殿試完之后便進(jìn)入了閱卷和分等，閱卷和分等是殿試最實(shí)質(zhì)性的工作。殿試由內(nèi)閣主持，皇帝親策，朝廷重臣任考官。考官有讀卷官、授卷官、收卷官等名色。讀卷官審閱和品評(píng)對(duì)策卷，責(zé)任至重，一般是由內(nèi)閣大學(xué)士擔(dān)任。收卷官、受卷官等相當(dāng)于現(xiàn)代的考務(wù)人員，例由翰林院、科道、中書舍人等充任。徐學(xué)聚《國(guó)朝典匯》中言殿試閱卷之大概，說:“讀卷官國(guó)初用祭酒、修撰等官。洪武初年，國(guó)子祭酒魏觀、太常博士孫吳與給事中李顏、修撰王亻巽四人充讀卷。正統(tǒng)中猶與其事。其后非執(zhí)政大臣不得與，而去取之柄則在內(nèi)閣。國(guó)初于殿試之明日即傳臚揭榜，今制，約在三日內(nèi)閱卷禮部，地專而人眾，庶得盡心鑒別云。凡殿試讀卷官，內(nèi)閣于大學(xué)士、學(xué)士等官內(nèi)具名，送該部奏請(qǐng)，至日，與各衙門該讀卷官詳定試卷，次日同赴文華殿，內(nèi)閣官將第一甲三卷以次進(jìn)讀，俟御筆批定，出將二甲、三甲姓名填寫黃榜。又次日早，同至華蓋殿，內(nèi)閣官進(jìn)至御座前，以次拆卷，將姓名、籍貫面奏，司禮監(jiān)官授制敕房官填榜畢，開寫傳臚帖子，內(nèi)閣官一員捧榜出至奉天殿，授禮部尚書，制敕房官將帖子授鴻臚寺官傳臚。其受卷、彌封、掌卷官?gòu)膬?nèi)閣于翰林院及春坊等官并制敕坊官內(nèi)推選與各衙門官相兼執(zhí)事。翰林院、坊局始不過五人，后增至七人，遂為例。
殿試閱卷一般為二日。讀卷官先從對(duì)策卷中選出第一甲的人選，由內(nèi)閣首輔親自點(diǎn)評(píng)，余者由其他讀卷大臣評(píng)閱，上者為一等，次者為二等，然后首輔據(jù)讀卷官所分等次，將上一等判為二甲，次二等判為三甲。一甲人選的對(duì)策要進(jìn)呈文華殿讀給皇帝聽，由皇帝最后決定名次?？梢姵藶檫x一甲三名提供的對(duì)策卷外，其他卷子的評(píng)閱是比較粗的，如葉盛所言“，若曰須一一品量高下次第，固有所不能也。
錄取前三名是殿試的焦點(diǎn)。前三名雖由皇帝親點(diǎn)，但前提是內(nèi)閣首輔選中進(jìn)讀。如果對(duì)策卷得不到進(jìn)讀皇上的機(jī)會(huì)，再好的答卷也沒有進(jìn)入前三名的可能。
“陛下！這是微臣選好的，請(qǐng)陛下過目！”孫承宗道。
“哦？！”崇禎點(diǎn)點(diǎn)頭，隨后拿起最上面的的道拆開看了看一愣道：“第一名宋獻(xiàn)策？！”
“還請(qǐng)陛下看看他的對(duì)策卷！微臣以為他的才能并不比那個(gè)許仕林差！一些對(duì)策要更具體，更全面！”孫承宗笑著道。
崇禎饒有興趣的打開宋獻(xiàn)策的對(duì)策卷看了起來，沒一會(huì)就開始不住的點(diǎn)頭，笑著道：“不錯(cuò)！不錯(cuò)！確實(shí)一些想法要更好！不過這官紳一體納糧倒是真敢寫！老師你怎么看？”
“陛下！可行是可行！但是具體的細(xì)節(jié)需要臣等進(jìn)行商議，另外現(xiàn)在也確實(shí)不是實(shí)行的最好時(shí)機(jī)！”孫承宗頷首道。
“這個(gè)確實(shí)是不急！選他做狀元倒也是個(gè)不錯(cuò)的選擇！那就他吧！”崇禎笑著道。
“陛下圣明！”孫承宗笑著道。
隨后崇禎打開第二個(gè)看了下，只看了名字就放下道：“第二名就這個(gè)許小子吧！朕不用看了！”隨后拿起第三個(gè)拆開看了看疑惑道：“方以智？”
“陛下！此子對(duì)各方面都有自己獨(dú)特的見解，思想也比較新穎，同時(shí)對(duì)西學(xué)也有所涉獵，微臣以為正是朝廷如今所需要的人才！”孫承宗隨后拿出幾個(gè)卷軸道：“這是此考生之前的答卷！請(qǐng)陛下過目！”
崇禎聽了擺擺道笑著道：“不用了！那就他吧！老師的眼光朕還是相信的！”
“謝陛下！”孫承宗恭敬道。
“老師！那鹽政改革這科舉結(jié)束后就開始實(shí)施吧！內(nèi)閣和各部都協(xié)調(diào)好不要耽誤了！”崇禎笑著道。
“微臣領(lǐng)旨！陛下放心！”孫承宗道。
“還有件事，既然老師來了那也看看這個(gè)奏疏吧！”說著崇禎桌上拿起一份奏疏，隨后曹化淳接過遞給了孫承宗，孫承宗恭敬接過，隨后便打開看了起來，沒一會(huì)眉頭便皺了起來，搖了搖頭嘆了口氣道：“稚文真是糊涂吶！怎么能干出此等事來！”
“老師覺得朕應(yīng)該如何處置？”崇禎笑著道。
“陛下！微臣以為對(duì)于參與的所有官員必須按我朝律法嚴(yán)懲不貸，要樹立朝廷的威信，至于這個(gè)復(fù)社，從這次的科舉來看，一些學(xué)子還是有心報(bào)效朝廷，而且學(xué)識(shí)也是不錯(cuò)，只是受了他們領(lǐng)導(dǎo)者的不良引導(dǎo)，陛下何不把這些忠于朝廷的學(xué)子引回正途？為朝廷，為百姓做一份貢獻(xiàn)，至于其他人等這按我大明律一律嚴(yán)懲，除去死罪的，其余的皆剝奪資格，永遠(yuǎn)不允許再參加科舉，就是他們的家人也不允許！”孫承宗道。
“除去死罪的？老師！朕是準(zhǔn)備把參與此案的所有官員和學(xué)子一律抄家滅族！”崇禎冷冷道。
“陛下！這。。。。。?！睂O承宗頓時(shí)有些無語，他不喜歡崇禎如此做法，他擔(dān)心這樣冷血的做法會(huì)給崇禎皇帝染上一些污點(diǎn)。
“殺一儆百，以儆效尤！朕要讓他們明白觸犯朕的底限是什么后果！”崇禎冷冷道，隨后又道：“說到這個(gè)朕還想起了一事，之前談的生員改革的也可以實(shí)行了！畢愛卿的方案老師也看過了吧？朕以為可行！”
“回陛下！內(nèi)閣對(duì)此無異議！”孫承宗回道。
“那行！那就這樣！這復(fù)社就取締了，至于那些有才能的學(xué)子則讓他們到官辦的學(xué)堂進(jìn)行教學(xué)，他們?nèi)匀豢梢詤⒓涌婆e，就這樣吧！此事朕就交給老師辦了，朕會(huì)讓中興衛(wèi)和刑部協(xié)助老師的！”崇禎又恢復(fù)了笑臉笑著道。
“這簡(jiǎn)直就是一個(gè)燙手的山芋??！”孫承宗心里苦笑了一聲，隨后道：“微臣領(lǐng)旨！”
隨后孫承宗像是想起了什么似的道：“陛下！如果所有的書塾由朝廷辦理，那這如今由哪部進(jìn)行管理？劃歸到戶部嗎？”