馮太后使拓跋丕為驃騎大將軍，總管天下各路軍馬。又頒下懿旨，對乙渾舊部皆不追究，令各將仍領其職，把守邊關，同時命拓跋曇、拓跋子推、拓跋新城、拓跋天賜、拓跋小新城五位皇叔率大軍返回封地，靜候朝廷獎賞。
乙渾舊部本皆忠勇之士，隨乙渾南征北戰(zhàn)，俱都立下戰(zhàn)功。他們雖然為乙渾部下，卻對皇帝忠心無比。乙渾調動他們，壓根沒人知道乙渾是有謀反之心。見乙渾被誅，拓跋曇、拓跋子推、拓跋新城、拓跋天賜、拓跋小新城五位皇叔帶大軍壓境，俱都心下驚恐。
乙渾舊部俱各驚恐，思乙渾謀反，其必受株連之罪。各將領為拓跋曇、拓跋子推、拓跋新城、拓跋天賜、拓跋小新城五位皇叔領大軍牽制，互相之間不得聯(lián)絡。乙渾舊部思之，欲保性命，唯有與各位皇叔殊死一戰(zhàn)，以突破重圍，投奔北方柔然或南朝劉宋。
正在他們被圍困之機，忽太后懿旨傳到軍營，在懿旨中表彰各位將軍勞苦功高，俱為大魏忠勇之臣，與乙渾謀反并無關系，故太后降詔，令各將領依舊領兵鎮(zhèn)守邊關，各安其職。乙渾舊部絕處逢生，俱感太后大德，各各上表言忠于朝廷。
馮太后解決了兵變之患，保留了中央政權的實力，不使諸候王力量過分壯大，北魏的天下基本安定。馮太后下一步的策略是控制朝臣，令朝臣盡為太后所用。
于文成帝、馮太后及獻文帝有恩的重臣，平原王陸麗為乙渾矯詔騙入京城所殺。當初假獻計于乙渾，實欲保住陸麗司衛(wèi)監(jiān)穆多候也因為陸麗不聽其勸阻，陰差陽錯導致陸麗被乙渾所害而自刎。馮太后感其恩，決定重用陸麗之子陸定國。
陸定國是平原王陸麗的長子，文成帝在陸麗的擁戴下當上皇帝時，他還是嬰兒。文成帝龍駕親臨陸麗府中時，看到陸定國長得甚為可愛，心中頗為喜歡，便下旨把陸定國送到宮中撫養(yǎng)。
后來文成帝拓跋濬的皇長子拓跋弘出生了，陸定國象哥哥一樣，從小就和皇長子拓跋弘一起玩耍、讀書。拓跋弘繼位為獻文帝，乙渾被誅后，馮太后封陸定國為東郡王，不久任為殿中尚書，掌管禁宮內外宿衛(wèi)御林軍。這陸定國和他父親陸麗一樣，忠于拓跋氏和太后，封為殿中尚書后，自是盡心盡力，不敢怠慢。馮太后如此安排，皇宮的安全便有了保證，不再擔心朝中有乙渾的余黨伺機作亂。
馮太后雖把拓跋丕升為驃騎大將，那只不過是權宜之計。拓跋丕年邁，且才能并無過人之處。太后封其為驃騎大將軍，只為念其誅殺乙渾有功，同時用年邁并不強勢的拓跋丕來統(tǒng)領軍隊，也能起到安撫乙渾舊部的作用。
但北魏腹背受敵，僅施仁政還是不能保障北魏的安危。于是，馮太后便把隴西王源賀調回京城，升為太尉。太尉一職，有權調動天下軍馬，位居三公之首。馮太后廢了乙渾矯詔自立的丞相一職，恢復三公互相制約的局面，源賀便成了太尉的最佳人選。
源賀在宗愛弒帝，擁戴文成帝即位時立了大功。得文成帝冊封為隴西王，奉命鎮(zhèn)守隴西，文成帝兼任他為冀州刺史。冀州是北魏最富庶的地方之一，源賀在這兒當了七年刺史，做事果斷，為政清廉，贏得了很好的口碑。
因此，當馮太后在誅殺乙渾后，欲報答源賀昔日之恩，又看中源賀的統(tǒng)兵能力，便欲以源加為太尉。馮太后在朝堂之上宣布廢除丞相職務，恢復三公，故意讓朝臣們議論太尉的人選。
朝臣們議論紛紛，一時推舉了好多個人。見朝臣們爭執(zhí)不下，馮太后這才提議由源賀加任太后。朝臣們見太后親自提議，思得冀州在隴西王源賀管理下是北魏治理得最好的州縣，又因為源賀地位高，功勞大，位居司徒劉尼和司空和其奴之上，當無異議，便俱都稱頌太后英明決定。
馮太后便發(fā)懿旨，從翼州宣回源駕，俱其為太尉。由此，太尉源賀、司徒劉尼、司空和其奴三公俱為馮太后親信，而且這三公之間私交也甚好，俱都清正廉潔，便成為馮太后管理朝政最放心的得力助手。
馮太后在確立了治理天下的基本班子之后，便要開始思考如何處理乙渾黨羽的難題了。她心中明白，乙渾大權獨攬之時，百官中頗多奉迎之人。如果按照太武帝拓跋燾、文成帝拓跋濬那時的政策，對于參加謀反之人，或與之有關聯(lián)者，俱都在誅殺滿門。
群臣中，為此日夜擔驚受怕者甚眾。馮太后心中明白，如果按照舊政，只怕一輪殺戮下來，朝堂之上百官所剩無已。她心中決定，實施仁政，給有過錯的百官一個悔過自新的機會。
因此，馮太后在穩(wěn)定了軍隊，確立了朝廷核心基本構架后，下面的重要策略便是減少樹敵，爭取人心。馮太后清楚地認識到，乙渾能如此猖獗，絕非他一人之力所為，肯定有眾多追隨者，其中不乏見風使舵、謀取私利者。
因此馮太后臨朝稱制后，肯定要處置乙渾黨羽，以震懾天下有不臣之心者，但她已經決定，要把追隨過乙渾的人區(qū)別對待。
馮太后把追隨乙渾人根據(jù)不同的情況，分成限四類。第一類人趨炎附勢，為虎作倀。這些人幾乎都犯有大罪，因此太后懿旨，盡皆誅殺滿門；第二類人是誤上賊船，曾經做過壞事，但事后能悔改，不再與乙渾同流合污。此類人以賈秀為代表，馮太后下詔，削除賈秀官職，貶為庶民，赦其不死；第三類人是一時糊涂，隨聲附和的。對這種人，馮太后責令吏部、刑部祥細核查，從輕發(fā)落；第四類人是并不是自己主動巴結乙渾、而是為乙渾權勢所逼，不得已為乙渾所用的。對這部分人，馮太后降詔俱不追責，仍居其爵而不動。