些政務(wù)，也終于可以說，他對三輔地區(qū)的掌握，恐怕是董卓也不能比擬的。
等到月末，司徒終于收到他想要的消息：呂布成功攻占郿塢，并將董氏族人盡數(shù)族滅。這使得他長舒一口氣，馬日磾、士孫瑞等人也對司徒恭賀道：“攻破郿塢，董氏滅亡，總算是還天下一個(gè)朗朗乾坤了?！?br/>
但不料王允絲毫不見歡喜，表面嚴(yán)聲厲色，竟說道：“董氏執(zhí)政三年，為禍的豈止是這些人而已？我們身為國家重臣，正要除惡務(wù)盡！請諸公千萬莫要懈怠！”
王允這番話自是有他的道理。呂布已在書信中向他說明，攻破塢堡后董氏還有三人失蹤，不過三人年齡太小，難以成事，也不足為慮。重要的還是在河?xùn)|的牛輔軍團(tuán)，牛輔身為董卓僅存的女婿，是剩下的涼人天然的首領(lǐng)，一日不除牛輔，涼人便可能擁立牛輔為主，繼而造反復(fù)仇，朝廷也便一日不能安寧。
只是當(dāng)如何除去，這卻是一個(gè)問題。司徒與百官商量此事，他的本意原本是想讓公卿與他聯(lián)名上表天子，宣布牛輔為叛逆，而后商議計(jì)策，如何派兵征討。孰料朝會上他還未說出意見，諸如趙謙等人的大部分朝官都說：牛輔在朝野里對我等還算和善，不如先招撫一番，若其識得大體，又何苦妄動(dòng)干戈呢？
眾人議論之下，很快連使者的人選都商議好了，等他們詢問王允的意見時(shí)，看見的卻是一副極為冷漠的臉色，這才讓人反應(yīng)過來：朝會開始后，司徒還沒有表明態(tài)度。
顯然王允不同意與招撫一事，但他看見眾意難違，就說：“此事關(guān)系重大，先讓我好好思量一番?！毖韵轮馐谴耸聲呵彝坪?。這讓參會的朝官有所失望，但轉(zhuǎn)頭想：好惡乃是人之常情，司徒既然敢冒生命危險(xiǎn)，為國鏟除禍患，可見心懷社稷，終究還是會以大局為重的。
但他們料想不到的是，王允一回家中，便又招來自己的親族與親信，與他們商議說道：“董卓經(jīng)略朝堂三載，威行天下，滿朝公卿皆受過董卓恩惠，心中真正懷有天下的，可謂寥寥無幾了。
如今董卓雖死，可朝中余黨卻如竹根盤踞，他們?nèi)缃耠m假作投誠，可終究心念董氏，今日便想招撫牛輔，明日又意欲何為呢？一旦牛輔率兵過來，他們必將繼續(xù)為禍！如今朝廷已下三輔，又有郿塢錢糧在手，已不懼外敵，當(dāng)務(wù)之急還是要消除內(nèi)患啊！”
一旦司徒除去更多政敵，提拔的還能是誰呢？故而他的幕僚們對此都深為贊同，只有其子王景質(zhì)疑道：“大人，如今是非常之時(shí)，大敵未除，我們還是當(dāng)以安撫為先啊。正如大人所說，董卓黨羽眾多，可越是如此，就越容易激起內(nèi)亂，到那時(shí)又用什么抵御涼人呢？還請大人三思?。 薄?br/>
但王允手捻胡髯，果斷地答說：“我連董卓都能誅殺，他的那些黨羽，才能不能及董卓十一，又能有何作為？小子多慮了?！?br/>
于是定下了先鏟除董卓黨羽的方針，王允以為，董卓能夠駕馭群臣，正是由于他們畏威而不懷德，自己正當(dāng)暴起立威，令他們不敢再做二想。但從何開始著手呢？這確實(shí)讓王允頭疼了幾日，但很快，有人給他送來一個(gè)極好的理由。
六月初二，皇甫堅(jiān)壽向朝廷上書，自陳車騎將軍皇甫嵩非是病重，而是兩月前為董卓賜死，逼令他不得發(fā)喪，如今董卓既除，他向朝廷請求為父親發(fā)喪，并希望朝廷能夠贈予父親一個(gè)謚號。
這件事整個(gè)長安城都心知肚明，并且都因此惋惜不已，甚至可以說整個(gè)長安政變能夠成功，也都是因皇甫嵩被董卓賜死，而王允說服呂布兵變的緣由，也正是“皇甫嵩”三字?，F(xiàn)下皇甫堅(jiān)壽挑明此事，也是希望接這股潮流，能夠給父親留一個(gè)好的身后名。
百官都覺得這是理所應(yīng)當(dāng)之事。畢竟皇甫嵩雖短暫為董卓所用，但任職期間，盡職盡責(zé)，董卓每每與人產(chǎn)生齟齬，他都持正相勸，不少士人因此才得以保存。且又有重創(chuàng)黃巾與西涼叛軍的軍功，雖有自愛過甚之嫌疑，但對朝廷，也算仁至義盡了。因此，京官們在朝會上討論，覺得追贈一個(gè)如景、昭的美謚也不為過。
但司徒卻不同意，他坐在天子身側(cè)的席位上，淡淡說：“景、昭未免過矣，應(yīng)當(dāng)再議?！?br/>
這是在朝會之上，士孫瑞、張喜等人事先都沒有與王允商議過此事，此時(shí)聽聞王允如此言論，心中都想，莫非司徒想給個(gè)平謚？于是第五儁先上前問說：“不知司徒欲以何為謚？”
“不如繆字妥當(dāng)?！?br/>
谷這話頓時(shí)掀起軒然大波。名與實(shí)爽曰繆，意指言名美而實(shí)傷也。眾人本以為王允最多取一個(gè)平謚，卻不料他竟直接選取了一個(gè)惡謚。這讓許多朝官都難以接受，如司空淳于嘉就激烈反對說：“車騎雖有小過，但有大功于朝廷，如何能于死后誹謗？我等能夠延續(xù)至今，誅滅董賊，難道就沒有車騎的遺澤嗎？司徒過矣！”
可王允竟露出冷嘲的顏色，當(dāng)眾批評道：“若當(dāng)真是皇甫義真的遺澤，我哪里還敢起兵誅殺董賊呢？爾等可知道，我為除去董卓夙興夜寐，可皇甫義真壞了我多少大事！”
于是司徒將自己這三年來，與皇甫嵩的往來一一陳述，說到皇甫嵩數(shù)次拒絕時(shí)，他言辭激烈，顯然對此耿耿于懷。而后更將自己陷害皇甫嵩與誅殺董卓的計(jì)劃細(xì)節(jié)公之于眾。
他說完，朝會眾臣鴉雀無聲。
沉默了好一會，五官中郎將蔡邕走上殿中，哀聲前道：“君子為人處事，當(dāng)光明正大，而百官身居高位，更當(dāng)做天下之楷模。司徒于非常之時(shí)行非常之事，除暴戾，興忠孝，天下之人無不欽佩，都是因?yàn)樗就叫膽焉琊?。但如今大業(yè)方興未艾，正是要給天下顯示品德的時(shí)候，司徒如何能以申白之術(shù)亂天下人心呢？還請司徒慎言啊！”…
他本欲再說多些，說大臣之間如此中傷構(gòu)陷，太過影響軍心士氣。涼人原本頗受皇甫嵩之死影響，都以為是董卓昏庸濫殺，故而士氣隨之低落；可如今司徒自己將這些公之于眾，他們便會認(rèn)定是朝堂黑暗，士人欺辱太師，繼而同仇敵愾，導(dǎo)致大義之名反在叛逆手中。
可他直視王允那熊熊烈火般的眼神，終究將這些話咽下去了。
但這些話蔡邕不說，王允也能明白他想說什么，他拍著桌案，冷然道：“蔡公如此言語，是說董卓與皇甫嵩罪不當(dāng)誅嗎？”
蔡邕還欲分辯，王允一聲斷喝：“夠了！”朝中百官都是一抖，眾人驚愕間，他急聲罵道：“董卓猖狂，就是你這樣的人太多！我每日出入幕府，見爾等借著董卓的威風(fēng)登上高位，尸位素餐，不思報(bào)國，反而助紂為虐。竟到現(xiàn)在還不悔改，爾等莫非以為，吾之刀劍不如董卓之快？”
說罷，他當(dāng)即呼喚宮中侍衛(wèi)，下令將蔡邕關(guān)入詔獄。這一切發(fā)生得太快，剩下那些本來還想勸諫一番的大臣們，如今也不敢言語，就轉(zhuǎn)而注視著蔡邕。蔡邕年歲已大，發(fā)髻已是半白，身體也較為虛弱，如今戴上鐐銬，才走上幾十步，整個(gè)人便顯得疲累不堪，以至于跟隨侍衛(wèi)走下殿階時(shí)，還需要侍衛(wèi)攙扶，眾人心中頓生一種悲愴之情，不少人都低頭不忍再看。
趁此機(jī)會，王允又稟告天子，下令追責(zé)，將那些進(jìn)入過董卓幕府，而又沒有參與反董事宜的朝臣，一并革職問罪。而后又多拔擢被董卓罷黜的原袁氏掾吏，以表明自己對董卓舊黨絕不姑息的態(tài)度。
當(dāng)夜，太尉馬日磾前往司徒府上，對王允勸說：“人非圣賢，孰能無過呢？司徒這樣苛求同僚，只會讓人人自危，人心淪喪，這又是何苦呢？即便如此，也不能在朝上直接逮捕蔡公?。〔坦膲I(lǐng)袖，士人仰慕，怎能如此處理？又有陳庭堅(jiān)為親，司徒如此處理，是想與并州結(jié)仇嗎”
王允聽得大不耐煩，看在馬日磾也算是與他長久共過患難的情面上，他只是微作斥責(zé)道：“翁叔怎么也說這種話？蔡伯喈若非文壇領(lǐng)袖，我還真不會如此處置，文壇領(lǐng)袖，天下楷模，竟心懷董賊之舊恩，天下人當(dāng)如何看待我等？刑亂國用重典，我必殺其以正天下！君勿復(fù)多言！”
到次日，又有大量士人上表求情，希望王允能夠暫緩對昨日朝臣的處置，最少也要從輕發(fā)落。而蔡邕自己也上表道歉，希望暫受黥首刖足之刑，以續(xù)漢史，修史功成之后，再受死刑不遲。其中又有鐘繇上書說：“蔡邕與陳沖有親，司徒殺之，恐結(jié)仇于并州。”王允受此壓力，這才略有轉(zhuǎn)意，但他對于其余人等，就說不上仁慈了。
即不將書表全部駁回，也不公開處刑，但蔡邕還是下定決心，繼續(xù)將相關(guān)人等關(guān)押在詔獄之內(nèi)，在獄中斷絕飲食，又加以鼠蟲侵害。
董卓生前常用詔獄關(guān)押犯人，入獄之人多達(dá)百計(jì)，但多還能在獄中生活數(shù)月，政變之后，生還者十之**。
而在王允治下，未過五日，除去蔡邕外，還有二十七名董卓幕僚入獄，皆死于獄中。
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