由于朱溫連年攻打時溥，導致徐州、泗州、濠州的百姓都難以耕種，軍疲民困，時溥無奈只好與朱溫講和。
朱溫要求朝廷調走時溥，另派人來接管徐州。朝廷就詔令門下侍郎劉崇望擔任徐州感化軍節(jié)度使，任命時溥為太子太師。
但時溥但心離開徐州后，朱溫會設計陷害自己，以軍中將士挽留為理由，沒有離開徐州。劉崇望走到華陰縣時，得知時溥沒有離開徐州，他就又返回長安。
892年十月，朝廷又任命時溥為侍中、感化軍節(jié)度使，默認其繼續(xù)占據(jù)徐州。朱溫上奏請求朝廷收回對時溥的新任命，但唐昭宗詔令規(guī)勸朱溫與時溥和解，不要再打了。
到了十一月，時溥管轄的濠州刺史張璲、泗州刺史張諫都獻城投降朱溫。
朱溫的兒子朱友裕此前帶領十萬人攻打朱瑄管轄的濮州（鄄城縣一帶），抓獲了濮州刺史邵倫。隨后，朱溫又命令朱友裕帶軍隊攻打時溥。
時溥不甘心失敗，893年正月，他還派兵攻占了宿州，宿州刺史郭言戰(zhàn)死。
時溥再次向兗州的朱瑾請求救援，而朱溫已提前派遣大將霍存帶領三千騎兵駐扎在曹州，以防備朱瑾。
當朱瑾率領二萬人前往救援徐州時，遭遇霍存、朱友裕的迎擊，雙方在彭城附近的石佛山下交戰(zhàn)，徐州和兗州的軍隊被打敗，朱瑾逃回兗州，朱友裕沒有奮力追趕。
但不久，徐州的軍隊再次反擊霍存的營寨，霍存因為自滿輕敵，防守不嚴，招致失敗，霍存在戰(zhàn)場上被殺死。
當朱溫的長子朱友裕圍困徐州時，時溥幾次派出軍隊挑戰(zhàn)，朱友裕都不應戰(zhàn)。又加上朱瑾在石佛山下戰(zhàn)敗逃跑時，朱友裕也不追擊，都虞候朱友恭（朱溫的養(yǎng)子，本名李彥威）就寫信給朱溫，誣陷朱友裕不忠心。
朱溫得知后大怒，當即派人傳信給都指揮使龐師古，命令他代替朱友裕統(tǒng)領軍隊，并且要審訊朱友裕。但這封信誤傳到朱友裕的手里，朱友裕非?？謶郑敿磶еT兵逃進深山，又秘密到達碭山其伯父朱全昱那里隱藏。
朱溫的夫人張氏聽說這件事，覺得不能讓朱友裕這樣違反軍令，就派人勸說朱友裕到朱溫這里請罪。朱友裕來拜見朱溫時，朱溫要把他拉出去殺死。
當時，張夫人正在洗腳，嚇得趕忙出來苦苦相勸，朱溫這才免除對朱友裕的死罪，命他暫且主持許州事務。
龐師古奉命取代朱友裕指揮軍隊，繼續(xù)攻打徐州，攻破徐州軍在石佛山的營寨，時溥的徐州軍隊不敢再出來交戰(zhàn)。
由于汴軍幾個月也沒有攻下徐州，軍隊有所懈怠。通事官張濤寫信給朱溫說云：“徐州久攻不下，是進軍的時機不好，因此出兵無功?！敝鞙匾舱J為是這樣。
但幕僚敬翔說：“今攻城幾個月，所花費甚多，徐州人也已疲困了。攻下徐州只是時間問題，如果將士們聽說這話，攻取之心都會松懈的?！敝鞙鼐桶淹ㄊ鹿購垵臅艧簦H自率軍到達徐州督戰(zhàn)。
朱溫到來的幾天后，上下同心，龐師古終于攻克彭城。893年四月二十日，時溥全家登上燕子樓自焚而死。
朱溫委任宋州刺史張廷范代管徐州事務，張廷范后來被朝廷任命為徐州武寧軍節(jié)度使。
解決了秦宗權、時溥，朱溫又加緊對付朱瑄、朱瑾。
893年七月，攻占徐州的汴州軍隊由龐師古率領，轉兵去攻打兗州的朱瑾，朱瑾的軍隊多次被打敗。
十二月，先鋒葛從周率軍進攻齊州（濟南歷城），齊州刺史朱威向朱瑄、朱瑾求援，朱瑄派軍隊前來救援，齊州的城防加固。
到了894年二月，朱溫親自率領大軍攻打鄆州的朱瑄，在東阿縣的魚山安營扎寨。
朱瑄、朱瑾想速戰(zhàn)速決，他們聯(lián)合進攻朱溫的營地，提前擺好陣型后，朱溫的軍隊才出營寨。
因兩軍都在雜草中間，這時猛然刮起西北風，風向對朱溫的軍隊有利，朱溫下令順風放火，頃刻間煙霧火焰連天。
朱溫乘勢發(fā)動攻擊，鄆、兗聯(lián)軍大敗，被殺死一萬多人。朱溫在魚山下用敵軍的尸體筑起高大的墳墓來炫耀戰(zhàn)功，朱溫駐軍幾天后返回。
五月，朱瑄、朱瑾因屢次戰(zhàn)敗，就向河東求救，李克用派遣安福順、安福慶、安福遷三兄弟率五百精銳騎兵，從魏博軍借道渡過黃河前來援助。
到了895年正月，朱溫又派遣養(yǎng)子朱友恭圍攻兗州，挖壕溝圍住兗州城。朱瑄率步騎兵從鄆州前來增援，但卻在鄆城的高魚被朱友恭設下的伏兵擊敗，糧餉被全部搶走。此前李克用派來增援的將官安福順、安福慶也被朱友恭的軍隊擒獲，朱瑄只好退回。
為了接應朱友恭，朱溫率軍隊駐扎在單父縣（單縣）。李克用又派遣史儼、李承嗣率一萬余騎兵南下增援鄆州的朱瑄，朱友恭擔心不能取勝，就率兵退回到汴州。
895年八月，朱溫又率領軍隊攻打鄆州的朱瑄，他先在壽張縣的梁山埋下伏兵，派前鋒挑戰(zhàn)朱瑄的軍隊。朱瑄率軍前來，結果中了埋伏，敗逃回鄆州城。
十月，朱溫再派葛從周攻打兗州的朱瑾，他親自在后面督率大軍，隨后包圍兗州。。
此時擔任齊州刺史的是朱瓊（朱瑾的堂兄），他派使者前來請求投降，朱溫接受他，并讓朱瓊的軍隊一起攻打兗州。
（這段時期，因河中節(jié)度使王重盈死后，王珙、王瑤與王珂三兄弟爭奪河中節(jié)度使職位，大家各有后臺支持，導致各鎮(zhèn)矛盾升級。王行瑜、李茂貞、韓建三位節(jié)度使帶兵進入長安，而李克用則率大軍南下攻打王行瑜等三位節(jié)度使，導致朝政極亂。朝政對中原一帶三位朱姓之間的戰(zhàn)爭也無力管轄。）