回到江寧后，曾國藩和彭玉麟、黃翼升、李朝斌等人進(jìn)一步商量長江水師的永久保留問題。曾國藩的最大顧慮是：將團(tuán)練改為經(jīng)制之師，這是沒有先例的事，不知朝廷能否同意。芥航法師的所謂"以老衲冷眼觀之"的話，畢竟只是他的看法，是不是朝廷的意思，實(shí)在顯得很玄虛。黃翼升、李朝斌說，不管怎樣，先上個(gè)折子再說。彭玉麟思考良久，說出一套完整的設(shè)想來："團(tuán)練改為經(jīng)制之師，沒有前例可援，若是陸軍，此事萬萬不可提，但現(xiàn)在是水師，卻可望獲得準(zhǔn)許。一則朝廷鑒于從宣宗爺開始，海疆屢受夷人侵凌，需要建一支海防水師。二則長江水師組建十余年，有一個(gè)現(xiàn)成的規(guī)模，有良好的西洋裝備，最有改為海防水師的條件。三則這些年長江水師的名聲畢竟比陸軍要好些，朝廷對它的猜忌少。"由長江水師分統(tǒng)出身后任淮揚(yáng)水師、太湖水師統(tǒng)領(lǐng)的黃翼升、李朝斌完全贊同彭玉麟的分析。黃翼升說："這么好的一支水師隊(duì)伍，想必朝廷也舍不得把它長期當(dāng)團(tuán)練看待。"李朝斌說："把長江水師改為海防水師，真的讓朝廷撿了大便宜。"曾國藩想：雪琴前兩條有道理，至于第三條，那是出于他的偏愛，長江水師的名聲比吉字營、霆字營也好不了多少。便笑著說："依雪琴看來，長江水師改為經(jīng)制之師是有十成把握咯！"彭玉麟說："十成把握說不上，五成可以打包票。"黃翼升說："不只五成，少說也有八成。"曾國藩搖搖頭說："八成？我看未必有，還是雪琴估計(jì)得穩(wěn)當(dāng)，大概五成左右。"彭玉麟說："不再走別的途徑，便只有五成把握；若再走一條路，就有可能達(dá)到八成。""再走哪條路？"李朝斌急著問。
"有一個(gè)人，向來支持滌丈和湘軍，找他，一定行。"彭玉麟慢悠悠地說。
"哪一個(gè)？"李朝斌脫口問道。
黃翼升說："你是說找武英殿大學(xué)士賈楨？"曾國藩心里明白，但不做聲。
"找恭王。"彭玉麟自己回答了。"恭王東山再起，雖失去了議政王的頭銜，但仍是軍機(jī)處領(lǐng)班大臣。這說明太后對他既有隔閡，但又不能缺少。湘軍能建大功，一向仰仗恭王的鼎力支持；且恭王在與洋人的交涉中，倍感國勢柔弱的恥辱，多次提出要建海軍，辦工廠，徐圖自強(qiáng)。他一定會全力支持將長江水師改為國家的海防之師。""雪琴，你剛才說恭王和太后仍有隔閡，何況又失去了議政王的頭銜。這樣一件大事，太后會讓他一人作主嗎？"曾國藩問。
"是的，我為此想了很久。"彭玉麟說，"恭王經(jīng)前次挫折，處事的顧慮會多一些，很可能不會一人獨(dú)自決定。我有一個(gè)替恭王著想的主意：請恭王對太后說，長江水師改經(jīng)制之師，是一件很大的事，可援朝廷處理大事的舊章，由軍機(jī)處發(fā)文征求各省總督意見，然后再作決定。""假若各省總督意見不一怎么辦，豈不反而誤了大事？"黃翼升說。
彭玉麟笑著說："昌歧顧慮得有道理，但沒有具體分析。兩江之外的其它七省總督，我都一一作了揣測。直隸總督劉長佑出于我們湘軍，有利于湘軍的事，他決不會反對。陜甘的楊岳斌就更不用說了，兩廣的毛鴻賓是滌丈的同年，云貴的勞崇光，我們湖南的鄉(xiāng)賢、滌丈的老友，四川的駱秉章，多年來為長江水師籌過上百萬兩餉銀，他們?nèi)齻€(gè)都不會反對，稍有點(diǎn)麻煩的是湖廣的官文和閩浙的左宗棠。"這的確是兩個(gè)關(guān)鍵人物。大家都注意聽彭玉麟的分析："官文這個(gè)人很復(fù)雜。他既仇視湘軍，又沾了湘軍的光。不是湘軍的勝利，哪有他的一等伯爵？他是個(gè)聰明人。據(jù)滌丈說，他上次來江寧，背地里行陷害，表面上對滌丈恭敬，還要說湘軍的好話。此人的特點(diǎn)是貪名貪利，無定識，無風(fēng)骨，你給他點(diǎn)好處，他就會站在你這邊。我想給太后、皇上的折子里，干脆建議改制后的長江水師統(tǒng)領(lǐng)讓他官文做，我們都做他的副手，他一定會樂意。"曾國藩想起他創(chuàng)辦湘勇以來，便一貫采取推出一個(gè)滿人來領(lǐng)頭的做法，對彭玉麟此計(jì)甚為贊許："雪琴，你的這個(gè)辦法很高明。"彭玉麟快活地笑道："這是向你老學(xué)來的。"李朝斌說："官文那家伙對水師狗屁不通，弟兄們哪里會服他！"黃翼升說："你不要急，他只是掛個(gè)空銜的。"李朝斌說："萬一他要亂干涉呢？"彭玉麟說："他這個(gè)人聰明就聰明在這里。知道自己不懂水師，只要有這個(gè)空名他就高興了，不會具體插手的。他豈止不懂水師，陸軍他也不懂，錢糧刑谷他樣樣不懂，但他偏偏就當(dāng)了十多年的湖廣總督，還升了大學(xué)士。你說他是草包？他的聰明之處，恰恰表現(xiàn)在他什么都不管，只管吃喝玩樂、圖享受、討姨太太。凡他掛名的職分內(nèi)，有了功勞，他是頭一份；出了差錯(cuò)，都是具體辦事人的。這正是官文做官的訣竅。"一番話說得這樣的一針見血，大家都開心地笑起來。
"至于左季高，以他的脾性，很可能會反對此舉。不過，左季高畢竟不是官文之流。他識大局，有遠(yuǎn)見，懂得建海防水師的重要性。我想，只要跟他說清楚，他也不會盲目反對的。萬一他硬要說我們是私心，也不怕，大家都同意，他一人的力量究竟有限。""雪琴的想法很好，不過，這個(gè)折子我不能上。我提出裁撤湘軍，還說一個(gè)人都可不留，現(xiàn)在又說要把長江水師改為經(jīng)制之師，難以自圓其說，還是請雪琴給太后、皇上上個(gè)折子。"曾國藩望著彭玉麟說，"你看如何？""好，我直接向太后奏請。"彭玉麟答得很痛快。
"恭王府那里最好派一個(gè)人去為好，有些話不便明寫。"隔一會，曾國藩又想起一件事。他腦子里浮現(xiàn)當(dāng)年派康福進(jìn)京的往事，嘆息康福已死，身邊缺少這樣一個(gè)文武雙全的人才。
"大人，可以派薛福成去。"黃翼升說，"這個(gè)人聰明靈活，兄長又是專給王公大臣看病的名醫(yī)，派他去最合適。"是的，薛福成是個(gè)合適的人選，他雖然缺少康福的武功，但在京師，靠著兄長的特殊身份，他又比當(dāng)年康福有利得多。
"左季高那里是寫信，還是派人去？"曾國藩自言自語道，那神態(tài)看似頗有點(diǎn)為難。
"左季高目前正在杭州，我自己去走一趟。"彭玉麟自告奮勇，"好幾年沒見面了，我還蠻想他哩！""太好了！其它幾位總督那里，就由我寫信。長江水師的事有雪琴料理，真比我強(qiáng)多了。"曾國藩放下心來，他佩服彭玉麟的經(jīng)緯之才，又感激他的仗義之情。
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彭玉麟親自為長江水師的改制寫了一份折子。先簡述長江水師自組建到壯大的過程，歷數(shù)它十多年來的重大戰(zhàn)功；然后轉(zhuǎn)筆寫自道光中葉以來海疆不寧，屢遭侵襲的慘痛歷史，從中得出建立強(qiáng)大海防之師的重要性；繼則寫長江水師組織嚴(yán)密，將才眾多，裝備精良，戰(zhàn)斗力強(qiáng)，已初具海軍規(guī)模；最后講自己本擬終老退省庵，現(xiàn)在決心為建設(shè)大清王朝自己的海軍不辭辛苦，再度出山，鞠躬盡瘁，死而后已。通篇奏折立論光明磊落，無懈可擊，洋溢著為國遠(yuǎn)慮、為君分憂的耿耿志士忠心，全無半點(diǎn)要保存一支屬于自己的武裝的私心雜念。曾國藩看后擊節(jié)贊嘆。他覺得這篇奏折是如此地卓爾不群，簡直為自己所有的奏章所不可及。有這樣一份折子奏上去，誰還能有理由阻止長江水師的改制呢？他對著奏章沉吟良久，始終不能從兩種推測中把握一種：究竟是彭玉麟聰明絕頂，善于以最冠冕堂皇的理由掩蓋自己的私人目的呢，還是他的確胸中充塞著憂國憂民的浩然正氣，至情所激而發(fā)為至文呢？不過，有一點(diǎn)是曾國藩最后所確認(rèn)的，那就是無論是出于前者還是出于后者，他都自嘆不如！
曾國藩由彭玉麟這篇奏疏得到啟發(fā)：如果將道光中葉以來，洋人與我們海上接仗的歷史如實(shí)地排列出來，把它作為這個(gè)奏疏的附件的話，它將會以慘重的教訓(xùn)使閱讀此奏者，更為清醒地認(rèn)識到建立海軍的必要性，而不得不從心里贊同長江水師的改制。
兩江總督幕府有的是這方面的人才，以汪士鐸為首的編纂處立即組成。他們苦干了七日七夜，終于編成一篇四萬字的《華夷海戰(zhàn)三十年大事記》，并謄抄兩份。一份存底，一份連同彭玉麟的奏疏，由薛福成親自送到北京恭王府。
大銜借補(bǔ)小缺之事可參見王之春著《椒生隨筆》："江督曾公國藩奏武職各員大銜借補(bǔ)小缺，前經(jīng)奏準(zhǔn)，嗣經(jīng)部駁。此次奏補(bǔ)長江水師各缺，甚至以提鎮(zhèn)之銜而借補(bǔ)千把之缺，以入營之資格極久，列保之次數(shù)較多，而家中貧寒如故，情愿一小缺為終生衣食之資。統(tǒng)計(jì)各省軍營保至武職三品以上者，不下數(shù)萬人。將來軍事大定，各路撤兵，此項(xiàng)有階無缺之員，難保不滋生事端。同治三年，沈葆楨請安置此項(xiàng)人員，自提鎮(zhèn)至都守，照實(shí)缺例給予俸銀米石。飭下臣議，臣以糜費(fèi)太巨，未經(jīng)議準(zhǔn)?；蛎磕陮⒔柩a(bǔ)者酌補(bǔ)六七成，序補(bǔ)者酌補(bǔ)三四成，截至同治二十七年止，此后仍按班序補(bǔ)。請旨將綠營將備借補(bǔ)小缺一案，一并飭部核議。見同治三月京抄。"果然如曾、彭所料，這篇奏疏連同附件引起了恭王奕、軍機(jī)大臣文祥等人的高度重視，連兩宮太后也為之動(dòng)容。恭王建議，為慎重起見，命軍機(jī)處將彭奏和《大事記》一并發(fā)給直隸、陜甘、四川、閩浙、湖廣、兩廣、云貴各省總督，要他們就此事各抒己見。這時(shí)，彭玉麟也親赴杭州游說左宗棠。出乎彭玉麟的意料，左宗棠聽完他的陳述后立即表態(tài)：完全贊成長江水師改編為朝廷的經(jīng)制之師。至于建海軍一事，左宗棠勸彭玉麟不必著急。第一步要借此良機(jī)將長江水師整頓好，把不稱職者盡行汰去，寧缺毋濫。第二步再做好長江兩岸的巡守，保衛(wèi)內(nèi)河商船、民船的航行，并認(rèn)真訓(xùn)練人才。第三步則以狼山鎮(zhèn)為基地，籌備外海水師，保衛(wèi)海疆，扺御外寇。現(xiàn)在先行第一步。并說他將以此復(fù)奏軍機(jī)處。彭玉麟為左宗棠光風(fēng)霽月般的胸襟所感動(dòng)，臨別時(shí)緊握老朋友的手說："今后長江水師的整頓、建制等方面，還請你多多指導(dǎo)。"左宗棠當(dāng)仁不讓地點(diǎn)頭應(yīng)允。
官文也給曾國藩、彭玉麟來了信，說我大清王朝早就應(yīng)該建海軍了，長江水師已是海軍雛形，理應(yīng)改為經(jīng)制之師，永遠(yuǎn)存在下去。又說自己于水師不懂，假若今后真的兼了海軍統(tǒng)領(lǐng)，那是無比榮幸的事，還請?jiān)⑴矶喽噍o佐，共創(chuàng)偉業(yè)。曾國藩、彭玉麟閱后，會心一笑。
楊岳斌接到軍機(jī)處的咨文后十分激動(dòng)，連夜命幕僚起草，以最堅(jiān)定的態(tài)度支持此事。并說它將是我中國千古未有之大事，必會使宣宗爺、先帝含笑于九泉。又說自己寧可不當(dāng)陜甘總督，愿去改制后的水師充當(dāng)一個(gè)偏裨將校。
劉長佑、駱秉章、毛鴻賓都明確表示贊成此事。只有年邁的勞崇光態(tài)度比較含糊，既表示同意，又說要慎重，讀完全篇，也不知他究竟是贊成還是不贊成。不過，勞崇光在七位總督中的地位，只與毛鴻賓相上下，都是屬于沒有戰(zhàn)功一類的，遠(yuǎn)不如左、楊、官、劉、駱，何況他也沒有明白反對。長江水師改為經(jīng)制之師，就這樣順順當(dāng)當(dāng)?shù)赝ㄟ^了?；侍蠼邮芰俗笞谔牡慕ㄗh，籌建海軍一事暫緩，先把水師整頓好，以巡守長江為主要職務(wù)。更令他們興奮的是，朝廷任命彭玉麟為統(tǒng)領(lǐng)，并沒有官文的名字，那個(gè)好名的大學(xué)士空喜了一場。
彭玉麟日夜與黃翼升、李朝斌等人計(jì)議，擬出了一個(gè)章程：統(tǒng)領(lǐng)之下設(shè)提督兩員，由黃、李分任；建岳州、漢陽、湖口、瓜洲、狼山五鎮(zhèn)，設(shè)總兵五人；立營二十四個(gè)，戰(zhàn)船七百七十四號，營官二十四員，哨官七百七十四員，兵士一萬二千人。鑒于水師中受賞大銜的很多，而實(shí)際營哨官只有八百來名，僧多粥少，不夠分配，彭玉麟又想出一個(gè)點(diǎn)子：以大銜藉補(bǔ)小缺。按銜高低排，同銜的按資歷排。這樣排下去，許多銜位高達(dá)參將、游擊的，也只能當(dāng)千總、把總。雖略覺委屈，他們也樂意。銜是空的，職務(wù)才是實(shí)的，千總、把總雖低，總比那些有銜無職的要強(qiáng)多了。長江水師原有二萬人，彭玉麟對這支人馬作了整頓。沒有戰(zhàn)功的，疲沓的，走私的，吸食鴉片的，有結(jié)黨嫌疑的，統(tǒng)統(tǒng)予以裁撤。長江水師開始有了新氣象。曾國藩對彭玉麟的整頓完全放心，他自己則把主要精力放在吏治上。
曾氏在《原才》一文中說："風(fēng)俗之厚薄奚自乎?自乎一二人之心之所向而已。民之生，庸弱者，戢戢皆是也，有一二賢且智者，則眾人君之而受命焉；尤智者，所君尤眾焉。此一二人者之心向義，則眾人與之赴義；一二人者之心向利，則眾人與之赴利。眾人所趨，勢之所歸，雖有大力，莫之敢逆。故曰撓萬物者莫疾乎風(fēng)。風(fēng)俗之于人之心，始乎微，而終乎不可御者也。"他素來服膺王陽明的"破山中賊易，破心中賊難"的觀點(diǎn)，認(rèn)為正人心、厚風(fēng)俗、扭轉(zhuǎn)世風(fēng)要比破長毛下金陵更難，而世風(fēng)的好壞主要系于當(dāng)政者。最高當(dāng)政者以自己的人格和才能為表率，默運(yùn)于淵深微漠之中，慢慢地引起身邊人效法，再向全國各級官吏推廣，這樣就可以形成一種強(qiáng)大的勢力。憑著這股勢力，人心可正派，風(fēng)俗可淳厚。因而，他自己盡量做到以身作則，試圖以此來感染身邊的幕僚們，把他們培養(yǎng)成好的種子，撒到兩江三省去，影響各府州縣的官吏，從而逐漸把兩江的風(fēng)氣扭轉(zhuǎn)過來。為達(dá)此目的，他自己辦事比先前更加勤勉。州縣凡命案都要由他最后裁決，又經(jīng)常派幕僚們下去查訪吏治民情。繼裕祺之后，又革掉了幾個(gè)民憤很大的貪官，代之以幕僚中德才兼?zhèn)湔摺?br/>
這時(shí)容閎從海外回來，大批從英美購來的機(jī)器母機(jī)也運(yùn)到吳淞口。曾國藩大力表彰了容閎的忠心和才干，并安排他和楊國棟、徐壽、華蘅芳、李善蘭等人，在上?；I辦機(jī)器制造總局，把安慶內(nèi)軍械所的大部分機(jī)器遷過去，小部分留下，作為上海總局的分局。
曾氏同治四年四月二十一日日記："是日接奉廷寄，一等侯之上加'毅勇'二字，李少泉伯之上加'肅毅'二字。"又《曾國荃年譜》"同治五年"中有如下記載："準(zhǔn)湖廣總督咨，內(nèi)閣抄出同治四年四月十四日具奏，賞曾國藩等侯伯莢名，奉御印印出曾國荃加'威毅'名號。"皇上念及功臣，特為降旨，為曾國藩的一等侯之上褒加"毅勇"二字，曾國荃的一等伯之上褒加"威毅"二字，李鴻章的一等伯之上褒加"肅毅"二字。曾國藩心中歡喜。
正當(dāng)曾國藩為兩江的振興而努力的時(shí)候，清軍與捻軍交戰(zhàn)的前線傳來令人震驚的消息。這個(gè)消息打亂了他的全盤計(jì)劃，逼迫他不得不重上戰(zhàn)場，最終使他由一個(gè)勝利者變?yōu)槭≌摺?