在矩陣中生活的一名年輕的網(wǎng)絡(luò)黑客尼奧發(fā)現(xiàn)，看似正常的現(xiàn)實(shí)世界實(shí)際上似乎被某種力量控制著，尼奧便在網(wǎng)絡(luò)上調(diào)查此事。而在現(xiàn)實(shí)中生活的人類反抗組織的船長(zhǎng)墨菲斯，也一直在矩陣中尋找傳說(shuō)的救世主，就這樣在人類反抗組織成員崔妮蒂的指引下，兩人見(jiàn)面了，尼奧也在莫菲斯的指引下，回到了真正的現(xiàn)實(shí)中，逃離了矩陣,這才了解到，原來(lái)他一直活在虛擬世界當(dāng)中，真正的歷史是，在20xx年，人類發(fā)明了ai，然后機(jī)械人叛變，與人類爆發(fā)戰(zhàn)爭(zhēng)，人類節(jié)節(jié)敗退，迫不得已的情況下，把整個(gè)天空布滿了烏云，以切斷機(jī)械人的能源(太陽(yáng)能)，誰(shuí)知機(jī)械人又開(kāi)發(fā)出了新的能源---生物能源，就是利用基因工程，人工制造人類，然后把他們接上矩陣，讓他們?cè)谔摂M世界中生存，以獲得多余的能量，尼奧就是其中一個(gè)。尼奧知道后，也加入了人類反抗組織，在莫菲斯訓(xùn)練下，漸漸成為了一名厲害的“黑客”，并漸漸展露出，與其他黑客的不同之處，讓莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在這個(gè)時(shí)候，人類反抗組織出現(xiàn)了叛徒，莫菲斯被捕，尼奧救出了莫菲斯，但在逃跑過(guò)程中，被矩陣的“殺毒軟件”特工殺死，結(jié)果反而讓尼奧得到了新的力量，并復(fù)活了，真正的成為了救世主，并把在矩陣無(wú)所不能的特工殺死了（刪除了）。
當(dāng)尼奧即將帶領(lǐng)錫安基地的人民，打響對(duì)機(jī)器世界的反擊戰(zhàn)，并將以勝利者的姿態(tài)結(jié)束這場(chǎng)戰(zhàn)斗，還人類以自由之身的時(shí)候，可母體會(huì)那么甘心被摧毀嗎？就在這時(shí)。母體系統(tǒng)決定“先下手為強(qiáng)”，派遣了為數(shù)250000的電子烏賊大軍，開(kāi)始進(jìn)攻錫安基地，微弱的基地防守力量根本不足以對(duì)抗如此強(qiáng)大的機(jī)甲兵團(tuán)，看來(lái)人類最后的香火也岌岌可危；當(dāng)然。墨菲斯他們的飛船上有各種各樣的資料，自然少不了中國(guó)那幾本名為《左傳》《史記》之類古籍的電子版本，尼奧他們一下便想到了“圍魏救趙”的良招，決定再次潛入母體，從內(nèi)部破壞它，最后達(dá)到消滅機(jī)甲兵團(tuán)的目的。同時(shí)。尼奧也想再和“先知”談一談，以便更多地了解自己的神圣使命。
可是，“母體取經(jīng)”的道路注定是兇險(xiǎn)多端的：在尋找母體系統(tǒng)內(nèi)唯一知道系統(tǒng)弱點(diǎn)的“制鑰者”的過(guò)程中，尼奧、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困難：敵人的能力升級(jí)了，數(shù)量更是增多了，尼奧的超能力受到致命的挑戰(zhàn)。墨菲斯和翠尼蒂對(duì)尼奧救世主的信心也受到無(wú)情事實(shí)的打擊。究竟尼奧他們能不能完成任務(wù)后從母體內(nèi)部全身而退？錫安基地的命運(yùn)如何？
面對(duì)如潮的電子烏賊，人類城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲與入侵者決一死戰(zhàn)。此時(shí)，“救世主”尼奧的身體和思想?yún)s意外分離，后者再度陷入到“母體”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母體”和守護(hù)天使一起尋找他。
錫安的局勢(shì)越來(lái)越危險(xiǎn)，機(jī)器的攻擊卻絲毫沒(méi)有因?yàn)槿祟惖姆纯苟鴾p弱。此時(shí)，被叛徒射瞎雙眼的尼奧。依然想通過(guò)希望去實(shí)現(xiàn)預(yù)言。這時(shí)，特工史密斯控制了先知，并變得越來(lái)越強(qiáng)大，威脅到了整個(gè)‘母體‘的穩(wěn)定。在返回錫安的途中，飛船遭到電子烏賊的突襲，崔妮蒂死了，重傷的尼奧來(lái)到機(jī)器城市。
在和機(jī)器的談判中，機(jī)器答應(yīng)為了人類和機(jī)器的共同利益，尼奧去消滅史密斯，而機(jī)器不再摧毀錫安。人類迎來(lái)新的和平。
可惜他們不知道。或者說(shuō)不愿意知道，他們生活的錫安同樣是在母體之內(nèi)，為的只是給他們一個(gè)所謂的虛假的希望而已！
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了解了這個(gè)世界的來(lái)歷，申若愚再次仔細(xì)的尋找了一番那個(gè)傳說(shuō)中的最后的凈土錫安，最后卻是一無(wú)所獲。在掃描了整個(gè)地球冒著差點(diǎn)被母體發(fā)現(xiàn)的危險(xiǎn)之后，申若愚證實(shí)了一件事情，那就是電影中所出現(xiàn)的所謂現(xiàn)實(shí)世界錫安也確實(shí)同樣是母體的另一層虛擬世界，因?yàn)樗](méi)有發(fā)現(xiàn)任何人類生存的跡象！
在贊嘆了一番母體對(duì)人類的了解以及它的智慧之后，申若愚對(duì)盤古吞噬了母體的程序之后蘇醒過(guò)來(lái)的希望也大了很多，可以說(shuō)這時(shí)申若愚見(jiàn)到的除了盤古之外最為聰明的智能程序了！既然專用的無(wú)線游戲倉(cāng)接入設(shè)備也已經(jīng)做好，申若愚自然不會(huì)錯(cuò)過(guò)這個(gè)娛樂(lè)的機(jī)會(huì)，畢竟這個(gè)世界最.oss機(jī)械大帝也就是前天網(wǎng)反正也跑不出地球，他多的是時(shí)間去找他的麻煩，反正當(dāng)他來(lái)到這個(gè)世界的時(shí)候，母體的命運(yùn)就已經(jīng)注定了！
既然如此，那還不如進(jìn)入到母體內(nèi)部去領(lǐng)略一下百分百虛擬的真實(shí)魅力，等到自己不耐煩或者生氣的時(shí)候再以一個(gè)全新的面貌出現(xiàn)在母體面前，那么到時(shí)候想必它的想法一定會(huì)很特別吧？
想做就做，為了安全起見(jiàn)，申若愚安排機(jī)器人在地下三公里的地方建立了一個(gè)由精金做成的小型基地，然后又將小型基地放入到了一艘未改裝的宇宙飛船內(nèi)部，然后他才安心的躺進(jìn)了那個(gè)無(wú)線接入的游戲倉(cāng)，然后愜意的閉上了眼睛等待著無(wú)數(shù)的線路和營(yíng)養(yǎng)液慢慢地淹沒(méi)了他的身體。
隨著一陣電子音，即使是遠(yuǎn)超這個(gè)時(shí)代的智腦也不得不小心翼翼地在這個(gè)世界的虛擬端口和無(wú)線網(wǎng)絡(luò)上尋找著漏洞和可趁之機(jī)，因?yàn)閷?duì)方雖然沒(méi)有那么強(qiáng)大的硬件支持，但是在程序和智能上卻占了上風(fēng)，而此時(shí)申若愚的命令是在不驚動(dòng)母體的情況下讓他進(jìn)入到虛擬世界內(nèi)，因此連盤古一號(hào)在內(nèi)的幾臺(tái)智腦也不得不聯(lián)合起來(lái)，在網(wǎng)絡(luò)中尋找著任何一絲可趁之機(jī)。然后留下一個(gè)后門以供申若愚以后出入方便！
好在這個(gè)世界還有著許多發(fā)現(xiàn)真相的人類不時(shí)地在攻擊著母體的程序，因此盤古一號(hào)聯(lián)合其他幾臺(tái)智腦模擬了一次攻擊，然后趁著母體反擊的時(shí)候小心的在程序內(nèi)建立了一個(gè)隱藏的后門程序，總算是將申若愚有驚無(wú)險(xiǎn)的送進(jìn)了母體內(nèi)部。
在一陣類似于他穿越時(shí)同樣的眩暈感之后，申若愚緩緩地睜開(kāi)了自己的眼睛。他發(fā)現(xiàn)自己已經(jīng)出現(xiàn)在了一個(gè)極為繁華的街道后面的小巷之內(nèi)，申若愚好奇的看了看自己身上那炫酷的黑色風(fēng)衣以及高幫皮靴，然后有如同一個(gè)孩子一般好奇的觀察著周圍的一切，最后他走出了陰暗的小巷，頓時(shí)一陣溫暖的陽(yáng)光照射在他身上，四周熙熙攘攘的人群和不遠(yuǎn)處繁忙的車輛。這一切都是那么的真實(shí)和協(xié)調(diào)，不過(guò)除了一件事情！
申若愚握了握自己的拳頭，然后又閉上眼睛嘗試著運(yùn)行了一下自己的元能，最后他有些無(wú)奈的搖了搖頭，他的力量雖然還是很大，但是卻比現(xiàn)實(shí)世界中要小了不知道多少倍?，F(xiàn)在充其量也就是達(dá)到了人類的身體極限而已，而元能更是無(wú)法具現(xiàn)到這具軀體之上，至于什么內(nèi)力魔法靈力什么的更是消失的無(wú)影無(wú)蹤，好在他最為依仗的精神力量倒是還在，而且他發(fā)現(xiàn)在閉上眼睛使用精神力觀察四周的時(shí)候，他竟然能十分輕易的看到這個(gè)世界的空間壁壘，那仿佛是由無(wú)數(shù)綠色的數(shù)字和符號(hào)組成的空間在他眼中是那么的清晰。而通過(guò)這些綠色的符文和數(shù)字他對(duì)于使用的已經(jīng)深入骨髓的瞬間移動(dòng)更是了解的透徹了一些，閉著眼睛伸出一只手輕輕的撥弄了一下其中一個(gè)綠色數(shù)字，忽然周圍的那些符號(hào)和數(shù)字全部亂了起來(lái)，同時(shí)他所觸碰的那個(gè)數(shù)字所代表的含義也突然出現(xiàn)在他的腦海之中，這時(shí)候他才知道這些綠色的符文和數(shù)字就是母體構(gòu)成這個(gè)世界的程序，同時(shí)也是這個(gè)世界的規(guī)則和秩序！
也許是因?yàn)檫@個(gè)世界并不是真實(shí)的世界，申若愚很輕松的就憑借著他那強(qiáng)大無(wú)比的精神力看透了這個(gè)世界的規(guī)則，這一刻他感覺(jué)自己就是這個(gè)世界的神，他可以任意的修改和吞噬每一條規(guī)則，在他那強(qiáng)大的精神力之下。這些規(guī)則就像是一個(gè)個(gè)誘人的美女，就這樣赤果果的呈現(xiàn)在他的面前，甚至他感覺(jué)如果他愿意的話他可以很輕易的就將這個(gè)世界的空間給撕個(gè)粉碎，也可以輕易地創(chuàng)造出一個(gè)世界，而這時(shí)候他才知道掌握了規(guī)則之后竟然會(huì)是這樣的強(qiáng)大。這已經(jīng)脫離了大多數(shù)人對(duì)于力量的了解，再也不是一些或簡(jiǎn)單或復(fù)雜的數(shù)字和數(shù)據(jù)就能表達(dá)清楚的了，如果遇到了這樣的敵人，即使是申若愚所掌握的時(shí)間異能也只不過(guò)是可以勉強(qiáng)自保而已！
但是也同樣因?yàn)檫@并不是一個(gè)真實(shí)的世界，所以雖然申若愚對(duì)于規(guī)則的理解和具體情況都加深了許多，但是這個(gè)世界的規(guī)則對(duì)于出去以后回到現(xiàn)實(shí)世界的他幫助并不會(huì)太大，只是提前讓他了解了一下掌握規(guī)則的道路和強(qiáng)大。
睜開(kāi)眼睛，他滿足的微笑起來(lái)，這次進(jìn)入這個(gè)虛擬世界只是單單他剛才所了解得東西就值回票價(jià)了，看著周圍那因?yàn)樗麩o(wú)意中觸碰了程序而變得有些模糊的景致，和錯(cuò)亂的場(chǎng)景，他趕忙一個(gè)瞬移離開(kāi)了原地出現(xiàn)在了城市的另一頭，而此時(shí)母體也發(fā)現(xiàn)了申若愚所造成的破壞，在檢查無(wú)果之下，母體也只能暫時(shí)將這一塊程序進(jìn)行了回檔，下一秒鐘之后，原本申若愚所造成的破壞就再次恢復(fù)了原狀，一切都好像沒(méi)有發(fā)生一樣，只是那原本應(yīng)該申若愚出現(xiàn)的地方卻已是空無(wú)一人了。
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