1858年1月，清軍乘太平天國(guó)內(nèi)訌之后又恢復(fù)江北、江南大營(yíng)，再次圍困天京的時(shí)候，石達(dá)開早已經(jīng)在“自立為王”的道路上前進(jìn)了，因此，天王洪秀全即使向石達(dá)開下達(dá)了要求他回師救援天京的命令，石達(dá)開也不可能再去執(zhí)行了。4月，洪仁玕捻轉(zhuǎn)到達(dá)天京，被封為干王。
1858年，捻軍主力回到淮北，一面以圩寨戰(zhàn)抗擊清軍進(jìn)攻，一面以快速的流動(dòng)作戰(zhàn)方式出擊豫、魯、蘇，殲滅大量清軍，并與太平軍配合進(jìn)行了多次重要作戰(zhàn)。
4月12日，太平軍石鎮(zhèn)吉部由憲天燕，及軍政司程某率領(lǐng)占領(lǐng)泳康，頑抗者惟有謝副爺（謝蘭生）、徐翊仁等數(shù)人。占領(lǐng)后將10個(gè)鄉(xiāng)分立5軍帥、25師帥和125旅帥管理。黃溪灘應(yīng)法潔率眾投奔太平軍，部眾發(fā)展到2000多人。六月初七晨，民團(tuán)會(huì)剿黃溪灘，應(yīng)法潔父子百余人被殺。接著又聚游仙、義和、太平數(shù)鄉(xiāng)民團(tuán)數(shù)萬(wàn)人合圍縣城。太平軍作戰(zhàn)術(shù)退卻，在民團(tuán)合圍前稍然撤離，六月初八泳康復(fù)為清總兵周天培占領(lǐng)。
5月下旬張樂行率兵北上，經(jīng)正陽(yáng)關(guān)、峽石口，占領(lǐng)懷遠(yuǎn)、臨淮和鳳陽(yáng)府縣兩城，控制淮河南北的交通，斷絕清淮北鹽運(yùn)。11月與廬州太平軍南下，配合陳玉成、李秀成指揮的三河之役，大敗湘軍。次年夏，派龔得樹領(lǐng)兵渡淮河，聯(lián)合太平天國(guó)廬州守軍吳如孝部攻克懷遠(yuǎn)，自此兩軍占領(lǐng)地區(qū)聯(lián)為一片。11月南退定遠(yuǎn)。
1858年，咸豐八年六月，孫葵心北上攻打懷遠(yuǎn)、定遠(yuǎn)，掃蕩江淮清兵，屢建戰(zhàn)功。后受清軍和苗沛霖包圍，突圍后與張樂行發(fā)生分歧，回淮北自成一軍，與黑旗主劉玉淵聯(lián)合作戰(zhàn)。九月，孫葵心與劉玉淵、劉天福等人率部入山東，破曹縣、武城。
1858年8月，捻軍首領(lǐng)侯士偉為借款及一頭毛驢走失之事，與堂兄侯士忠矛盾激化，加之早有前仇，侯士偉決計(jì)報(bào)復(fù)。張敏行（張樂行胞兄）部下張正江是黃旗旗主，與張敏行父子、侯士偉關(guān)系密切。一日，張敏行兒子張瑨威逼張正江侍從張老二，以張正江名義，邀侯士偉至張正江部駐地張寨議事。侯士偉深信不疑，率幾名隨從至張寨。隨從立被張瑨部誘禁門外。侯士偉見事有異，逃至二門過道，被侯士忠之子侯布標(biāo)一槍刺死。不久，侯士偉之子侯山也被殺于瓜地。張、侯兩家的仇殺，使紅旗內(nèi)部嚴(yán)重不和，遂分裂成兩部分，傾向侯士偉的將士投在黃旗旗主張正江部，另一部分由侯布標(biāo)率領(lǐng)并入張敏行部。侯士偉事件，使張樂行本部親軍的戰(zhàn)斗力大為削弱，以致后來不能單獨(dú)御敵，而被清軍擊破。
1858年9月，捻軍首龔德樹南下與廬州太平軍吳如孝部奪取藕塘鎮(zhèn)，圍攻定遠(yuǎn)。陳玉成、李秀成率軍攻占浦口和揚(yáng)州，大破清軍江北大營(yíng)。清軍乘太平軍東下，攻安徽、據(jù)太湖、撲安慶，李續(xù)賓率湘軍連陷潛山、桐城、舒城，攻三河鎮(zhèn)，進(jìn)逼廬州（合肥）。陳玉成率兵救援，李秀成援軍繼進(jìn)。11月14日，陳玉成部攻克三河清營(yíng)，次日兩軍決戰(zhàn)。太平軍殲清軍六千人，擊斃李續(xù)賓（一說自縊）、曾國(guó)華。清軍從安慶外圍撤走。
12月，蘇天福率部深人魯西南作戰(zhàn)，不久南下。
太平軍從1858年開始，先后在浦口戰(zhàn)役、三河大捷、兩破江南大營(yíng)、挺進(jìn)蘇浙等一系列戰(zhàn)役中取得勝利，扭轉(zhuǎn)了軍事上的危局。政治上頒布了《資政新篇》，經(jīng)濟(jì)、外交、文化等各個(gè)方面也進(jìn)行了列改革，改變了被動(dòng)局面。天王洪秀全再設(shè)五軍主將，李秀成被封為后軍主將。
1859年3月，孫葵心、劉天福等轉(zhuǎn)戰(zhàn)于豫南郾城、舞陽(yáng)，于北舞渡大敗清軍，擊斃南陽(yáng)鎮(zhèn)總兵邱聯(lián)恩和山西參將福瑞。7月17日，龔德樹攻克定遠(yuǎn)。
1859年洪秀全封李秀成為忠王。春天，石達(dá)開入湖南，發(fā)動(dòng)“寶慶會(huì)戰(zhàn)”，欲取上游之勢(shì)，再下趨湖北，配合安徽太平軍作戰(zhàn)，并伺機(jī)分兵入川。彼時(shí)湘軍正計(jì)劃分兵三路進(jìn)攻安慶，聞石達(dá)開長(zhǎng)驅(qū)直入湖南腹地，軍心全線動(dòng)搖，只得將因勢(shì)利導(dǎo)，全力援湘。面對(duì)湘軍的重兵馳援，石達(dá)開孤軍作戰(zhàn)，未能攻克寶慶，被迫退入廣西休整。
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