事與愿違的是，等朱由榔帶兵探到北江西岸的那個秘密碼頭時，清軍兩萬余戰(zhàn)、輔兵已全部渡過北江，到達(dá)了東岸，半渡而擊的計(jì)劃宣告破產(chǎn)，清軍到了東岸后，把靠岸的幾十艘江船都鑿毀鑿沉了，沒有了船只渡江，南岸的明軍只能眼睜睜看著東岸清軍行軍時濺起的煙塵越來越遠(yuǎn)，最后漸漸消散。
清遠(yuǎn)保衛(wèi)戰(zhàn)持續(xù)了近兩月，清軍終因糧餉不濟(jì)撤退，返回廣州大本營，只是最后保衛(wèi)戰(zhàn)雖然勝了，明軍特別是天子的侍衛(wèi)親軍卻損失慘重，夜襲之戰(zhàn)中，因?yàn)椴恍⌒南萑肭遘娊y(tǒng)帥李成棟的圈套，一下子折損了近三千步騎，其中大多是焦璉舊部，總體戰(zhàn)力高于侍衛(wèi)親軍的平均水平，朱由榔千辛萬苦，好不容易培養(yǎng)出來的一點(diǎn)有些戰(zhàn)斗力的嫡系部隊(duì)一下子去了近三分之一，足可謂損失慘重了，雖然清軍在此次會戰(zhàn)中損失更大，不僅損失了幾千陸師步騎不說，五千主力水師除了最后突圍逃出的幾百人馬，幾十艘戰(zhàn)船，幾乎全軍覆沒。
戰(zhàn)后，除了留下一些必要的人手負(fù)責(zé)清遠(yuǎn)城的善后事宜，朱由榔帶著三忠的數(shù)千義軍殘師和幾千侍衛(wèi)水陸大軍乘船沿北江往南返回了肇慶，同時下達(dá)令旨，將行在中樞重新定在臨都肇慶，梧州內(nèi)閣文臣全數(shù)遷入臨都辦公，桂王府行宮內(nèi)的宮眷也都迎入了肇慶。
經(jīng)過這次會戰(zhàn)，廣東以三水城為分界線，被明軍和清軍一分為二，在清遠(yuǎn)解圍前后的一個月內(nèi)，朱由榔曾在肇慶分出部分兵馬，馬不停蹄，先后收復(fù)了兵力空虛的肇慶府、羅定州、高州府、雷州府和瓊州府等州府，將這些地方的清軍勢力一掃而盡，然而清軍殘余的勢力依然牢牢占據(jù)著潮州、惠州、廣州、南雄、韶州等州府，勢力不容小覷。
通過這次親征，朱由榔發(fā)現(xiàn)侍衛(wèi)親軍還存在著不少缺點(diǎn)，首先是不能靈活運(yùn)用軍陣戰(zhàn)術(shù)，騎射擊刺的技術(shù)比不上清軍，持久作戰(zhàn)的體力比不上清軍，戰(zhàn)勝則囂然雜上，戰(zhàn)敗則紛然四散，作戰(zhàn)紀(jì)律和作戰(zhàn)意志還稍欠火候，實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)現(xiàn)在是有了，下面必須要制定合理的訓(xùn)練章程，繼續(xù)加強(qiáng)訓(xùn)練，軍隊(duì)不僅要練力，練藝，還得練膽，練志。
紀(jì)律之維系，僅靠嚴(yán)刑峻法，立威立信遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠，還應(yīng)蓄養(yǎng)士氣，培養(yǎng)榮譽(yù)感，其功用猶在立威立信之上，將帥以人才為根本，人才所憑持，在于積蓄磅礴之朝氣。所最忌者，在于染暮氣，至氣之根本，則依持一定的堅(jiān)強(qiáng)意志，有堅(jiān)苦貞定之志節(jié)，長可支持或恢復(fù)朝氣，因是銳氣或受重挫，仍不至于一敗涂地，蓄志節(jié)，培養(yǎng)榮譽(yù)感尤為重要，做得好可獲得永久之持續(xù)力量。
在麾下將臣研究具體章程的時候，朱由榔也開始著手對三忠的義軍進(jìn)行改編，清遠(yuǎn)保衛(wèi)戰(zhàn)過后，三忠麾下還剩八千余義勇，當(dāng)初他們?yōu)榱藢鬼^子入侵，都是自愿入伍的義民，義勇中不乏充滿著報國熱情的書生士子，甚至還有商賈鄉(xiāng)紳子弟，這些年輕小伙子各個都是熱血好男兒，當(dāng)兵的好苗子，在經(jīng)歷過一連串的血戰(zhàn)淘汰后，剩下的都成熟穩(wěn)重了不少，一舉一動隱隱有殺伐之氣，目前唯一欠缺的就是戰(zhàn)陣經(jīng)驗(yàn)，只要訓(xùn)練得法，糧餉充足，一年后絕對能成為一支精兵。
八千余義勇淘汰老弱后，還剩五千三百余精壯，朱由榔將這些精壯分散打入侍衛(wèi)親軍馬步軍中，由老帶新，重組訓(xùn)練。侍衛(wèi)親軍原本有戰(zhàn)、輔兵一萬余，幾次爭戰(zhàn)，特別是夜襲之戰(zhàn)后，損失慘重，還剩戰(zhàn)、輔兵六千七百余人，再補(bǔ)入五千三百余精壯后，立時變成一萬二千余人，再加上原先留守梧州的千余侍衛(wèi)親軍，侍衛(wèi)親軍馬步軍總數(shù)突破了一萬三，朱由榔將其依制擴(kuò)成了四個兵團(tuán)，但確沒有順勢新增一鎮(zhèn)。倒不是他不想招兵擴(kuò)軍，實(shí)在是中樞財(cái)力有限。
這也是沒辦法的事兒，連月征戰(zhàn)，后方糧餉消耗巨大，原來丁魁楚留下的八十余萬兩贓款，都用在戰(zhàn)事上了，戶部早就叫苦連天了，親征大軍的軍備，軍餉，軍糧，試看這些開支，哪一項(xiàng)可以節(jié)??？哪一項(xiàng)可以從緩？而且每一項(xiàng)開銷都是大頭，征戰(zhàn)中的軍隊(duì)更是個無底洞，現(xiàn)在戶部府庫存銀存糧所剩無幾，廣東各州府剛光復(fù)，還在接管熟悉中，賦稅收入還沒收上來，中樞如果不能及時開辟財(cái)源，想辦法弄到足夠的錢糧，到時候別說擴(kuò)軍了，能不能保住現(xiàn)有的軍隊(duì)數(shù)量都難說。朝廷沒有足夠的銀錢收入，勢必陷入癱瘓，戰(zhàn)爭缺少物質(zhì)基礎(chǔ)，同樣也會造成失敗，這是誰也改變不了的鐵律。