石亨本來(lái)因?yàn)檫`犯了軍法被削職，是于謙請(qǐng)求明代宗寬恕了他，讓他總理十營(yíng)兵，但因?yàn)楹ε掠谥t不敢放肆，也不喜歡于謙。
德勝門(mén)一仗的勝利，石亨的功勞并不比于謙大，而得到世襲侯爵，內(nèi)心有愧，于是上書(shū)推薦于謙的兒子于冕。
明代宗下詔讓他到京師，于謙推辭，明代宗不準(zhǔn)，于謙說(shuō)：
“國(guó)家多事的時(shí)候，臣子在道義上不應(yīng)該顧及個(gè)人的恩德，而且石亨身為大將，沒(méi)有聽(tīng)說(shuō)他舉薦一位隱士，提拔一個(gè)兵卒，以補(bǔ)益軍隊(duì)國(guó)家。
而只是推薦了我的兒子，這能得到公眾的認(rèn)可嗎？我對(duì)于軍功，極力杜絕僥幸，絕對(duì)不敢用兒子來(lái)濫領(lǐng)功勞?！?br/>
石亨更是又愧又恨，都督張輒因?yàn)檎髅鐣r(shí)不守律令，被于謙彈劾，和內(nèi)侍曹吉祥等都一向恨于謙。
公元1457年，明代宗朱祁鈺病重，正月壬午，石亨和曹吉祥、徐有貞迎接英宗恢復(fù)了帝位，宣諭朝臣以后，立即把于謙和大學(xué)士王文逮捕入獄。
誣陷于謙等和黃囗制造不軌言論，又和太監(jiān)王誠(chéng)、舒良、張永、王勤等策劃迎接冊(cè)立襄王，石亨等拿定這個(gè)說(shuō)法，唆使科道官上奏。
都御史蕭維禎審判定罪，坐以謀反，判處死刑，王文忍受不了這種誣陷，急于爭(zhēng)辯，于謙笑著說(shuō)：
“這是石亨他們的意思罷了，分辯有什么用處？”
奏疏上呈后，英宗還有些猶豫，說(shuō)：
“于謙是有功勞的?！?br/>
徐有貞進(jìn)言說(shuō)：
“不殺于謙，復(fù)辟這件事就成了出師無(wú)名。”
明英宗的主意便拿定了，正月二十三日，于謙被押往崇文門(mén)外，就在這座他曾拼死保衛(wèi)的城池前，得到了他最后的結(jié)局——斬決。
史載：天下冤之！遂溪的教諭吾豫說(shuō)于謙的罪應(yīng)該滅族，于謙所推薦的各文武大臣都應(yīng)該處死。
刑部堅(jiān)持原判這才停止了，千戶白琦又請(qǐng)求寫(xiě)上他的罪行，刻板印刷在全國(guó)公布。
政治上，于謙敢于為民請(qǐng)命，嚴(yán)懲作奸犯科權(quán)貴，而受到排擠打擊。
人家當(dāng)官前呼后擁，盡顯官威，于謙當(dāng)官便服一套，瘦馬一匹，同僚并不以其為謙虛清廉，卻說(shuō)他壞了官場(chǎng)規(guī)矩。
軍事上，于謙主張兵貴在精，將貴謀勇，用兵貴在臨機(jī)應(yīng)變，提倡“將士相習(xí)”，“管軍者知軍士之強(qiáng)弱，為兵者知將帥之號(hào)令”，所創(chuàng)團(tuán)營(yíng)之制，對(duì)明朝兵制影響很大。
文學(xué)上，于謙詩(shī)作歸隱情懷的表達(dá)與慷慨悲涼的風(fēng)貌預(yù)示了詩(shī)壇風(fēng)氣的轉(zhuǎn)向。
在臺(tái)閣體流行的高峰期，文人們是忌諱表達(dá)激烈的情懷與悲傷的情感的，從而保持了其創(chuàng)作風(fēng)格的雍容，以便發(fā)揮其鳴盛的政治作用。
思想上，于謙重名節(jié)，輕名利，重成仁，輕殺身，重社稷，輕君王。
于謙一生都在家里恭恭敬敬地供奉文天祥的遺像和牌位，就像供奉自己于家的祖先一樣，甚至比供奉自家的祖先還要虔誠(chéng)。
據(jù)傳于謙出生前的那個(gè)晚上，他的父親于仁做一個(gè)夢(mèng)，夢(mèng)見(jiàn)一個(gè)緋袍金幞的神對(duì)他說(shuō)：
我感動(dòng)于你們于家對(duì)我的供奉，也感動(dòng)于你們于家一門(mén)忠義，所以我文天祥打算轉(zhuǎn)世投胎，來(lái)做你們于家的子嗣。
于仁聽(tīng)了這話大吃一驚，趕快口稱遜謝，說(shuō)不敢當(dāng)，但夢(mèng)中那位金神說(shuō)完轉(zhuǎn)眼就不見(jiàn)了。
于仁醒來(lái)不久，于謙就出生了，而于仁之所以給孩子起名叫“謙”，就是“以志夢(mèng)中遜謝之意”，就是說(shuō)對(duì)于文丞相的盛意，他心里還一直惴惴受之不安。
于謙自從土木之變以后，發(fā)誓不和敵人共生存，經(jīng)常住在值班的地方不回家。
于謙一向有痰癥病，明代宗派太監(jiān)興安、舒良輪流前往探望，聽(tīng)說(shuō)他的衣服、用具過(guò)于簡(jiǎn)單，下詔令宮中造了賜給他，所賜東西甚至連醋菜都有了。
于謙又親自到萬(wàn)歲山，砍竹取汁賜給他，有人說(shuō)明代宗太過(guò)寵愛(ài)于謙，興安等說(shuō)：
“他日夜為國(guó)分憂，不問(wèn)家產(chǎn)，如果他去了，讓朝廷到那里還能找到這樣的人？”
到抄家的時(shí)候，于謙家里沒(méi)有多余的錢(qián)財(cái)，只有正屋關(guān)鎖得嚴(yán)嚴(yán)實(shí)實(shí)，打開(kāi)來(lái)看，只有朱祁鈺賜給的蟒袍、劍器。
于謙死的那天，陰云密布，全國(guó)的人都認(rèn)為他是冤枉的，有一個(gè)叫朵兒的指揮，本來(lái)出自曹吉祥的部下，他把酒潑在于謙死的地方，慟哭。
曹吉祥發(fā)怒，鞭打他，第二天，他還是照樣潑酒在地表示祭奠，都督同知陳逵被于謙的忠義感動(dòng)，收斂了他的尸體。
過(guò)了一年，于謙的養(yǎng)子于康將其歸葬于杭州西湖南面的三臺(tái)山麓，陳逵是六合人，曾被推舉為有將領(lǐng)之才，是從李時(shí)勉門(mén)下舉薦的。
皇太后開(kāi)始時(shí)不知道于謙的死，聽(tīng)說(shuō)以后，嘆息哀悼了幾天，英宗也后悔了。
于謙已死，由石亨的黨羽陳汝言任兵部尚書(shū)，不到一年，所干的壞事敗露，貪贓累計(jì)巨萬(wàn)，明英宗召大臣進(jìn)去看，鐵青著臉說(shuō)：
“于謙在景泰朝受重用，死時(shí)沒(méi)有多余的錢(qián)財(cái)，陳汝言為什么會(huì)有這樣多？”
思路客
石亨低著頭不能回答，不久邊境有警，明英宗滿面愁容，恭順侯吳瑾在旁邊侍候，進(jìn)諫說(shuō)：
“如果于謙在，一定不會(huì)讓敵人這樣?！?br/>
明英宗無(wú)言以對(duì)，這一年，徐有貞被石亨中傷，充軍到金齒口，又過(guò)了幾年，石亨亦被捕入獄，死于獄中。
曹吉祥謀反，被滅族，于謙事情得以真相大白，明憲宗成化初年，將于冕赦免回來(lái)，他上疏申訴冤枉，得以恢復(fù)于謙的官職，賜祭，誥文里說(shuō)：
“當(dāng)國(guó)家多難的時(shí)候，保衛(wèi)社稷使其沒(méi)有危險(xiǎn)，獨(dú)自堅(jiān)持公道，被權(quán)臣奸臣共同嫉妒，先帝在時(shí)已經(jīng)知道他的冤，而朕實(shí)在憐惜他的忠誠(chéng)?！?br/>
這誥文在全國(guó)各地傳頌，公元1489年，采納了給事中孫需的意見(jiàn)，追贈(zèng)于謙為特進(jìn)光祿大夫、柱國(guó)、太傅，謚號(hào)肅愍，賜在墓建祠堂，題為“旌功”，由地方有關(guān)部門(mén)年節(jié)拜祭。
公元1590年，于謙改謚為忠肅，杭州、河南、山西都是歷代奉拜祭祀不止。
公元1751年，乾隆帝南巡，為于謙題寫(xiě)匾額“丹心抗節(jié)”。