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此時，在另外一個地方，正發(fā)生著更為重要的事情。
這里還是錫安虛擬世界，但這里卻不是被尼奧所控制的錫安，而是被機器們占領(lǐng)的更廣闊的土地中。
機器大帝就在這里，它在進化過程中不可打斷，它最重要的核心意識“母體之父”，此時還在設(shè)計著計謀，想辦法把所有史密斯一網(wǎng)打盡，全部引到火車站。
這不容易，但是母體之父還是相當(dāng)有自信的，畢竟他創(chuàng)造了母體，母體中的一切都或多或少的要受其控制。
為了抑制住史密斯的發(fā)展，一個又一個更為可怕的黑衣特工被開發(fā)了出來。
哪怕史密斯自以為了得，可是母體之父為了對付這家伙，開發(fā)出來的都是遠遠超越常規(guī)的程序，其殺毒軟件特性發(fā)揮到極致。
雖然史密斯的數(shù)量在不斷擴大，但是殺毒軟件們殺傷力驚人，有些時候甚至不再顧忌被“人類”發(fā)現(xiàn)，全力掃蕩著這些“史密斯”，終于使得史密斯都不敢隨便行動了。
因為，史密斯發(fā)現(xiàn)自己完全無法對抗這全新一代的殺毒軟件“黑衣特工”，畢竟這可是母體之父為首的三人全力開發(fā)出來的專殺軟件。
電影原著中，母體之母利用了尼奧，結(jié)果就一石二鳥，一下子解決了兩個麻煩。
但是，這并不代表母體之父和母體之母，他們真的就沒有一定的對抗史密斯的辦法。
現(xiàn)在，他們之中還要再加上一個梅羅紋奇這個家伙。
梅羅紋奇，這個人雖然因為在母體中已經(jīng)不再重要，所以沒有了權(quán)限，使得他一直不甘心。
可是，梅羅紋奇的力量是不會被母體之父和母體之母小看的。
三個母體中的至高力量合力，再加上機器大帝的進化，使得某些數(shù)碼寶貝的特性被賜予了黑衣特工，因此史密斯才會弄得那么狼狽。
是的，現(xiàn)在的史密斯已經(jīng)很狼狽了，到處都有神出鬼沒，不知道會突然從哪里冒出來的黑衣特工，到處都在追殺著任何一個被發(fā)現(xiàn)的“史密斯”。
最讓史密斯咬牙的是，這些黑衣特工居然還會進化，一次比一次遇到的要強，而且不知為何這些特殊的程序無法入侵，因為它們壓根就是在見勢不妙時會自爆，這簡直是豈有此理。
這樣一來，不但史密斯的行動受到了嚴(yán)重妨礙，而且他污染成的病毒“史密斯”，還沒有被黑衣特工殺掉的多，這如何讓他甘心？
史密斯或許因為自己最近太過給力了，居然小看了母體真正的力量，這會弄成如此也是理所當(dāng)然的事情。
史密斯眼下如此強力，是因為尼奧的變化超過原劇情。
可是，機器大帝作為母體的化身，現(xiàn)在也已經(jīng)被轉(zhuǎn)化成為了數(shù)碼寶貝形式，哪怕不算是完整的數(shù)碼寶貝，而且進化等級還很低，可是這些也讓母體中的掌控者“母體之父”、“母體之母”都變得更加強力了。
梅羅紋奇，因為恢復(fù)了地位，被分到了一點權(quán)限，也得到了進化。
這是一種妥協(xié)。若沒有梅羅紋奇的幫助，在對付史密斯上面，或許未必會如現(xiàn)在那么有效了。
現(xiàn)在只剩下了等待，只需要把史密斯殺干凈只剩下一個時，將那只無法被刪除的史密斯原形，流放封印在已經(jīng)被改造成牢籠的火車站，那么一切的事情就都會結(jié)束。
其實，在機器大帝轉(zhuǎn)變數(shù)碼寶貝，成功得到進化的時候，他們這些機器全部都得到了相應(yīng)的好處，甚至他們覺得自己最終會在機器大帝身體完全形成時，全部都可能成為數(shù)碼寶貝，那種特殊的生命狀態(tài)。
自然的，人類對于這些人工智能重要性大大降低了，尼奧如果不與他們做對，他們估計現(xiàn)在也懶得再理會了吧。
機器就是如此實際，他們行事全部都是陽謀，并且給你選擇。他們覺得不需要時，他們自己也會做出選擇，應(yīng)該放棄的會完全沒有猶豫的放棄。
可是……
所有的機器，這些母體內(nèi)外可以做主的人工智能，他們都想得太美好了，一個巨大的危機即將到來，他們還沒有任何察覺的樣子。
啟示錄獸的誕生，進入到了倒計時狀態(tài)……
另外，這個時候的浦飯幽助、藏馬、飛影已經(jīng)潛入到了母體之中，這三人的突然潛入，讓只關(guān)注著史密斯的所有人工智能，都完全沒有注意到。
這下子樂子就大了……
尋找史密斯的浦飯等人，尋找史密斯的黑衣特工，他們終將遇上，與史密斯之間產(chǎn)生的交集又會如何收場呢。
好吧，他們遇上的事實比想象中還要快。
浦飯幽助、藏馬、飛影，最先發(fā)現(xiàn)的就是黑衣特工。
現(xiàn)在史密斯肆虐的時期，這些黑衣特工簡直是到處都是，任何異常都有可能讓他們出現(xiàn)。
附近也的確正好有一個史密斯的病毒分身存在，這完全是一個巧合。
黑衣特工完全沒有管是否有人跟著，而是直接鎖定自己確定的目標(biāo)，前往進行殺毒作業(yè)。
黑衣特工這種做法，也是因為如今的黑衣特工似乎為了保持?jǐn)?shù)量，為了節(jié)省母體資源，所以在提升了殺毒能力的情況下，降低了相應(yīng)的智商。
這些黑衣特工也就是相當(dāng)?shù)拖碌娜斯ぶ悄?，與史密斯那一代黑衣特工，又或是被史密斯終結(jié)掉的第二代黑衣特工，其中的差距可謂是相當(dāng)?shù)拇罅恕?br/>
但是，這是專殺程序，只為了針對史密斯一個病毒，自然不需要過于復(fù)雜。
因為針對性，黑衣特工很快就找到了自己的目標(biāo)。
史密斯的一個分身就站在那里，他本來隱藏在這里，沒有想到還是被發(fā)現(xiàn)了。
史密斯看到黑衣特工時，就知道今天又要死一個分身了。
只是，他突然發(fā)現(xiàn)這個黑衣特工身后跟上來的三個人類，史密斯就是心中一動，突然就有了某些算計了。
史密斯的算計很簡單，一點都不復(fù)雜，他就是圖一個亂中取勝，局面混亂了他才有機會。
在眼下這種關(guān)鍵時期，少死一個分身就是一份勝利。
所以，他直接故意沖上去，做出一副要跟黑衣特工拼命的架勢，只是沖到一半就突然轉(zhuǎn)向，直接繞過黑衣特工向著浦飯三人沖了過去。
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