天啟年間，毛文龍不斷以大量賄賂送給魏忠賢和其他太監(jiān)、大臣。對朝中當(dāng)權(quán)派的公共關(guān)系做得極好。天啟五年，御史麥之令彈劾毛文龍，認(rèn)為他無用，遼東軍務(wù)不能依靠他。魏忠賢極力袒毛，說麥之令是熊廷弼的同黨，將他殺了。這樣一來，所有反對魏忠賢的東林黨清流派都恨上了毛文龍。

    崇禎接位后，毛文龍作風(fēng)不改。朝廷覺得皮島耗費(fèi)糧餉太多（因毛文龍要的是十萬名官兵的糧餉），要派人去核數(shù)查帳。毛文龍多方推托，總之是不歡迎御用會(huì)計(jì)師駕臨。

    袁崇煥的新任命，理論上是有權(quán)管到皮島東江鎮(zhèn)的。朝中于是有人建議皮島的糧餉經(jīng)由寧遠(yuǎn)轉(zhuǎn)運(yùn)，意思是交由袁崇煥控制。甚至有人主張撤退皮島守軍，全部調(diào)去寧遠(yuǎn)。這些主張，都遭到毛文龍的抗拒，而兵部又對毛相當(dāng)支持。

    袁崇煥寫信給首輔錢龍錫商量，要?dú)⒚凝?。錢回信勸他一切慎重。袁在北京時(shí)，也曾和錢龍錫商議過殺毛的事，當(dāng)時(shí)袁對錢龍錫說，要恢復(fù)遼東，必須從整肅東江鎮(zhèn)的軍紀(jì)開始。

    袁崇煥決心要解決這件事。崇禎二年五月廿二日，袁崇煥離寧遠(yuǎn)，去和毛文龍會(huì)談，約定了在旅順附近的一個(gè)小島上相會(huì)，這小島叫做島山。[5]從寧遠(yuǎn)經(jīng)渤海到旅順，和從皮島經(jīng)黃海到旅順，海程大致相等，所以旅順是一個(gè)中間地點(diǎn)，也可說是中立地帶。那時(shí)毛文龍對袁崇煥已心存疑忌，如邀他到寧遠(yuǎn)相會(huì)，他是不肯來的。袁崇煥如去皮島，卻又是身入險(xiǎn)地。

    袁崇煥除座船外，帶船三十八艘，出發(fā)前先試放西洋大炮，射程遠(yuǎn)的五六里，近的三四里。廿六日到雙島，登州的軍官帶了兵船四十八艘來會(huì)。廿七日到島山停泊，旅順的軍官前來參見。袁崇煥帶眾將上山，到龍王廟去拜龍王，對眾將訓(xùn)話：“本朝開國，中山王徐達(dá)、開平王常遇春諸將起初在鄱陽湖、采石磯大戰(zhàn)，后來一直打到漠北，水戰(zhàn)固然勝，馬步戰(zhàn)也勝，才能驅(qū)逐胡元，統(tǒng)一中國?，F(xiàn)在你們的水師只能以紅船在水上自守，滿清韃子不下海，難道能趕他們?nèi)牒４蛩畱?zhàn)么？所以水師必須也能陸戰(zhàn)?！彼谋ж?fù)是要將水師訓(xùn)練成為海軍陸戰(zhàn)隊(duì)。

    六月初一，毛文龍率領(lǐng)部屬到達(dá)島山，與袁互相交拜。毛文龍呈上禮帖三封和三桌筵席。在船中吃過，袁崇煥和他談話，說道：“遼東海外，只有我和貴鎮(zhèn)二人，務(wù)必同心共濟(jì)，方能成功。我歷險(xiǎn)來此，旨在商議進(jìn)取。軍國大事，在此一舉。我有一個(gè)良方，只不知生病的人肯不肯服這一帖藥?！碑?dāng)晚兩人直談到二更。初二袁崇煥上島，犒賞毛的部屬，和毛又密談到三更。初三日又再談，袁崇煥要求皮島設(shè)文官監(jiān)軍，糧餉由寧遠(yuǎn)轉(zhuǎn)發(fā)，改編部隊(duì)，連談三日三夜，毛文龍始終不同意，到這時(shí)談判終于破裂。袁崇煥給他最后一個(gè)機(jī)會(huì)，勸他辭職回鄉(xiāng)，享受西湖風(fēng)物。毛文龍說：“辭職回鄉(xiāng)這件事，我一直是在盼望的。只不過我對遼東事務(wù)很熟悉，解決了滿洲之后，可順勢襲取朝鮮了?！痹鐭犓笱圆粦M，更是不滿。[6]酒散后，袁傳副將汪翥上船密議，五更方畢。通宵部署，要?dú)⒚凝埩恕?br/>
    初四日，袁崇煥犒賞毛部兵將共三千五百七十五名，軍官每名銀子三五兩不等，兵每名數(shù)錢，又將帶來的餉銀十萬兩交卸。同時(shí)和毛劃分職權(quán)，此后旅順以東由毛指揮，旅順以西由袁指揮。毛文龍收到大筆銀子，對指揮權(quán)的區(qū)劃又十分滿意，減少了提防警惕。

    初五日，袁崇煥邀毛文龍一起檢閱將士比賽射箭。相見后，袁崇煥說：“我明天要回寧遠(yuǎn)了。貴鎮(zhèn)身當(dāng)國家海外重寄，請受我一拜?！闭f著下拜，毛文龍跪下還禮。大家上山后，袁的親信參將謝尚政指揮各營士兵布成一個(gè)大圍。毛文龍和隨從官員百余名在圍內(nèi)，將毛部兵丁都隔在圍外。袁崇煥問起毛文龍手下將官的姓名，居然大多數(shù)姓毛。袁崇煥覺得奇怪。毛文龍說：“他們都是我的義孫。”[7]

    袁崇煥笑了起來，跟著對毛部眾將說道：“你們在海外辛苦，兵士每個(gè)月只有五斗米的糧，甚至家中幾口人都分食此糧，想起來令人痛心。請大家受我一拜，感謝你們?yōu)閲冶M力，以后大家不必耽心沒有糧餉?！碑?dāng)即下拜。眾將磕頭答禮，甚是感動(dòng)。

    袁崇煥隨即提出幾件事來責(zé)問毛文龍，毛文龍抗辯。袁崇煥不客氣了，斥責(zé)道：“本部院披肝瀝膽，與你說了三日，只道你回頭是岸，也還不遲。那曉得你狼子野心，總是一片欺誑到底。你目中沒有本部院，那也罷了。方今圣天子英武天縱，國法豈容得你？”命人除下他衣冠，綁了起來。毛文龍的態(tài)度仍十分倔強(qiáng)，自稱無罪有功。

    袁崇煥厲聲道：你道本部院是個(gè)書生，瞧我不起。本部院卻是能管將官之人。你說沒有罪么？你犯了十二大罪，我數(shù)給你聽：

    “一、明朝的制度，大將在外，必由文臣監(jiān)督，你專制一方，軍馬錢糧不肯受核。二、殺戮降人難民，謊報(bào)冒功，說殺的是清兵。三、宣稱如果南下，取登州和南京猶如反掌。公然說要造反。四、每歲餉銀數(shù)十萬，但發(fā)給兵士的糧餉每月只有三斗半，侵盜軍糧。五、在皮島開馬市，擅自與外國貿(mào)易。六、部將數(shù)千名都冒稱姓毛，擅自封官。七、敗退時(shí)剽掠商船。八、你自己強(qiáng)搶良家婦女，部下效尤。九、驅(qū)策難民到遼東去偷挖人參，不肯去的就不發(fā)糧食，讓他們大批在島上餓死。十、將大量金銀送去京師賄賂，拜魏忠賢為義父，在島上替魏忠賢塑像。十一、鐵山一仗，大敗喪師，卻報(bào)稱有功。十二、設(shè)立軍區(qū)已達(dá)八年，不能恢復(fù)寸土，觀望養(yǎng)敵?！?br/>
    這十二條罪狀數(shù)了出來，毛文龍魂不附體，只有叩頭求饒。

    袁崇煥問毛的部將：“毛文龍?jiān)摂孛矗俊敝T將都嚇得不敢作聲。有人說毛文龍這些年來雖無功勞，但也辛苦出力。袁崇煥叱道：“毛文龍本來只不過是個(gè)尋常百姓，現(xiàn)今官居極品，滿門封蔭，已足夠酬答他的辛勞了，為什么他還這樣悖逆？”

    于是向著北京叩頭，宣稱：“臣今天誅毛文龍以整肅軍紀(jì)，諸將中若有行為如毛文龍的，也一概處決。臣如不能成功，請皇上也像誅毛文龍一樣的處決臣！”請出尚方劍來，命旗牌官將毛文龍?jiān)趲で皵貨Q，向毛文龍部屬諭示：“只誅毛文龍一人，其余各人一概無罪?！泵凝堶庀聦⑹繜o一敢動(dòng)。袁崇煥命人收殮毛文龍，次日開吊拜奠，說：“昨日斬你，是為了朝廷大法。今日祭你，是為了僚友私情?！?br/>
    隨即將毛部分為四隊(duì)，派毛文龍的兒子毛承祿、副將陳繼盛（陳的女兒是毛文龍之妾）等四人分領(lǐng)，犒賞軍士，盡除皮島毛文龍的虐政。回寧遠(yuǎn)后上奏稟報(bào)，最后說：毛文龍是大將，不是臣有權(quán)可以擅自誅殺的。臣犯了死罪，謹(jǐn)候皇上懲處。[8]

    崇禎得訊，大吃一驚，非常不以為然。但想毛文龍已經(jīng)死了，目前又正倚賴袁崇煥盡力，只得下旨嘉獎(jiǎng)他一番，又下旨公布毛文龍的罪狀，逮捕毛文龍的駐京辦事處主任，以安袁崇煥之心。[9]

    袁崇煥耽心毛文龍的部下生變，奏請?jiān)黾羽A銀。但查核部隊(duì)實(shí)數(shù)，兵員比毛文龍?zhí)搱?bào)時(shí)少得多了。崇禎見兵員少了，餉銀反增，頗為懷疑，但都一一批準(zhǔn)。以崇禎這樣剛強(qiáng)的性格，這時(shí)迫于形勢而不敢得罪袁崇煥，實(shí)已深深伏下了殺機(jī)。

    毛文龍?jiān)谄u，儼然是獨(dú)立為王的模樣，不接受朝廷派文官監(jiān)察核數(shù)、濫殺難民冒功、侵吞軍糧、軍紀(jì)不肅，的確有罪。但袁崇煥以尚方劍斬他的方式，卻也未免太戲劇化了些。明朝賜尚方劍給主帥，用意是給主帥以絕對權(quán)威，部將如不聽指揮，立即可以誅殺。然而毛文龍的罪行都非緊急，也不是反叛作亂。何況毛文龍也是受賜尚方劍的。

    毛文龍?jiān)谄u，畢竟曾屢次出兵，騷擾滿清后方，是當(dāng)時(shí)海上惟一的一支機(jī)動(dòng)游擊隊(duì)，滿清對他也一直頗為重視忌憚。

    這十二條罪狀中，有幾條平心而論并不能成立。毛文龍說取登州、南京如反掌，只不過一時(shí)夸口，并非真的要造反，不過皇權(quán)專制時(shí)代，說這種話確是大逆不道；向外國買馬，當(dāng)是軍中需要；擅自封官是得到朝廷授權(quán)的，部將喜歡姓毛，旨在拍主帥的馬屁，也沒有什么大不了；不能恢復(fù)寸土，只能說他無能，卻非有罪，要打敗清兵，恢復(fù)失地，談何容易？在島上為魏忠賢塑像，更難以加他罪名。天啟年間，魏忠賢權(quán)勢熏天，各省督撫都為魏忠賢建生祠、塑像而向他跪拜。當(dāng)時(shí)袁崇煥在寧遠(yuǎn)也建了魏忠賢的生祠。時(shí)勢所然，人人難免。

    毛文龍真正的重大過失，是不受節(jié)制，在他所控制的軍區(qū)中獨(dú)立行事，不聽上級指揮。在大戰(zhàn)之時(shí)，大將獨(dú)立自主，不奉命令，當(dāng)然是違反軍紀(jì)的重大事件。

    毛文龍死后，部將心中不服，頗有逐漸叛去的，其中重要的叛將有孔有德（后降清封定南王，鎮(zhèn)廣西）、耿仲明（降清封靖南王，鎮(zhèn)福建）、尚可喜（降清封王，鎮(zhèn)廣東）。這三人投降滿清，為清朝出了很大力氣，甚至把西洋火器帶了過去。清初四大降王，除吳三桂外，其余孔、耿、尚三人都是毛文龍的舊部。不過這也不能說是袁崇煥的過失。[10]

    對于“殺毛事件”，當(dāng)時(shí)輿論大都同情毛。一般朝臣認(rèn)為，毛文龍即使有罪，他是一個(gè)大軍區(qū)司令，也只能由皇帝下旨誅殺?；实鄣慕y(tǒng)治手段，主要只是賞與罰。袁崇煥擅殺大將，是嚴(yán)重的侵犯了君權(quán)。

    當(dāng)時(shí)小說盛行，有人做了小說來稱譽(yù)毛文龍。一部是四十回的《遼海丹忠錄》，是杭州人陸云龍所作，大捧同鄉(xiāng)毛帥。另一部是作者不署名的《鐵冠圖》（不是講李自成事跡的那一部），以毛文龍為主角。

    當(dāng)時(shí)大名士陳眉公對“殺毛事件”抨擊甚烈。另一個(gè)大名士錢謙益是毛文龍的朋友，對朝野輿論當(dāng)然也有影響。《明季北略》甚至說：袁崇煥捏造十二條罪名來害死了毛文龍，與秦檜以十二道金牌來害死了岳飛完全一樣。卻又是過份的批評了。

    推測袁崇煥所以用這樣的斷然手段殺毛，首先是出于他剛強(qiáng)果決的性格。其次，文人帶兵，一定熟讀孫子兵法，對于孫武殺吳王愛姬二人、因而使得宮中美女盡皆凜遵軍法的故事，對于“將在軍，君命有所不受”的軍法觀念，一定印象十分深刻。那時(shí)候?qū)庍h(yuǎn)、錦州、薊州各處軍事要地都曾發(fā)生兵變，如不整飭軍紀(jì)，根本不能打仗。袁崇煥明知這樣做不對，還是忍不住要?dú)⒚?，推想起來，也有自恃崇禎奈何他不得的成份。最后，毛文龍接近魏忠賢，袁崇煥接近東林清流，其中也難免有一些黨派成見。

    袁崇煥殺毛文龍一事，論者多認(rèn)為大招崇禎之忌，是袁崇煥被殺的主要原因之一。到底袁殺毛一事，真是合理而必要，還是犯了錯(cuò)誤？這在袁崇煥的一生，是一個(gè)重要問題。

    第一：袁崇煥有沒有殺毛之權(quán)？袁崇煥于崇禎元年受任為兵部尚書、兼右副都御史、督師薊遼、兼督登萊天津軍務(wù)。明朝兵部尚書相當(dāng)于現(xiàn)代的國防部長兼總參謀長，有軍令權(quán)，可指揮陸軍、海軍，御史略等于現(xiàn)代的政治委員，是皇帝的代表，在部隊(duì)中監(jiān)督統(tǒng)帥?！岸綆煛笔菐П淖罡呒壩墓?，袁當(dāng)時(shí)官職相當(dāng)于國務(wù)院副總理、國防部長兼野戰(zhàn)軍總司令兼政委，又兼陸海軍前敵總司令。毛文龍的皮島軍區(qū)歸他管轄。臨敵之時(shí)，麾下大將如果不聽指揮，主帥將之?dāng)厥?，中國歷史上事所常有。例如諸葛亮斬馬謖，臨終時(shí)遺命斬魏延。尚方劍是“皇帝誅殺臣下之權(quán)力的象征”。袁崇煥受賜尚方劍，即是崇禎賜給他專殺之權(quán)，他用尚方劍殺毛文龍，是代表皇帝殺的。[11]

    第二：毛文龍是否真的有罪？毛文龍先前抗清有功，在皮島起了一些牽制作用，但他立功升官之后，自大起來，皮島軍區(qū)只二萬多名官兵，他卻要領(lǐng)十萬名官兵的糧餉，不接受中央審核，并自行設(shè)立市場做生意，派官兵去鄰國朝鮮挖人參，取貂皮。還收取海上過境稅，強(qiáng)迫朝鮮繳納糧米（侵犯中央的外交權(quán)）。后勤部建議皮島的糧餉由寧遠(yuǎn)（袁的總司令部）轉(zhuǎn)發(fā)，以資核實(shí)，毛堅(jiān)不接受。寧遠(yuǎn)大戰(zhàn)時(shí)，局勢緊急，毛文龍部隊(duì)在清軍后方，卻不出兵應(yīng)援或配合牽制。中央要求皮島餉銀由寧遠(yuǎn)轉(zhuǎn)發(fā)，毛文龍不肯，雙方交涉得緊了，毛文龍威脅說：“我?guī)П舷?，攻打登州、萊州，取南京猶如反掌?！钡侵荨⑷R州是袁崇煥直轄的軍區(qū)，南京是明朝的南都，明太祖的龍興之地。中央無奈，只好暫不堅(jiān)持。袁崇煥受任之前，曾與首輔大學(xué)士（約相當(dāng)于宰相）錢龍錫商量，要?dú)⒚凝堃源_立軍紀(jì)。錢龍錫不表反對，但勸他慎重。

    第三：毛雖有罪，是否應(yīng)殺？當(dāng)時(shí)軍紀(jì)廢弛，兵士為了索取欠餉，常常嘩變，殺害上官。軍紀(jì)不肅，無法打仗。袁崇煥曾向崇禎夸口，要五年復(fù)遼。如無一支紀(jì)律如鐵的精兵，怎能抗清復(fù)遼？要樹立軍紀(jì)，必須先整肅不守紀(jì)律、不服從命令的大將。毛文龍的軍階是總兵（還帶都督銜，約略相當(dāng)于軍長、軍區(qū)司令），和祖大壽、滿桂等相同，統(tǒng)兵號稱十萬（實(shí)際約二萬八千名）。當(dāng)時(shí)袁崇煥所指揮的部隊(duì)，全部約六萬名，如將毛部近三萬兵收過來統(tǒng)一指揮，對軍務(wù)有極大好處。袁與毛在島山見面，長談三日三夜，毛始終不聽指揮。袁勸他退休回去西湖享福。毛文龍夸稱熟悉朝鮮情形，滅清之后可順手取得朝鮮。在此情形下，不殺毛文龍無法抗清。打個(gè)比方，如果當(dāng)年林彪統(tǒng)帶第四野戰(zhàn)軍，在東北要獨(dú)立自主，不服從中央命令，宣稱打垮國民黨部隊(duì)后要乘機(jī)攻取南北朝鮮（事實(shí)上林彪沒有這樣做，也未宣稱）。中共中央不殺林彪，這場仗就打不下去了。