那個(gè)時(shí)候，國(guó)民黨內(nèi)部思想也很亂，派系對(duì)立嚴(yán)重，所謂革命形勢(shì)越是一派大好，這樣的情況也就越發(fā)糟糕。就連在黨內(nèi)位高權(quán)重的蔣介石，其處境也很微妙、很尷尬。
國(guó)民黨內(nèi)部的右派如“西山會(huì)議派”，這時(shí)認(rèn)為蔣介石是赤色分子、共產(chǎn)黨的同路人。而國(guó)民黨的左派中又有一種聲音，認(rèn)為蔣介石是“新軍閥”。時(shí)任代理海軍局局長(zhǎng)的共產(chǎn)黨人李之龍?jiān)_提出，蔣介石要在3個(gè)月之內(nèi)把廣東所有的工廠收歸國(guó)有，否則就要以“叛變革命”的名義查辦他。來自蘇俄的軍事顧問，很多的時(shí)候也不把蔣介石看在眼里，讓蔣心里很不舒服。
西山會(huì)議派，是中國(guó)國(guó)民黨內(nèi)的右派派別之一，也是國(guó)民黨內(nèi)最堅(jiān)定的反.共勢(shì)力。
孫中山逝世后，國(guó)民黨右派公開進(jìn)行反對(duì)孫中山聯(lián)俄、聯(lián)共、扶助農(nóng)工的三大政策的活動(dòng)。
1925年11月23日，國(guó)民黨中.央執(zhí)行委員中的右派分子，林森、鄒魯、居正、葉楚傖、覃振、石青陽(yáng)、石瑛，中央監(jiān)察委員張繼、謝持等在北京西山碧云寺非法召開所謂“國(guó)民黨一屆四中全會(huì)”，通過了反蘇、反.共、反對(duì)國(guó)共合作的《取消共產(chǎn)派在本黨黨籍宣言》、《總理逝世后關(guān)于反對(duì)共產(chǎn)派被開除者應(yīng)分別恢復(fù)黨籍案》等一系列倒行逆施文件，由此“西山會(huì)議派”產(chǎn)生。
1926年3月17日，蔣介石在日記里寫道：“近來所受苦痛，至不能說，不忍說，且非夢(mèng)想所能及者。政治生活至此，是何異佛入地獄耶。”
可以說在那個(gè)時(shí)候，他便開始謀劃把共產(chǎn)黨人清除出國(guó)民黨了。
這一時(shí)期，新生的黨人在指導(dǎo)思想和做法上也出現(xiàn)了一些不成熟的極左傾向。當(dāng)時(shí)的“湖南農(nóng)民運(yùn)動(dòng)”中，農(nóng)協(xié)的刊物如《湖南民報(bào)》甚至提出了“有土皆豪，無紳不劣”的口號(hào)，不加區(qū)別的鎮(zhèn)壓當(dāng)?shù)氐牡刂?、豪紳，沒收其財(cái)產(chǎn)。結(jié)果，有很多國(guó)民黨人和國(guó)民革命軍軍人的家屬被列為“土豪劣紳”，成了揪斗的對(duì)象。這在國(guó)民黨看來，簡(jiǎn)直是抓反革命抓到自己人頭上，讓國(guó)民黨內(nèi)包括中間派的很多人心生反感。
1927年3月10日，國(guó)民黨二屆三中全會(huì)在武漢漢口召開。這次會(huì)議上，選出了左派人士和中.共.黨.員占絕對(duì)優(yōu)勢(shì)地位的中.央委員會(huì)，會(huì)議并以“提高黨權(quán)”的名義，免去了蔣介石的中.央.主.席、軍.委.主.席，只保留其國(guó)民革命軍總司令的職務(wù)。
于是，矛盾更加激化，也更加公開化。
在蔡元培等一部分國(guó)民黨元老眼中，這樣一來，國(guó)民黨幾乎快要被左派和共產(chǎn)黨人架空，國(guó)民黨和國(guó)民黨人的革命事業(yè)到了生死存亡的關(guān)鍵時(shí)刻，非要出手挽救危局不可了。不管怎么說，反正這時(shí)候的蔡元培，是旗幟鮮明地和國(guó)民黨內(nèi)積極反.共的人走到了一起。
4月2日，國(guó)民黨中央監(jiān)察委員會(huì)全體會(huì)議上，在吳稚暉提交查辦共產(chǎn)黨的呈文之后，蔡元培亦向大家出示了名為《共.產(chǎn)黨禍黨證據(jù)及共.產(chǎn)黨在浙禍黨之報(bào)告》的兩份材料，一份是中.共自二大以來“陰謀破壞國(guó)民黨”的種種決議和通告，另一份則是中.共在浙江“阻止入黨”“煽惑民眾”“擾亂后方”“搗毀米鋪”“壓迫工人”等若干條罪狀。
會(huì)上經(jīng)蔡元培同意，還審定了列有毛.澤.東、周.恩.來、陳.獨(dú)秀等中共領(lǐng)袖及柳亞子、徐謙、鄧演達(dá)等國(guó)民黨左派人士的黑名單，共計(jì)179人，提請(qǐng)委員會(huì)立即采取緊急措施，將這些“首要危險(xiǎn)分子”，“就地知照治安機(jī)關(guān)，分別看管，制止活動(dòng)”。
此后，在蔡元培的主持下，這些監(jiān)察委員又開了4次“清黨”密會(huì)。
可以說，在國(guó)民黨內(nèi)的派系爭(zhēng)斗中，這時(shí)候的蔡元培是堅(jiān)定地站在了蔣介石一邊。
蔡元培又在4月9日同吳稚暉、張靜江、李石曾等人一起發(fā)出3000余字的“護(hù)黨救國(guó)”聯(lián)名通電，痛斥聯(lián)共政策的種種荒謬，嚴(yán)詞指責(zé)工農(nóng)運(yùn)動(dòng)，指斥武漢汪精衛(wèi)等為首的國(guó)民政府與共.產(chǎn).黨合作，有“亡黨之責(zé)”，“大有背于本黨治國(guó)之精神，極端毀滅本黨組織之根本旨趣，減少群眾對(duì)于本黨之堅(jiān)固信仰”。
蔡元培在文章里呼吁全體國(guó)民黨黨員“念黨之危機(jī)，懔喪亡之無日，披發(fā)纓冠，共圖匡濟(jì)，扶危定傾，端視此舉”，從而為蔣介石發(fā)動(dòng)政變做了輿論上的準(zhǔn)備。
到了這一年的10月18日，蔡元培在國(guó)民黨中.央黨.務(wù)學(xué)校發(fā)表演講，還在向青年學(xué)生灌輸他的這一思想：
“本黨在共.產(chǎn).黨搗亂的時(shí)候，下級(jí)黨部和農(nóng)工組織為他們所把持，不許本黨黨員插足。他們這種方法是很厲害的，是想把本黨的基礎(chǔ)搶了去。他們所做的工作，就是要消滅本黨的工作。共.產(chǎn)黨的農(nóng)人工人運(yùn)動(dòng)，是欺騙農(nóng)工的運(yùn)動(dòng)，不能夠替農(nóng)工謀實(shí)在的利益。”
1927年4月15日凌晨，國(guó)民黨廣東當(dāng)局下令軍警和其他武裝開始在廣州進(jìn)行“清黨”大搜捕。蕭楚女、劉爾崧、熊雄、鄧培、李森、何耀全、張瑞成、李亦愚、畢磊、譚其鏡、楊其綱、麻植、熊銳、鄒師貞等100多位著名共產(chǎn)黨人英勇犧牲。
僅在蔣介石的老家浙江，至1927年7月15日，杭州、寧波兩地被捕的共產(chǎn)黨人、革命群眾及國(guó)民黨左派就有400余人，其中117人被“清黨委員會(huì)”殘殺。至這年底，全浙江有1805人被捕，其中932人被殺。在另一些省份，更是有過之無不及。在農(nóng)民運(yùn)動(dòng)中遭到打擊的豪紳們這時(shí)也紛紛反戈一擊，在地方上積極捕殺共.產(chǎn).黨人、農(nóng).運(yùn)首領(lǐng)。
清黨運(yùn)動(dòng)迅速朝著蔡元培始料不及的方式和規(guī)模發(fā)展。
清黨之初，浙江清黨委員會(huì)槍殺二十余名共.產(chǎn).黨人和革命群眾。
蔡元培知道這件事后，很是痛心疾首，他提出了嚴(yán)厲批評(píng)：“我們不能隨便殺人！昨天那樣辦，太荒唐！太草率！太不好了！此后必須謹(jǐn)慎注意?！?br/>
作為清黨的最初力推者，他提出清黨務(wù)必執(zhí)行的三原則：抓人必須調(diào)查清楚；定罪必須證據(jù)確實(shí)才可判決；殺人必須其人罪大惡極，提交清黨委會(huì)員討論決定后才可執(zhí)行。
為勸阻濫殺，蔡元培在1928年前后寫下《追懷不嗜殺人的總理》一文。
言道：“總理致力革命四十年，不但政敵甚多，就是始信而終叛的人也不少；然而總理最反對(duì)暗殺，一切均以堂堂正正之革命軍行之。軍行時(shí)自然不能沒有死傷的人，然這是不得已而殺人，不是嗜殺。以湯薌銘的反復(fù)，并不念他的舊惡；以陳炯明的叛變，還許他們悔過效力；其他類似的人，從沒有宣布過死刑?？偫淼牟皇葰⑷?，可以公認(rèn)了?！?br/>
但是，政治斗爭(zhēng)的殘酷，遠(yuǎn)非蔡元培所能預(yù)見和主導(dǎo)。這時(shí)的蔣介石等這些國(guó)民黨內(nèi)蔡元培的“老同志”，早把總理的風(fēng)格拋到了腦后，在權(quán)力爭(zhēng)奪、殘酷打擊異己的道路上愈行愈遠(yuǎn)，蔡元培的規(guī)勸早已被這些人當(dāng)成了耳邊風(fēng)。
在清黨期間，蔡元培曾親自出面營(yíng)救了諸多可能遭捕殺的共產(chǎn)黨人和革命青年，如幫助被列入清黨黑名單的朱宜權(quán)等出走，保釋被捕入獄的進(jìn)步青年史良、鄭觀松。
1928年1月，蔡元培曾親自致電武昌衛(wèi)戍司令胡宗鐸，要求他釋放被捕的教育界人士。
言道：“聞漢口第二中學(xué)學(xué)生頗有附和共.產(chǎn).黨者，因而連及徐校長(zhǎng)昌期亦被監(jiān)禁。但徐君實(shí)無共.黨嫌疑，如蒙早日開釋，無任感荷。”
現(xiàn)在，力主清黨的人卻一再為被清的對(duì)象說情、提供保護(hù)、援助。
其實(shí)，蔡元培和中共的很多領(lǐng)袖之間不僅沒有絲毫恩怨，而且私交還不錯(cuò)。陳獨(dú)秀、李大釗這兩位中國(guó)共產(chǎn)黨的創(chuàng)始人，正是他任北大校長(zhǎng)期間親自聘請(qǐng)的優(yōu)秀人才。
就在清黨開始之時(shí)，李大釗被奉系軍閥張作霖處死，蔡元培帶頭募捐，幫烈士的長(zhǎng)子李葆華去日本留學(xué)。
他和陳獨(dú)秀的關(guān)系，更不用說了。兩人以前就在一起共謀反清、制造炸彈。陳獨(dú)秀后來兩次被捕，蔡元培都出手相救。
以至于當(dāng)蔡元培去世以后，陳獨(dú)秀十分悲傷，在給友人的信中說：“弟前在金陵獄中，多承蔡先生照拂，公乃先我而死，弟之心情上無數(shù)傷痕中又增一傷痕矣!”
做為學(xué)者和政客，蔡元培與蔣介石畢竟有著本質(zhì)的不同。
蔡元培的訴求是民主和法治，而蔣介石的目標(biāo)則是權(quán)力。蔡元培雖然堅(jiān)定地力主清黨，但他主張用溫和、法治的手段完成這項(xiàng)使命，蔣介石等人則毫不心慈手軟，掀起了一場(chǎng)極為殘酷的腥風(fēng)血雨。
魯迅后來說，“其實(shí)像蔡先生，也還只是一般地贊成進(jìn)步，并不反對(duì)共產(chǎn)黨而已。到底共產(chǎn)黨革命是怎么一回事，他就不甚了然。他甚至于悲嘆地說，國(guó)民黨為了想消滅政治上的敵對(duì)者，連民族的存亡都可以不顧，這是他所始料不及的?？芍楦锩撸膊贿^為了民族而已”。
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