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在22世紀，星際聯(lián)邦的主要對手是羅慕倫帝國，而到了23世紀聯(lián)邦的主要對手則成了克林貢帝國。
克林貢帝國與聯(lián)邦第一次的接觸發(fā)生在2218年，這一次接觸很不愉快，此次不幸的事件導致兩國敵對達近一個世紀之久。2237年克林貢與聯(lián)邦的交涉幾近破裂。克林貢帝國向聯(lián)邦發(fā)出最后通牒，若聯(lián)邦不從雙方皆宣稱為自己領域的地區(qū)撤退，克林貢將對聯(lián)邦宣戰(zhàn)，兩國從而開始了武裝對峙狀態(tài)。
一切便從此開始。這里便是《星際迷航：暗黑無界》的世界。
面對星際聯(lián)邦與克林貢帝國之間很有可能爆發(fā)的戰(zhàn)爭，一部分人開始積極備戰(zhàn)。這些人中，以聯(lián)邦星際艦隊亞歷山大?馬庫斯上將最為積極。
瓦肯人的母星瓦肯星，被穿梭時空來自未來的羅姆蘭帝國的采礦船納蘭達號船長尼祿，運用一個世紀后的未來武器所摧毀，這導致瓦肯全球60多億人死亡，只有1000多人幸存。在瓦肯星被毀后，聯(lián)邦星際艦隊加大了對太空中遙遠星區(qū)的探索，亞歷山大?馬庫斯上將的心腹手下，在這次探索中發(fā)現(xiàn)了一艘漂浮在太空中的古舊飛船，飛船內(nèi)有著數(shù)十個在冰凍倉中低溫休眠的人類，其中有七十三人存活。
亞歷山大?馬庫斯上將有著31區(qū)作為后盾，這是一個不被官方承認。類似于秘密警察組織的情報與防衛(wèi)組織。通過31區(qū)封存的秘密資料，山大?馬庫斯上將很快就知曉了這些人的來歷。這些人是基因改造人，源自三百年前地球爆發(fā)的優(yōu)生戰(zhàn)爭。
優(yōu)生戰(zhàn)爭（eugenicswars）是1992年至1996年在地球發(fā)生的一系列戰(zhàn)爭。科學家為了改良人類通過優(yōu)生和基因改造等方法。制造出了一批‘超人’，他們擁有更好的身體素質(zhì)和更高的智能，可隨之而來的還有更大的野心。
當時世界上大部分地區(qū)都被基因改造人統(tǒng)治著，所有基因改造人中最著名的則是可汗?努尼恩?辛格，他統(tǒng)治著全世界四分之一的領土。因為這些‘超人’的統(tǒng)治，使得非基因改造人的地位十分低下。后來由于非基因改造人的反抗而引起了世界大戰(zhàn)，最終導致基因改造人的獨裁政權被推翻。而可汗等八十個基因改造人逃過了制裁，自我流放到了外太空。當時新政府由于害怕可汗消失的消息引起恐慌，就對公眾隱瞞了這個事實。聲稱可汗已經(jīng)死亡。此后，基因改造技術被全面禁止，永遠不能啟用。
馬庫斯上將發(fā)現(xiàn)一切后，決定喚醒了可汗，利用這個全面超越人類的基因改造人，推進他的聯(lián)邦星際艦隊軍事化大業(yè)。在亞歷山大?馬庫斯看來，現(xiàn)今的聯(lián)邦人民實在是太安逸了，根本無法扛起戰(zhàn)爭。要對付野蠻的克林貢帝國，亞歷山大?馬庫斯需要一個同樣野蠻的、殘忍的、野性的、戰(zhàn)士的頭腦來輔助。而基因改造人可汗?努尼恩?辛格則滿足所有的要求，這些高智商的強橫基因改造人就是為戰(zhàn)爭而生的，他們的體魄、他們的思維、他們的一切皆是為了戰(zhàn)爭服務。
利用活著的七十二個基因改造人，這些可汗?努尼恩?辛格僅存的族人。亞歷山大?馬庫斯與可汗達成了協(xié)議。在人質(zhì)的威脅下，可汗?努尼恩?辛格迅速適應這個時代，迅速的學習新世界的科技、規(guī)則?；s翰?哈里森為31區(qū)設計武器和戰(zhàn)艦，來幫助亞歷山大?馬庫斯實現(xiàn)聯(lián)邦星際艦隊軍事化的愿望。
而亞歷山大?馬庫斯則答應在事成之后。釋放所有的基因改造人，還可汗等人自由。但亞歷山大?馬庫斯從一開始就沒有想著放可汗等人活路。而曾經(jīng)身為一個統(tǒng)治者的可汗也清楚的知曉亞歷山大?馬庫斯的心思，但族人之命握與他人之手的他無可奈何，只能在暗地里籌備計劃?？珊怪谱髁艘慌冗M的光子魚雷，并將自己的七十二個族人裝入其中，準備攜帶自己的族人逃出生天。
但是，可汗的暗中行動被亞歷山大?馬庫斯發(fā)現(xiàn)了，無奈之下他只能只身逃亡?？珊闺m然逃了出來，但他的七十二個族人卻落進了馬庫斯手中?？珊褂X得自己的七十二個族人肯定會被馬庫斯全部殺掉，于是開始了一條復仇之路。
作為一個精銳戰(zhàn)士，可汗為復仇制訂了詳細而縝密的計劃，并將其付諸實施。首先，可汗要將位于倫敦，表面上是星際艦隊的檔案館，實則為31區(qū)分部的機構毀掉。
為此，可汗找到了一個在31區(qū)工作的星際艦隊文職軍官。這位軍官有著一個身患重癥，即便以星際時代的醫(yī)學也無法治愈的女兒。而作為基因改造人的可汗，擁有著細胞重生的能力，而他的血液更是萬能良藥，可以將這種能力帶給受血者，治愈任何疾病?？珊购芮宄粋€人會為了自己的親人付出所有，于是他跟這位軍官達成了協(xié)議。
可汗答應用自己的血液救活軍官的女兒，而軍官則為可汗炸掉31區(qū)分部，并給馬庫斯上將發(fā)一份郵件，宣布可汗與聯(lián)邦星際艦隊之間處于戰(zhàn)爭狀態(tài)。
為了讓自己的女兒遠離病魔的折磨，軍官毅然答應此事，在親眼見到血液起效后，軍官帶著制作出一枚戒指的超級炸彈，在可汗的一路監(jiān)視下進入了31區(qū)。很顯然，可汗以軍官女兒的安危威脅他，刺殺一個人對可汗來說實在是太容易了。
一個父親為了自己的女兒鋌而走險，并且搭上了許多人的性命，這樣的行為即無私又自私。無私是因為他根本不在乎自己的性命，自私是因為他救一人卻殺死了四十二人。
星際聯(lián)邦內(nèi)部已經(jīng)安寧許久，四十二人死亡的爆炸事件足以引起全面關注。爆炸發(fā)生后，按照聯(lián)邦艦隊的規(guī)章條例：聯(lián)邦星際艦隊的設施受到襲擊時，高級指令會召集星艦艦長和大副們到舊金山市的星際艦隊總部，在緊急會議室召開緊急會議。
已經(jīng)熟悉聯(lián)邦星際艦隊規(guī)章條例的可汗早就計劃好了一切，就在所有人以為他在逃避星際艦隊的追捕時，他偷取了一艘沒有曲速航行能力，防守不嚴的普通逃生飛船，并進行了武裝，直接殺到了舊金山市的星際艦隊總部。已經(jīng)習慣了使用星際戰(zhàn)艦交戰(zhàn)，早就忘卻了近身刺殺的聯(lián)邦艦隊的高層指揮官們，就在這間緊急會議室內(nèi)遭到了可汗的屠殺。
大批的星艦艦長和大副死去，讓可汗一泄心頭恨，然而還不等他殺掉罪魁禍首馬庫斯上將。一向不走尋常路的詹姆斯?泰比里厄斯?柯克出手了，被剝奪了企業(yè)號艦長一職，降為大副的柯克也恰好來此開會。在使用來福相位槍攻擊逃生船無效后，柯克用消防栓毀掉了逃生船的進氣裝置，進而使逃生船墜毀。
但早有準備的可汗，使用便攜式空間扭曲發(fā)射器逃離了地球，直接抵達了克林貢帝國的一顆星球――克羅諾斯星上的無人區(qū)內(nèi)。
在清理墜毀的逃生船殘骸時，企業(yè)號星艦的輪機長斯科特發(fā)現(xiàn)了里面的便攜式空間扭曲傳送器，從而找到了可汗的藏身之處。而星際聯(lián)邦正與克林貢帝國處于敵對狀態(tài)，聯(lián)邦的星艦哪怕只是接近克林貢帝國的地盤，都會挑起全面戰(zhàn)爭，星際艦隊根本無法冒著挑起戰(zhàn)爭的危險去追捕他。
詹姆斯?泰比里厄斯?柯克的人生導師克里斯多夫?派克將軍，也在此次襲擊中身亡，對可汗痛恨不已的柯克毛遂自薦，請求馬庫斯上將恢復他企業(yè)號星艦艦長一職，前往克林貢帝國克羅諾斯星抓捕可汗。
而早就想除掉心頭大患可汗，并名正言順的和克林貢帝國開戰(zhàn)的馬庫斯上將則順水推舟，答應了詹姆斯?泰比里厄斯?柯克的請求。在派出企業(yè)號星艦的同時，馬庫斯上將為企業(yè)號配發(fā)了七十二枚31區(qū)研制的最先進光子魚雷。馬庫斯上將命令柯克駕駛企業(yè)號，在聯(lián)邦和克林貢帝國的中立區(qū)邊緣，向哈里森在克羅諾斯星的藏身處發(fā)射光子魚雷，將哈里森轟殺。
其實，老辣的馬庫斯上將沒有表面上那么好心，七十二枚光子魚雷的內(nèi)部，藏著可汗的七十二個族人，既然可汗想要跟自己的族人團圓，那就讓他們一起下地獄。而且，馬庫斯上將派人暗中破壞了企業(yè)號星艦的曲速核心，設定在中立區(qū)邊緣發(fā)生故障。當光子魚雷爆炸后，克林貢人必定前來搜查，屆時發(fā)生故障的企業(yè)號無法進行曲速航行逃走，必然會被克林貢人抓個正著。發(fā)現(xiàn)聯(lián)邦向帝國發(fā)射光子魚雷后，克林貢帝國和聯(lián)邦之間必然爆發(fā)大戰(zhàn)，早就等著這一戰(zhàn)的馬庫斯上將，則會按照計劃實行聯(lián)邦星際艦隊軍事化。
在馬庫斯看來，一切都是這么完美，即消滅了心腹之患可汗，又能掀起期望已久的戰(zhàn)爭?？上В材匪?泰比里厄斯?柯克的風格就是不走尋常路，他決定不用光子魚雷消滅可汗，而是親自帶領一支先遣登陸部隊，登陸克羅諾斯星的無人區(qū)抓捕可汗。
于是，事情的發(fā)展開始偏離馬庫斯的計劃。
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