兩江總督馬新貽在大街上公然被刺殺，不但是讓江寧各級(jí)的地方官慌了手腳，更讓某些大人物也意想不到，這件事造成的影響太嚴(yán)重了。
八月初二消息傳到北京，猶如一顆炸彈在紫禁城內(nèi)炸開。同治帝看完奏報(bào)，大驚道：“謀刺重臣的事情，此是千年第一案。
最近的一件也只在唐朝元和十年的時(shí)候（公元815年），丞相武元衡在早朝時(shí)為盜所害。到現(xiàn)在已經(jīng)一千多年了，今朝身邊又出此事，實(shí)在讓朕深為駭異?！碑?dāng)即下旨：江寧將軍魁玉同司道各官趕緊嚴(yán)訊，務(wù)得確情，盡法懲辦。
慈禧更是先一步得到消息，她當(dāng)天下午即將曾國藩與李鴻章召到儀鸞殿商量。慈禧太后坐在鸞座之上問道：“這事豈不甚奇？”曾國藩何樣機(jī)敏？因?yàn)槭律孀约涸蔚膬山兀鴩泵φ\惶誠恐地回答：“這事很奇?！眳s不敢再說什么。
清廷先命江寧將軍魁玉會(huì)同兩江“嚴(yán)訊”，“務(wù)將因何行刺緣由及有無主使之人一一審出，據(jù)實(shí)奏聞”?？竦葟?fù)奏：“兇犯……直認(rèn)行刺不諱，而訊其行刺之由，尚屬支離狡詐”。
后慈禧太后又以五百里加緊的上諭，指派漕運(yùn)總督張之萬（張之洞的哥哥）“馳赴江寧，會(huì)同熬審”同時(shí)調(diào)直隸總督曾國藩接任兩江總督主審此案，12月再加派刑部尚書鄭敦謹(jǐn)以軟差大臣身份馳赴江寧復(fù)審。
就這樣幾派欽差重臣，折騰了大半年，到1871年3月14日，曾國藩、鄭敦謹(jǐn)聯(lián)銜上奏，以“漏網(wǎng)發(fā)匪逆黨挾恨復(fù)仇”具結(jié)該案，刺客張文祥被處凌遲極刑，并剖心致祭馬新貽。一件大案至此，似乎已成定驗(yàn)。然而，參審官員事后的種種異常表現(xiàn)，卻令人覺得此案結(jié)猶未結(jié)，另有不能道破的隱情。
首先是參與會(huì)審的兩位馬新貽親信——江寧布政使孫衣言、營(yíng)務(wù)處總辦袁保慶（袁世凱的叔叔，后過繼為其子）都拒絕在奏結(jié)上簽字“書諾”，也就是不承認(rèn)審訊的結(jié)果。
孫衣言更把質(zhì)疑寫到了馬新貽的墓志銘上：“賊悍且狡，非酷刑不能得實(shí)，而叛逆遺孽刺殺我大臣，非律所有，宜以經(jīng)斷用重典，使天下有所畏懼，而獄已具且奏，衣言遂不書‘諾’。嗚呼！衣言之所以力爭(zhēng)，亦豈獨(dú)為公一人也哉？”直指供詞不實(shí)，忿忿不滿之情溢于言表。
他這個(gè)時(shí)候才明白，自己的靠山一死，湘軍集團(tuán)上下對(duì)于他的態(tài)度，原來馬新貽在時(shí)，整個(gè)湘軍集團(tuán)對(duì)于他或者馬新貽都是不冷不熱的，如今更是冷眼相加，更談不上配合查案了，而張文祥對(duì)他更是嗤之以鼻，也難怪他忿忿不平。
其次，欽差大臣鄭敦謹(jǐn)審結(jié)出奏之后，不等朝廷答復(fù)，就匆匆離開江寧；未及回京復(fù)命，就中途稱病辭官回家。按清制，欽差不回京復(fù)命是要受處分的。而鄭竟然置之不理，不免令人詫異。
鄭敦謹(jǐn)翰林出身，先后任左都御史、刑部尚書（相當(dāng)于今日的最高監(jiān)察長(zhǎng)官和司法部長(zhǎng)），因?yàn)檗k案鐵面無私贏得“鄭青天”之名。
他在離開江寧之日，對(duì)曾國藩按官場(chǎng)禮節(jié)致送的程儀（送別禮金）拒而不納，如此不給面子的舉動(dòng)，是不是要表示對(duì)與曾國藩會(huì)審結(jié)果的不滿？而鄭辭官后終身不復(fù)出仕，又是什么樣的原因讓他心灰意冷？
冷眼人不難看出這其中的貓膩，如果說刺馬案跟湘軍集團(tuán)沒有任何瓜葛？這話估計(jì)沒有一個(gè)人相信，更何況曾國藩雖然不在，但湘軍真正的統(tǒng)帥曾國荃始終對(duì)此不發(fā)表任何意見和態(tài)度。
“刺馬案”之所以被列入清末四大奇案，一個(gè)是因?yàn)轳R新貽作為兩江總督的高級(jí)官場(chǎng)身份；另一個(gè)是因?yàn)檫@個(gè)案子背后隱藏的巨大政治軍事秘密——朝野都認(rèn)為曾國藩平定太平軍攻陷天京后，收繳了洪秀全的全部金銀，但所上繳朝廷的數(shù)額卻非常少。
曾國藩此時(shí)等于背了黑鍋，他的所獲實(shí)在是不多，但這事情等于黃泥巴掉到了褲~襠里——不是屎也是屎了，曾國藩有苦說不出，這顯然是有人泄露了他的那些非常隱秘的事情，這讓他非常憤怒，現(xiàn)在消除朝廷對(duì)他的猜忌才是重中之重。
可是這又那里是那么容易的？別的不說他的湘軍就是一個(gè)口實(shí)，所以他對(duì)于朝廷要裁撤湘軍的意見是全力配合和支持，但當(dāng)時(shí)湘軍勢(shì)力強(qiáng)大，更有傳言曾國藩有野心，于是慈僖太后先把曾國藩調(diào)離江寧。
接著召見過馬新貽，升其為兩江總督，之后馬便在其密旨的授權(quán)下開始了對(duì)湘軍的財(cái)政調(diào)查。就在馬新貽即將把太平天國財(cái)富去向弄清楚的時(shí)候，“刺馬”案突然發(fā)生。
后世史家，多持湘軍“刺馬”說。認(rèn)為至少有如下三個(gè)理由，令湘軍必“刺馬”而后快：
第一、湘軍自186~4年攻下太平天國首都“天京”（也就是江寧，今南京）后，就視兩江為自己的地盤。但朝廷卻不容湘軍坐大，1868年把曾國藩由兩江總督調(diào)任天子腳下的直隸總督，派不屬湘軍系統(tǒng)的馬新貽繼任，并落實(shí)裁撤湘軍。
其時(shí)馬新貽不過47歲，資望既淺，又無顯赫軍功。純是朝廷為了制衡湘軍勢(shì)力培養(yǎng)出來的政治新貴，湘軍中人，如何容得下這根“眼中釘”？
第二、幾萬湘軍士卒被裁撤后，其中不乏將領(lǐng)。這些人并不回鄉(xiāng)務(wù)農(nóng)，而是到處游蕩擄掠，有些人參加了“哥老會(huì)”（又稱“袍哥”，源于四川，是近代中國活躍于長(zhǎng)江流域，聲勢(shì)和影響都很大的一個(gè)秘密結(jié)社組織，傳說中是“天地會(huì)”的分支），這樣就擴(kuò)大了黑勢(shì)力，成為社會(huì)的一大公害。
馬新貽在懲治散兵游勇時(shí)非常嚴(yán)厲，尤其是他任命以剽悍著稱的袁保慶為營(yíng)務(wù)處總辦，抓到為害百姓的散兵游勇即就地~正~法。散兵游勇對(duì)他恨之入骨。
第三、有聞馬新貽奉有慈禧太后密旨，要他追查太平天國寶藏下落。太平天國在天京經(jīng)營(yíng)十年，積聚金銀財(cái)寶無數(shù)。清廷本指望在攻克天京后，以這筆財(cái)富填補(bǔ)歷經(jīng)十多年內(nèi)外征戰(zhàn)空虛已久的國庫。
豈料天京在被湘軍“九帥”曾國荃率軍圍困四十余天陷落后，這筆財(cái)寶卻不翼而飛。有傳聞指曾國荃攻進(jìn)天京后，縱兵將天王府搶劫一空，然后一火焚之。
事后，湘軍中人多有回鄉(xiāng)購田置地，大起豪宅的。當(dāng)時(shí)朝廷曾讓時(shí)任兩江總督的曾國藩查報(bào)太平天國國庫的下落，曾國藩卻只對(duì)以天王府已被大火焚毀，瓦礫全無。而馬新貽要調(diào)查此事，不被殺人滅口才怪。
馬新貽被刺后，執(zhí)掌朝政的慈禧太后和恭親王顯然看出了一些端倪，急調(diào)湘軍老祖宗曾國藩回兩江坐鎮(zhèn)，以防局面變壞。但曾國藩態(tài)度卻很奇怪，兩度上折稱病請(qǐng)辭江督。
當(dāng)時(shí)在直隸總督任上的曾國藩正為辦理“天津教案”焦頭爛額，國人責(zé)他媚外，洋人責(zé)他懲辦不力。
如能調(diào)任江督，正可順理成章脫離這個(gè)里外不是人的尷尬境地，而曾國藩竟想賴在天津不走，除非他認(rèn)為，“刺馬案”比“天津教案”更麻煩，更尷尬。
雖然曾國藩屢辭不獲之下，又受了朝廷幾頂夸他“老成持重，前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜”等高帽，不得不勉強(qiáng)赴任，卻是一路拖延。抵達(dá)江寧后，每天不過會(huì)客看書，也并不急著審案。
而后來在與鄭敦謹(jǐn)共同審案的過程中，曾國藩又往往沉默寡言，極少發(fā)問。鄭敦謹(jǐn)進(jìn)行了將近半個(gè)月的審訊后，曾國藩不過是淡淡的提示鄭敦謹(jǐn)，恐怕案子還得象以前那樣奏結(jié)。曾國藩的消極態(tài)度中有什么樣的隱情，耐人尋味。
最終，因曾國藩一個(gè)“實(shí)無指使別情”的奏片，朝廷中止了追求“刺馬”案真相的努力。這句話雖是“此地?zé)o銀三百兩”，但出自勛高柱石的曾國藩，力量非同小可，無非告訴朝中軍機(jī)大臣：不要再問了，問下去就沒什么好結(jié)果了。
自始至終，可以說朝廷一直力主“刺馬”案另有主使，并且不斷降旨以推動(dòng)審訊工作，前后參加審訊的官員多達(dá)五十余人。
但直到最終，也沒有審出幕后主使，朝廷迫不得已接受了審訊結(jié)果，只有以死后哀榮來安撫馬家后人，上諭賞加馬新貽太子太保銜，照總督陣亡例賜恤，入祀賢良祠，列國史傳，并賜謚號(hào)“端愍”，意思是為官清正，死得可惜。
其子馬毓楨加恩賞給主事，分刑部學(xué)習(xí)行走。其后代子子孫孫可世襲“騎都尉兼云騎尉”的職位。又令在馬新貽曾經(jīng)為官的江寧、廬州等地及其家鄉(xiāng)荷澤建立專祠，春秋官為之致祭。這些恩賜總算仁至義盡。
坊間傳聞四起，說什么的都有，有說張文祥其實(shí)是反清義士。曾經(jīng)是跟隨太平天國的一些小組織小勢(shì)力里的人，殺馬新貽乃是殺身成仁的壯舉，有說馬新貽在江寧斂奪財(cái)物，搶了張文祥家的祖宅，更有桃色的說法，說是張文祥的嬌妻被馬新貽所搶！總之說什么的都有，社會(huì)上傳的一片烏煙瘴氣。