?時(shí)內(nèi)閣最終還是通過了“第十三條”，而這全部的十被眾人一致認(rèn)可，成為臨時(shí)內(nèi)閣的施政準(zhǔn)則。當(dāng)然，在正式生效之前，還需要得到皇上的認(rèn)可，而事實(shí)上，臨時(shí)內(nèi)閣已經(jīng)在李彥的強(qiáng)調(diào)下，開始運(yùn)用這十三條，處理當(dāng)前需要處理的事情。
“十三條”也確立了內(nèi)閣集體決策、輔負(fù)責(zé)、次輔分工的運(yùn)作方式，臨時(shí)成員就包括目前的五個(gè)人，一致推舉孫承宗為內(nèi)閣輔，其他四人為次輔，并討論劃分各自的分管范圍：孫承宗統(tǒng)攬全局，并分管通政司、翰林院、詹事府、國子監(jiān)，原內(nèi)閣大學(xué)士朱延禧分管都察院、禮部、六科；原吏部尚書崔景榮分管吏部、工部；原兵部尚書趙彥分管戶部、大理寺，李彥則領(lǐng)兵部和刑部。
所謂六部九卿，最重要的就是禮、兵、工、吏、戶、刑六部，以及通政司、都察院、大理寺，李彥領(lǐng)了兵、刑兩部，其它卿寺概不插手，在五人中權(quán)柄并不重。當(dāng)然，兵、刑兩部又相對(duì)比較敏感，掌握著國家暴力機(jī)構(gòu)，不過重大決策都需要內(nèi)閣集體通過，李彥也不能借此胡作非為，李彥也由他的優(yōu)勢(shì)，那就是在遼東的輝煌戰(zhàn)績(jī)，擁有練兵經(jīng)驗(yàn)，并提出他的施政方針，在未來五年之內(nèi)，對(duì)大明軍隊(duì)進(jìn)行整編，使其更具有戰(zhàn)斗力。
至于刑部，李彥坦白告訴孫承宗等人，之所以想分領(lǐng)刑部，是因?yàn)樗胂拗菩滩康臋?quán)力，按照李彥的想法，刑部權(quán)力過大，既能勘問案情，又能審理定罪，刑部、大理寺、都察院權(quán)限又存在重復(fù)，他認(rèn)為刑部只能勘問案情，斷案之權(quán)屬于大理寺，刑部無斷案權(quán)。
事實(shí)上，歷代封建王朝設(shè)置大理寺，目的就是與刑部形成審理與復(fù)核監(jiān)督的關(guān)系，都察院主要起到監(jiān)督的作用，李彥提出勘問與審理分開，刑部只管勘問，大理寺負(fù)責(zé)審理，都察院進(jìn)行復(fù)核，看上去確實(shí)比較合理，又是削刑部權(quán)，而重大理寺和都察院，他所表現(xiàn)出來的大公無私，也讓其他人感到認(rèn)可。
最終，臨時(shí)內(nèi)閣還是通過了三法司權(quán)力地調(diào)整和分配，刑部管勘問，大理寺負(fù)責(zé)審理，都察院提請(qǐng)審理并復(fù)核，也即是刑部勘問以后，將案件轉(zhuǎn)給都察院，都察院根據(jù)案情提請(qǐng)大理寺進(jìn)行審理，并對(duì)大理寺的審理結(jié)果進(jìn)行復(fù)核，如果認(rèn)為并不合理，可以繼續(xù)抗訴。
這個(gè)程序，在孫承宗等人看來，似乎比較麻煩，李彥卻堅(jiān)持這樣設(shè)置，他認(rèn)為依法斷罪，事關(guān)重大，輕率不得，這個(gè)原則必須要定下來。
這樣做對(duì)李彥來說，并沒有好處，孫承宗等人已經(jīng)認(rèn)可他是一心為公，最終還是表決通過，但又對(duì)具體的分工進(jìn)行了調(diào)整，以崔景榮領(lǐng)刑部，李彥領(lǐng)工部，畢竟刑部即便在削弱之后，也掌握勘問拿人的權(quán)力，而李彥在遼東展工礦和農(nóng)業(yè)的成績(jī)也很矚目。
李彥對(duì)此也沒有在意，眾人達(dá)成共識(shí)，就形成文字，送進(jìn)內(nèi)宮給皇上審閱，當(dāng)然在表述上，會(huì)比較藝術(shù)，并非是諸人表決，而是舉薦、推舉，朱由校雖然出面接見他們，知道京城局勢(shì)穩(wěn)定，也只是略微點(diǎn)了點(diǎn)頭，似乎不太感興趣。
經(jīng)過張皇后的開導(dǎo)，朱由校的情緒似乎已經(jīng)漸漸穩(wěn)定，看他滿頭大汗的樣子，似乎剛才正在干活，估計(jì)是借此排解心中的悲傷。
雖然并非刻意。如今地皇宮都在李彥地控制當(dāng)中?；蕦m內(nèi)地任何動(dòng)靜。朱由校地一舉一動(dòng)。李彥都能了如指掌。邵榮剛才已經(jīng)簡(jiǎn)單告訴他情況。朱由校確實(shí)是在干活。而且是木工。
李彥與孫承宗等人不同。他并不反對(duì)朱由校做這些事情。作為一個(gè)后來。他更覺得世襲制地國家元并不需要。也不應(yīng)該過問具體地政務(wù)。就遴選行政腦來說。家族世襲制顯然不如在更廣泛范圍選擇更好。
而此刻他也只能同孫承宗等人一起。請(qǐng)求皇上親政。朱由校對(duì)此明顯不感興趣。勉強(qiáng)應(yīng)下地同時(shí)。以身體不適為由。讓內(nèi)閣按照十三條所說。處理朝政。有事再行稟奏。
朱由校地態(tài)度。孫承宗等人明顯不能認(rèn)同。李彥卻是送了一口氣。這十三條雖然沒有說限制皇權(quán)。但真正執(zhí)行起來。卻是這樣地效果。事實(shí)上。李彥對(duì)新政地期待。也是從限制皇權(quán)開始。朱由校眼下對(duì)權(quán)力不感興趣。正好讓他有施展地空間。
在朱由校批復(fù)以后。十三條終于就此生效。臨時(shí)內(nèi)閣也以極快地度出這道圣旨。
通政司和邸報(bào)下達(dá)給各衙署和地方。
當(dāng)然，十三條的規(guī)定在李彥看來非常重要，但是在很多人看來，也不過如此，除了廢除司禮監(jiān)、票決制之類有些新意，其他一些原則，都能在大明律中找到依據(jù)。當(dāng)然也有人能從中看到不同，受到這個(gè)時(shí)代的局限性，這樣的人還是比較少。
在外面地人看來，最大的變化還是內(nèi)閣和六部九卿地調(diào)整，內(nèi)閣輔孫承宗，次輔朱延禧，兼領(lǐng)禮部尚書；崔景榮、趙彥、李彥都晉身內(nèi)閣大學(xué)士，崔景榮兼領(lǐng)吏部尚書；趙彥兼領(lǐng)大理寺卿；李彥領(lǐng)兵部尚書。
六部尚書入閣為大學(xué)士，在明朝也有先例，除此以外，為閹黨陷害的楊漣為左都御史、左光斗為右都御使，二人領(lǐng)旨審查閹黨一案。
與過去不同，內(nèi)閣文要求都察院查案，必須要根據(jù)律法和證據(jù)確定相應(yīng)罪名，由刑部協(xié)助勘問證據(jù)，然后交給大理寺審問定罪，而不是像過去那樣，拿到朝堂上疏彈劾。
那些閹黨官員已經(jīng)被先行拿下，如何定罪可謂全國矚目，明眼人從這件事當(dāng)中都可以現(xiàn)一些明顯地變化，特別是得到李彥支持的華夏社正式復(fù)刊，回到京城以后，每天都會(huì)就京城形勢(shì)進(jìn)行報(bào)道，并配社論。
應(yīng)該說華夏社擁有一批素質(zhì)比較高，思想比較開明地讀書人，在這次政變中，也有大量華夏系的官員被起復(fù)重要，所以他們對(duì)朝中的變化，大致持比較積極的態(tài)度，特別是“十三條”，以及這一次對(duì)閹黨的審理，評(píng)價(jià)都比較正面。
李彥也以匿名的方式給華夏社投稿，他在文章中特別強(qiáng)調(diào)了“依法治國”和“程序正義”這兩點(diǎn)，指出魏閹之所以能夠亂國，關(guān)鍵就是大明律無法約束魏閹的行為，而魏閹通過并不合乎程度的中旨，擾亂朝政，因而只有“依法治國”，并且嚴(yán)格程序要求，才能杜絕“魏閹亂國”這樣的事情再度生。
這篇文章的觀點(diǎn)并不算激進(jìn)，卻也在石柱國的配合之下，由此成功地帶動(dòng)了關(guān)于“依法治國”和“程序正義”的討論，引起天下讀書人對(duì)于正在審理中的閹黨案的關(guān)注。
對(duì)楊漣和左光斗來說，如今身為都察院左右都御使，可謂大權(quán)在握，由他們來審查閹黨一案，可謂深入人心，楊漣甚至傷還沒有好，趴在床上就寫了幾份奏疏，羅列魏忠賢三罪狀，送出去以后，很快讓臨時(shí)內(nèi)閣打了回來。
內(nèi)閣擬定的批復(fù)是：閹黨有何罪責(zé)，蓋有都察院審查，然后報(bào)大理寺審問定罪，大理寺審問定罪以后，若都察院沒有異議，即可定罪執(zhí)行，并報(bào)皇上批復(fù)。斷案為大理寺之責(zé)權(quán)，都察院有復(fù)核權(quán)，重刑犯需報(bào)皇上、內(nèi)閣批復(fù)，皇上、內(nèi)閣認(rèn)為不可的，可還大理寺重審，如果大理寺、都察院和皇上、內(nèi)閣之間有分歧，需召集三法司、內(nèi)閣共同會(huì)審，票決結(jié)果，并為最終判決。
對(duì)于這個(gè)批復(fù)，楊漣和左光斗都有些不滿，也很惑，通常來說，都察院擁有風(fēng)聞言事之權(quán)，這個(gè)批復(fù)無是讓都察院的職權(quán)性質(zhì)生變化，一方面限制了言官的權(quán)力，不能因?yàn)轱L(fēng)聞，就定人罪行；同時(shí)又相應(yīng)增加了言官的權(quán)力，說過去都察院只能就刑部、大理寺審理的案件結(jié)果提出問，如今所有的案子都需要都察院參與，都察院成為刑部與大理寺之間的一個(gè)重要環(huán)節(jié)。
一開始，楊漣和左光斗并不理解這樣做的原因，甚至還有些抵觸，認(rèn)為這是侵犯了言官“風(fēng)聞言事”的權(quán)力，然而當(dāng)他們看到《華夏時(shí)報(bào)》上面李彥的文章，以及華夏社的評(píng)論的時(shí)候，才意識(shí)到在這個(gè)事情中，都察院的角色確實(shí)與過去不一樣了。
就審查閹黨這件事來說，都察院獲得很重要的權(quán)力，最終還是在刑部的配合之下，整理閹黨成員的罪行材料，根據(jù)這些材料，擬定閹黨的罪行，然后交給大理寺進(jìn)行審理。
大部分言官并沒有覺得不妥，因?yàn)樽C據(jù)搜集主要還是刑部的事情，而從材料中去整理罪行，則是他們更為擅長(zhǎng)的事情。