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康熙十八年，劉國(guó)軒、吳淑、何佑等占據(jù)郭塘歐溪頭，準(zhǔn)備毀斷江東橋以攻取長(zhǎng)泰。
姚啟圣偕賚塔、楊捷及巡撫吳興祚協(xié)力追殲，大敗鄭錦軍隊(duì)，先后招降官吏400余名、士兵14000余人。
五月，劉國(guó)軒、吳淑等率萬(wàn)余人謀奪江東橋、榴山寨，姚啟圣同賚塔、石調(diào)聲擊敗之，至太平橋、潮溝，殺敵千余。
康熙十九年二月，姚啟圣與賚塔、楊捷、石調(diào)聲督兵攻復(fù)海澄縣，提督萬(wàn)正色攻克海壇，姚啟圣同賚塔及總兵趙得壽、黃大來(lái)等分兵七路合擊，破敵19寨。
另派遣軍隊(duì)渡海，攻下金門(mén)、廈門(mén)，招降偽將軍朱天貴、楊彪等。敘恢復(fù)長(zhǎng)泰等縣功，進(jìn)封兵部尚書(shū)、太子太保。
康熙二十年四月，左都御史徐元文上疏參劾姚啟圣：
“姚啟圣自為香山知縣，穢跡彰聞，革職提問(wèn)，永不敘用。祗以逆孽變亂，孑身戎行，遂冒軍功，驟致節(jié)鉞，正當(dāng)殫力竭忠以報(bào)恩遇。不謂素性乖張，舉措輕妄，以虛詞為實(shí)事，以乾沒(méi)為己貲，其言欺罔無(wú)據(jù)，其心險(xiǎn)側(cè)不平。
臣請(qǐng)略舉數(shù)端有大可駭者：大臣官員侵占民利，煌煌嚴(yán)禁，而姚啟圣前者妄請(qǐng)借司庫(kù)銀十二萬(wàn)兩，經(jīng)營(yíng)取利，可駭者一。
姚啟圣自陳疏，稱(chēng)家無(wú)片瓦，而以臣所聞，姚啟圣揮霍金錢(qián)，不異泥沙，題報(bào)軍前捐銀十五萬(wàn)兩有奇，此銀不從天降地出，謂非尅軍餉、脧民膏，臣不信也，可駭者二；
閩省民困已極，姚啟圣不能加意存撫，乃拆毀民居，筑園亭水閣，日役千人舞女、歌兒充實(shí)房闥，又強(qiáng)娶長(zhǎng)泰縣鄉(xiāng)紳戴璣孫女為妾，委其兄戴法署教官，物議沸騰，可駭者三；
海壇進(jìn)師，姚啟圣力為阻撓，一則曰不敢輕舉喪師辱國(guó)，一則曰不敢以封疆為兒戲，及恢復(fù)海壇，繼取金門(mén)、廈門(mén)，又言當(dāng)直取臺(tái)灣，其始則欲養(yǎng)寇，其繼又欲窮兵，可駭者四；
姚啟圣有卒數(shù)萬(wàn)，與海壇萬(wàn)余之賊相持三載，不能成功，乃欲令水師提督統(tǒng)新降之眾，遠(yuǎn)涉波濤，以圖萬(wàn)一之僥幸，繼因詞窮理屈，即自請(qǐng)出師，漫無(wú)布置，始為是語(yǔ)以塞人言，可駭者五；
吳興祚、萬(wàn)正色平海奏功，姚啟圣心懷慚妒，跪向侍郎溫岱云萬(wàn)正色密遣人與偽都督朱天貴約定投誠(chéng)，隨讓海壇而去，其言尤為不根，海壇賊遁之後，朱天貴尚爾狂逞，姚啟圣疏云廈門(mén)雖恢復(fù)而朱天貴實(shí)為後患，則所云讓去者顯系妄造，臣不知姚啟圣何心，與驅(qū)除海逆者作難如此，可駭者六；
總督封疆大吏，乃因欲行讒譖，長(zhǎng)跪部臣之前，失大臣體，可駭者七；
兵部據(jù)姚啟圣之言，以為吳興祚等冒濫軍功，賴(lài)皇上圣明，洞見(jiàn)萬(wàn)里，令即行議敘，自此勞臣吐氣，人心莫不鼓舞。克海賊者既有功，則妒功者自應(yīng)有罪。
總之，姚啟圣恣睢放誕、險(xiǎn)詐欺誣，委以巖疆，甚非八閩蒼生之福，乞勅部確察嚴(yán)議，以為人臣譎詐行私者戒?！?br/>
康熙二十一年二月，姚啟圣因攻克海澄、金門(mén)、廈門(mén)之功，被授予世襲騎都尉，加一云騎尉。
當(dāng)時(shí)鄭經(jīng)已死，其子鄭克塽襲位，稱(chēng)延平王，凡事皆決之劉國(guó)軒等，表示愿意對(duì)清稱(chēng)臣進(jìn)貢，不剃發(fā)登岸如琉球、高麗那樣。姚啟圣上奏，康熙帝不許，命水師提督施瑯攻取臺(tái)灣。
康熙二十二年六月，施瑯取澎湖。八月，姚啟圣至澎湖經(jīng)理糧餉，施瑯攻克臺(tái)灣，鄭克塽、劉國(guó)軒等人皆降，姚啟圣還兵福州。
疏入，命姚啟圣回奏，不久姚啟圣奏言：
“臣于康熙十七年十月，進(jìn)兵至鳳皇山，因一時(shí)投誠(chéng)者甚多，犒賞不繼，與撫臣吳興祚議及外省貿(mào)易頗有微息，前督臣李率泰、經(jīng)略臣洪承疇曾借帑為之，遂冒昧上疏未蒙俞，允臣等雖因公起見(jiàn)，然不應(yīng)以細(xì)事上瀆宸聰。
臣自入任京中，未有產(chǎn)業(yè)，而軍前捐銀十五萬(wàn)有奇者，香山革職后貿(mào)易七年，頗積微貲。并臣浙江祖業(yè)變價(jià)，及親朋借貸經(jīng)年累月，而后有此數(shù)。
臣視師漳南於康熙十七年七月，巡邊至省，見(jiàn)總督衙門(mén)被耿精忠屯兵居住，以致拆毀倒塌。臣因捐貲修整，每日所用匠夫不過(guò)數(shù)十名，各給口糧，工價(jià)柵外。
有員役搭蓋小房，令其自行拆去。至臣妾數(shù)人，俱有子女，年已老大，并無(wú)歌兒舞女。強(qiáng)娶戴璣孫女更無(wú)其事，教官戴法乃前督臣郎廷佐批委者，臣到任時(shí)，戴法已署事八月矣。
康熙十八年十一月，臣有密陳進(jìn)剿機(jī)宜清字一疏，請(qǐng)水陸各分五路進(jìn)兵，內(nèi)稱(chēng)轉(zhuǎn)盼來(lái)春。南風(fēng)一起，船只難行，又須坐守一年，徒費(fèi)錢(qián)糧。
臣彼時(shí)尚爾踴躍，豈至次年輒肯遲滯，且撫臣一經(jīng)拜疏出師，臣即會(huì)同將軍楊捷親領(lǐng)官兵進(jìn)攻烏嶼、海倉(cāng)并十九寨，上下夾攻，以分賊勢(shì)。
至得廈門(mén)之后，即攻臺(tái)灣，臣先於十八年九月有密陳一統(tǒng)規(guī)模清字一疏云，前得廈門(mén)棄而不守，亦不再攻臺(tái)灣，將船只盡毀，以致海賊復(fù)起。
我兵無(wú)船可用，今托皇上洪福，如得廈門(mén)之后，即進(jìn)剿臺(tái)灣，不難破卯覆巢。是臣欲攻臺(tái)灣始終如一，非既得廈門(mén)，方請(qǐng)直取臺(tái)灣也。
又十七年九月，臣等大敗海賊於蜈蚣山，實(shí)因兵單不能分取海澄、觀音山等處。至十月中，催各路官兵到漳，而賊已深溝高壘矣，平南將軍臣賚塔、撫臣吳興祚、提臣楊捷及臣等會(huì)商，若止於陸路進(jìn)兵，斷難必勝?zèng)Q，須水陸夾攻，臣百端籌畫(huà)，不敢輕舉遺誤封疆
。審有可取之機(jī)，方敢上疏自請(qǐng)督師，非姑為是言也。侍郎臣溫岱入奏之言，臣得之朱天貴，天貴六月到漳招撫投誠(chéng)之說(shuō)，天貴言之，而後臣知之。
總之，撫臣、提臣拜疏出師，則平賊之首功已定，臣何所容其慚妒乎？溫岱曾云總督、提督俱要和衷，臣因望闕跪，誓不肯負(fù)恩，豈跪部臣乎？
臣任閩三載雖無(wú)妒功之心，實(shí)有溺職之罪，伏祈勅部嚴(yán)加議處，另簡(jiǎn)賢能，庶臣心安而臣心白矣?！?br/>
康熙二十二年十一月，姚啟圣還兵福州不久背部舊疾復(fù)發(fā)，很快病故，終年六十。
康熙二十三年九月，朝廷商議姚啟圣修造船舶、軍械虛報(bào)帑金四萬(wàn)七千兩有奇，應(yīng)予追繳。康熙念姚啟圣生前勞苦，免于追繳。
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