404年3月5日，滯留在建康的楚國宰相王謐，果真是個(gè)識(shí)時(shí)務(wù)的俊杰，發(fā)現(xiàn)桓玄已經(jīng)靠不住了，立刻轉(zhuǎn)投劉裕的懷抱，率先提出推舉劉裕為京畿衛(wèi)戍總司令。
劉裕心里暗爽，但當(dāng)然要表示拒絕了，這樣才能顯示謙遜的品質(zhì)，不但堅(jiān)決拒絕，還反過來任命王謐為高級(jí)咨詢官、宰相、京畿衛(wèi)戍總司令，主管朝廷機(jī)要。
王謐也謙讓了一番，但謙遜的美名一定要留給劉裕，所以坦然接受了任命，然后推舉劉裕使持節(jié)、揚(yáng)徐兗豫青冀幽并八州軍區(qū)司令長官、徐州督導(dǎo)官，然后按照劉裕的意思，擢升劉毅為青州督導(dǎo)官，何無忌為瑯邪郡長，孟昶為建康市長，劉道規(guī)為義昌郡長。
戰(zhàn)爭暫告平息，新政府組建完畢，接下來就到劉穆之大顯身手的時(shí)候了。
劉裕剛進(jìn)京時(shí)，除了軍事，其他大事小事全都交給劉穆之處理，劉穆之藝高人膽大，本著來者不拒的心態(tài)，倉卒之間進(jìn)行裁決批示，全都處理得井然有序，輕重緩急分析得極為透徹，劉裕對(duì)此十分滿意，也覺分外驚喜，畢竟他自己是個(gè)文盲，許多事情都沒有能力完成，從此把劉穆之當(dāng)作最親密的必腹，一切行動(dòng)都先征求他的意見，劉穆之也竭盡忠心，沒有任何隱藏，兩人漸漸形成了石勒張賓、苻堅(jiān)王猛一類的組合，為南朝的開啟奠定了基礎(chǔ)。
東晉末年的政治法律已經(jīng)非常松弛，紀(jì)律破壞嚴(yán)重，根本沒有人遵守，豪門強(qiáng)族橫行無忌，人民窮苦屈辱，哭訴無路，再加上司馬元顯把政令當(dāng)作兒戲，更加一團(tuán)混亂，到了桓玄改朝換代，雖然開始也想進(jìn)行整頓，但他沒有過硬的才能，也沒有得力的助手，一番折騰之后，各種規(guī)章多如牛毛，官民無所適從，局面更顯混亂。
劉穆之主政之后，針對(duì)這一環(huán)境現(xiàn)狀，有針對(duì)性地一一矯正，不貪圖立刻生效，而是采用層層剝繭的辦法，逐步扭轉(zhuǎn)國家的頹勢(shì)，劉裕又習(xí)慣以身作則，先用嚴(yán)刑竣法管束內(nèi)外，再落實(shí)到各行各業(yè)，各門各部，文武官員全都謹(jǐn)慎小心地在職工作，不滿十天，建康風(fēng)俗大改，民間全都?xì)g慶鼓舞。
公事基本確定，劉裕的私事也漸漸拋了出來。
實(shí)際上在劉裕進(jìn)京之后，一系的動(dòng)作就已經(jīng)表露了自己的私心，王謐固然是望風(fēng)使舵的好手，但能在兵變之后還受重用，很大程度上是因?yàn)槲羧盏囊环?jīng)歷。
劉裕剛出道時(shí)，名望既小，官位又低，性格還輕浮狡獪，品行不端，社會(huì)上層人士都不肯與他來往，只有王謐對(duì)他另眼相看，認(rèn)為他不同尋常，日后定有大出息，還不時(shí)幫助他脫離困境。
劉裕曾與刁逵一起賭博，賭輸了沒錢還債，刁逵就把劉裕綁到拴馬樁上，要挾劉裕的家人定期送錢來，不然就要?jiǎng)⒃：每础?br/>
王謐聽說之后，立刻出面責(zé)備刁逵不應(yīng)這么過份，還替劉裕把債都還清了。
如此種種，以劉裕的性格固然是忘不了王謐的恩惠的。
刁逵更讓他印象深刻。
恩可以不報(bào)，仇必須了斷。
勤王軍起事之初，諸葛長民前往豫州耽誤了日期，因而不能及時(shí)發(fā)動(dòng)，事情也由此泄露，時(shí)任豫州督導(dǎo)官的刁逵，下令逮捕了諸葛長民，裝進(jìn)囚車，押解送往建康。
半道上，桓玄出逃的消息在國內(nèi)傳得沸沸揚(yáng)揚(yáng)，押解囚車的衛(wèi)士于是放了諸葛長民，重新回歷陽，刁逵則被迫放棄城池逃亡，后被部下生擒，送到建康。
劉?？粗簧砝仟N的刁逵，心里說不出來的清爽，把刁逵一家男女老幼全都綁到石城斬首，為了證明自己不是心狠手辣的人，特別寬恕了宮廷顧問官刁聘，但不久便以謀反的名義將其處死。
刁逵的舊部提前把刁逵的侄子刁雍，藏了起來，秘密送到后秦所轄的洛陽，終于逃掉一劫，姚興任命刁雍為太子助理官，等到后秦亡國之后，又投奔北魏，一生頗多功績，最后也得以善終，算是彌補(bǔ)刁家的遺憾了。
恩怨分明固然是不錯(cuò)的，但總歸有個(gè)度，劉裕顯然是越界了，刁逵是名門之門，世代忠良，雖然逼債的手段略顯不堪，但賭場大抵如此，沒什么好說的，罪不至屠滅滿門。
劉裕一生的污點(diǎn)不多，但這件事顯然就是個(gè)不小的污點(diǎn)，而且他之后生的兒子們，也都繼承了他這個(gè)心狠手辣的基因，終于釀成了多個(gè)人間慘劇。
這是后話，劉裕如何能想到他死后的事情，甚至生前的問題都難以清楚預(yù)知。
但有一點(diǎn)是劉裕十分確定的，那就是盡快消滅桓玄。
桓玄抵達(dá)尋陽后，江州督導(dǎo)官郭昶之供應(yīng)其軍用輜重，補(bǔ)充兵力，局面還能勉強(qiáng)維持。
3月14日，桓玄挾持安帝司馬德宗一同西上，勤王軍西征兵團(tuán)統(tǒng)帥劉毅，率何無忌、劉道規(guī)等各軍，西上追擊，桓玄讓龍?bào)J將軍何澹之、前將軍郭銓，聯(lián)合郭昶之，一同防守在湓口。
半道上桓玄沒一門心思投入到文學(xué)創(chuàng)作上，根本沒有時(shí)間與部屬討論戰(zhàn)術(shù)安排，撰寫的《起居注》，全部是敘述討伐叛徒劉裕的戰(zhàn)史，并不時(shí)強(qiáng)調(diào)自己的戰(zhàn)略戰(zhàn)術(shù)有多完美，只是各軍不能遵守，才被擊敗，寫完之后讓人四處傳播。
這期間，劉裕聲稱接到了司馬德宗的密詔，讓武陵王司馬遵，代行皇帝職權(quán)，管理文武百官，加授高級(jí)咨詢官、最高統(tǒng)帥，大赦天下，但桓玄一族不在此列。
4月2日，東晉武陵王司馬遵，搬到太子宮居住，接受朝廷及民間的最高禮敬，任免文武官員的人事命令稱為制書，普通的行政命令稱為令書，任命司馬休之為荊益梁寧秦雍六州軍區(qū)司令，兼荊州督導(dǎo)官。
既有代理皇帝，玉璽的下落就成了大問題。
桓玄當(dāng)初接受禪讓時(shí)，是王謐親自把司馬德宗攜帶在身上的玉璽解下，如今城中官民全都認(rèn)為王謐罪大惡極，應(yīng)該誅殺，劉裕多次出面為他保全，不久在一次早會(huì)上，青州督導(dǎo)官劉毅偶爾問起玉璽在哪里，王謐大為恐懼，散會(huì)之后立刻逃到曲阿，還是劉裕上書武陵王司馬遵，把他接了回來，恢復(fù)其宰相官位。
王謐的運(yùn)氣是當(dāng)真不錯(cuò)，但桓玄的好運(yùn)氣可是用盡了。
4月3日，桓玄挾持司馬德宗一起到江陵，荊州督導(dǎo)官桓石康迎接，桓玄重新部署文武官員，讓卞范之擔(dān)任政府副行政長官。
自從建康潰敗，狼狽西奔之后，桓玄的威望直接下降，擔(dān)心命令不被貫徹，于是用更加嚴(yán)厲的刑法來建立聲威，結(jié)果聲威沒建成，反而惹得大家一肚子氣。
殷仲文勸他非常時(shí)期還是寬厚點(diǎn)，桓玄怒道：“將領(lǐng)們作戰(zhàn)不力，上天也不幫忙，現(xiàn)在形勢(shì)何其艱難，所以才回到楚國故都，以期找回國運(yùn)，而一些別有用心的肖小之輩，竟然發(fā)出奇怪的議論，不用激烈的手段，予以無情的制裁，還要姑息養(yǎng)奸不成！”
殷仲文只得保持沉默，心里罵這孫子真不是個(gè)東西。
當(dāng)時(shí)荊州、江州各郡的郡長，聽說桓玄向西撤退，不時(shí)有人上疏致以問候，祝福皇上起居平安，但桓玄認(rèn)為受到了羞辱，一律不接受，而讓他們重遞奏章，把措辭改為“恭賀皇上喬遷新都”。
楚國本已淪落到了逆風(fēng)的位置，但桓玄還這么矯情，終于讓部屬親信們都心懷怨恨，不久便爆發(fā)禍患。
桓氏族人因?yàn)槔嫘萜菹嚓P(guān)，所以還是很拼命的。
桓玄的侄子桓歆引導(dǎo)氐民族部落酋長楊秋，攻擊歷陽，東晉豫州督導(dǎo)官魏詠之，率諸葛長民、劉敬宣、劉鐘等人，共同迎擊，大破氐軍，并斬了楊秋。
敗仗都吃習(xí)慣了，桓玄也沒表現(xiàn)得怎么樣，接著任命武衛(wèi)將軍庾稚祖、江夏郡長桓道恭，率數(shù)千人增援龍?bào)J將軍何澹之，加強(qiáng)湓口的防御。
(本章完)