輝夜強(qiáng)大的實(shí)力前所未見，但兩人的實(shí)力也有點(diǎn)超出了輝夜的預(yù)計(jì)。
黑絕提議實(shí)行各個(gè)擊破，于是輝夜單獨(dú)將佐助轉(zhuǎn)移至沙漠世界。
佐助使出渾身解數(shù)也無法離開異空間，而此時(shí)櫻和帶土合力開啟了空間通道呼喚佐助，佐助在最后時(shí)刻使用“天手力”瞬間與遠(yuǎn)處空間互換位置，成功離開沙漠與鳴人重新匯合。
看到二人再度聯(lián)手，輝夜也開始擔(dān)心起來，于是她發(fā)動(dòng)了超重力空間，使出絕招“共殺灰骨”打算結(jié)束戰(zhàn)斗。
帶土為保護(hù)二人而犧牲，但也為佐助的瞳力恢復(fù)爭取了寶貴的時(shí)間，同時(shí)激發(fā)了鳴人的斗志，并且還在自己死后將查克拉附著于卡卡西身上，使其短時(shí)間內(nèi)擁有萬花筒的能力。
最終第七班在卡卡西的指揮下，進(jìn)行了最后一次完美的配合，封印了輝夜。
大筒木輝夜被封印后，六道仙人與17位已逝去的五影共同使出通靈之術(shù)，將第七班、九只尾獸以及瀕死狀態(tài)的宇智波斑從始球空間轉(zhuǎn)移回忍者世界。
之后六道仙人解除穢土轉(zhuǎn)生與凈土召喚，17位五影的靈魂回歸凈土。六道仙人希望鳴人與佐助兩人能同心協(xié)力解開無限月讀，但佐助卻突然宣稱自己要發(fā)動(dòng)“革命”.
并揚(yáng)言要將現(xiàn)任五影處決，接著使用幻術(shù)和地爆天星封印了九大尾獸。鳴人決定出面制止佐助，兩人前往終末之谷展開宿命之戰(zhàn)。
佐助否認(rèn)了鳴人追求和平的方式，認(rèn)為要真正實(shí)現(xiàn)和平，應(yīng)獨(dú)自背負(fù)著全世界的仇恨，使忍界有一個(gè)公敵，才能讓人們團(tuán)結(jié)起來。
而鳴人是他現(xiàn)存唯一的羈絆。只有親手殺死鳴人，才能完成這個(gè)目標(biāo)。
在鳴人與佐助的戰(zhàn)斗中，兩人在終結(jié)谷展開了各自最強(qiáng)大的力量，兩人在雙殺的瞬間分別使用螺旋丸與千鳥互相打斷雙方的手臂，柱間與斑的雕像也因此被產(chǎn)生的巨大風(fēng)波所摧毀。
隨后兩人因重傷而躺在地上，望著如此堅(jiān)持制止他的鳴人，佐助表示自己對(duì)于鳴人的做法感到疑惑不解，
自己也想自我了結(jié)來贖罪，鳴人則告訴佐助自己早已將他視為朋友，所以無論如何都會(huì)分擔(dān)他的痛苦，阻止他身陷黑暗。
佐助回憶自己和鳴人邂逅的點(diǎn)點(diǎn)滴滴，最后笑著承認(rèn)鳴人才是這場對(duì)決里真正的贏家。
之后櫻和卡卡西抵達(dá)終末之谷，為重傷倒地的二人療傷。佐助首次坦然接受內(nèi)心感情，為之前所犯下的錯(cuò)誤向櫻道歉，并與鳴人一同解開了無限月讀，救出了深陷幻術(shù)中的人們。
返回村里休養(yǎng)直至康復(fù)后，佐助告知卡卡西和櫻他即將再度啟程，遠(yuǎn)行他方看一看曾經(jīng)因?yàn)樽约罕怀鸷廾杀瘟穗p眼而錯(cuò)過的人和事。
佐助婉拒了櫻希望與之同行的請(qǐng)求，并答應(yīng)自己會(huì)再度歸來。
才離村沒多久，鳴人出現(xiàn)在佐助的面前，把當(dāng)初被自己用螺旋丸劃過的木葉護(hù)額還給佐助。佐助收下護(hù)額，承諾履行忍者的職責(zé)，兩人就此告別。
終末之谷大戰(zhàn)后，旗木卡卡西接替綱手成為火影，若干年后，漩渦鳴人接替卡卡西成為火影。在新一屆五影會(huì)談中，由奈良鹿丸擔(dān)任鳴人的護(hù)衛(wèi)。
鳴人在位期間，鹿丸和他是完美搭檔，他們之間的組合像極了當(dāng)年的初代火影柱間與二代火影扉間；一個(gè)擁有強(qiáng)大實(shí)力和美好的暢想，一個(gè)擁有將其實(shí)現(xiàn)的頭腦。
佐助與櫻成為了夫妻，兩人育有一女——宇智波佐良娜。
成年后的佐助是一位不佩戴護(hù)額的獨(dú)立忍者，但在五大隱村中有著較高的地位。
為了進(jìn)一步調(diào)查輝夜之迷，佐助長期在外，自女兒懂事后便沒回過家，這也引起了女兒的不滿。
六年后，佐良娜決定去見見自己的父親，于是跟在第七代火影——漩渦鳴人身后離開了村子，最后在峠塔見到了佐助。
經(jīng)過一系列的誤會(huì)、開導(dǎo)和諒解后，佐良娜的心終于再次與父母連在了一起。在和家人短暫相聚后，佐助帶上承載著家人之愛的便當(dāng)再次出發(fā)，佐良娜則下決心要當(dāng)上火影。
引領(lǐng)新一代--在輝夜的異空間執(zhí)行任務(wù)的佐助，發(fā)現(xiàn)新的敵人大筒木桃式正在逼近，于是來到鳴人處商討對(duì)策。
此時(shí)，鳴人長子博人聽聞佐助是“鳴人唯一的對(duì)手”，為了知曉父親的弱點(diǎn)而請(qǐng)求佐助收自己為徒。
深明朋友狀況的佐助在提出了“先學(xué)會(huì)螺旋丸”的條件后，約定成為博人的師父。
在修行過程中，佐助意外地發(fā)現(xiàn)了博人的巨大潛力。
博人因在中忍考試中作弊而被取消下忍資格，忍者護(hù)額也被鳴人沒收。這時(shí)桃式來襲，鳴人為保護(hù)村子而被抓。
同樣曾被取消下忍資格的佐助，在博人的身上看見了鳴人的身影，于是將自己少年時(shí)期被鳴人用螺旋丸劃上叛忍象征的護(hù)額贈(zèng)給博人。
接著，佐助帶著博人和四影進(jìn)入異空間解救鳴人。最終在佐助與鳴人的引導(dǎo)下，博人成功消滅了桃式。
從此博人決定要成為像佐助一樣暗中守護(hù)村子的人，協(xié)助選擇成為火影的佐良娜。
岳章看著眼前的這個(gè)男人，知道他可是個(gè)神秘的存在，會(huì)的忍術(shù)簡直數(shù)不勝數(shù)，眼前的這一巨大的紫色骷髏就是佐助的“須佐能乎”。
“須佐能乎”：寄宿在萬花筒寫輪眼中的究極力量，將巨大的查克拉實(shí)體化后形成的魁梧的戰(zhàn)神進(jìn)行戰(zhàn)斗，攻防一體的終極瞳術(shù)，并且會(huì)隨著使用者的瞳力加強(qiáng)而讓須佐能乎分階段成長（共四個(gè)階段）。
必須擁有一雙配對(duì)的萬花筒寫輪眼才能使用，須佐能乎的顏色和所配備的武器根據(jù)使用者的不同而有所區(qū)別。
佐助在開啟萬花筒寫輪眼后，在大鬧五影會(huì)場中使用了須佐能乎，武器為為弓箭，攻擊速度極快，弓身很巨大能夠當(dāng)作盾牌抵擋敵人攻擊，射出的箭可變化為黑炎。
佐助突然動(dòng)了一下手，“須佐能乎”開始伸出長長的骷髏手朝著岳章抓去。
岳章舉起九齒釘耙一耙子反擊過去，骷髏手指跟九齒釘耙相撞，骷髏爪子直接粉碎。