因?yàn)樵紫啻拚丫暤冉唤Y(jié)藩鎮(zhèn)、結(jié)黨營私，甚至借三鎮(zhèn)勢(shì)力壓在皇帝之上，唐昭宗又想起了被貶的張浚、孔緯，因這二人是性格剛直人士。
六月初五，詔令被貶為均州刺史的孔緯、繡州司戶張浚都擔(dān)任太子賓客。初六，朝廷又任命孔緯為吏部尚書。
初七，又授孔緯為司空，兼任門下侍郎、同平章事。任命張浚為兵部尚書、諸道租庸使。當(dāng)時(shí)孔緯、張浚居住在華州，孔緯因?yàn)樯眢w有病，乘車來到京師堅(jiān)決推辭，但唐昭宗不準(zhǔn)。不久，孔緯就病死了。
李克用向唐昭宗上表聲稱王行瑜、李茂貞、韓建派兵進(jìn)犯京師，殘害朝中大臣，請(qǐng)求討伐他們。李克用又給王行瑜、李茂貞、韓建三位節(jié)度使發(fā)去征討檄文，王行瑜等很恐懼。
李克用的軍隊(duì)到達(dá)絳州時(shí)，絳州刺史王瑤閉城抵抗。李克用發(fā)兵攻城，十天后，攻克絳州，王瑤在軍營的大門被斬殺，城內(nèi)進(jìn)行抵抗的一千余人都被殺。
七月初一，李克用到達(dá)河中，王珂在路上迎接他。
而王行瑜的弟弟、匡國節(jié)度使王行約在朝邑打了敗仗，七月初三放棄同州（大荔縣）逃跑，很快到達(dá)京師長安。王行約還有一個(gè)弟弟王行實(shí)當(dāng)時(shí)擔(dān)任京師左軍指揮使，他率領(lǐng)手下人馬與王行約一起在長安西市大肆搶掠。王行實(shí)還向唐昭宗上表奏稱同州、華州已經(jīng)淪陷，李克用的沙陀軍就要到了，請(qǐng)皇帝的車駕到邠州去避難。
樞密使駱全瓘也上表奏請(qǐng)皇帝出巡鳳翔。但唐昭宗說：“朕收到了李克用的表章，他率軍在河中駐扎。即使是李克用到達(dá)這里，朕自然有辦法應(yīng)付他，你們要帶好自己的軍隊(duì)?！?br/>
京師的右軍指揮使李繼鵬是鳳翔節(jié)度使李茂貞的養(yǎng)子，他與駱全瓘準(zhǔn)備劫持唐昭宗前往鳳翔。中尉劉景宣與王行實(shí)想劫持昭宗前往邠州?？拙暜?dāng)面駁斥劉景宣，認(rèn)為皇帝不能輕易離開長安。
當(dāng)天傍晚，李繼鵬接連上奏請(qǐng)昭宗出走鳳翔，王行約不希望李繼鵬搶先劫走昭宗，就帶領(lǐng)他的左軍攻打李繼鵬的右軍，李繼鵬又放火焚燒宮門，戰(zhàn)斗聲驚天動(dòng)地。
當(dāng)時(shí)有鹽州六都軍隊(duì)駐扎在京師，唐昭宗便緊急詔令這支軍隊(duì)入宮護(hù)衛(wèi)，鹽州六都軍隊(duì)到達(dá)后，左、右兩支軍隊(duì)都撤退，左軍返回邠州，右軍返回鳳翔。長安城內(nèi)很混亂，到處搶劫。
有傳說王行瑜、李茂貞要親自來長安迎接皇帝，唐昭宗擔(dān)心被他們逼迫，命令禁軍都頭李筠、李居實(shí)的軍隊(duì)進(jìn)行護(hù)衛(wèi)，然后從長安城南面奔往南山。當(dāng)時(shí)朝廷百官大多沒有來得及跟隨，只有戶部尚書、薛王李知柔首先趕到，追隨昭宗車駕的百姓中暑饑餓而死的人有三分之一。
唐昭宗詔令李克用、王珂分別派一萬騎兵討伐叛軍，又詔令彰義節(jié)度使張鐇帶領(lǐng)涇原軍隊(duì)防備鳳翔的李茂貞。
李克用接受詔令，派遣軍隊(duì)先進(jìn)攻華州的韓建，恰巧這時(shí)李茂貞帶領(lǐng)三萬岐州軍隊(duì)已到，王行瑜也率領(lǐng)邠州軍隊(duì)到達(dá)興平縣，都想迎接唐昭宗的車駕。李克用就解除對(duì)華州的圍攻，趕往長安的渭橋。
當(dāng)唐昭宗在南山停留十幾天后，邠州、岐州的軍隊(duì)也快到了，唐昭宗派延王李戒丕前赴河中，催促李克用開進(jìn)軍隊(duì)。
895年七月二十七日，李克用的軍隊(duì)從河中出發(fā)。唐昭宗又派遣供奉官張承業(yè)前往李克用的軍營，趁機(jī)把他留在李克用的軍營做監(jiān)軍，進(jìn)行監(jiān)視。
八月初五，李克用命令軍隊(duì)向渭橋開進(jìn)，派遣李存貞為前鋒，又派遣史儼帶領(lǐng)三千騎兵前赴石門鎮(zhèn)護(hù)衛(wèi)唐昭宗。初九，李克用又派李存信、李存審會(huì)同保大節(jié)度使李思孝攻打駐扎在梨園寨（淳化縣境內(nèi)）的王行瑜，擒獲了王行瑜的部將王令陶等人。
李茂貞這時(shí)感到很恐懼，擔(dān)心自己被誅殺，于是他殺死養(yǎng)子李繼鵬，把其頭顱送到石門鎮(zhèn)唐昭宗的住地，并向朝廷請(qǐng)求冶他的罪，還派出使者向李克用求和。
唐昭宗派遣延王李戒丕、丹王李允告訴李克用，先暫且赦免李茂貞，等到消滅王行瑜，朝廷會(huì)再商議處置李茂貞。
朝廷還貶宰相崔昭緯為梧州司馬，任命護(hù)國軍留后王珂為節(jié)度使，因?yàn)橥蹒娅@得了李克用的支持。
895年八月十四，朝廷革除邠寧節(jié)度使王行瑜的官職爵位，并發(fā)兵討伐（邠寧節(jié)度使冶所在邠州（今陜西彬州），主要轄區(qū)是邠州、寧州、慶州）。
任命李克用為邠州四面行營都招討使，保大節(jié)度使李思孝為北面招討使，定難節(jié)度使李思諫為東面招討使，彰義節(jié)度使張鐇為四面招討使。
做完這一番安排，唐昭宗的車駕返回長安，李克用派遣騎兵護(hù)駕。
李克用率軍猛攻梨園寨，王行瑜向李茂貞求救。李茂貞派一萬人駐扎在龍泉鎮(zhèn)，自己率領(lǐng)三萬人開往咸陽附近。
李克用奏請(qǐng)朝廷讓李茂貞返回鳳翔，革除他的官職。但唐昭宗認(rèn)為李茂貞的罪過已經(jīng)赦免，只是詔令李茂貞返回鳳翔，依然希望李克用與李茂貞和解。
朝廷還任命昭義節(jié)度使李罕之擔(dān)任檢校侍中、邠寧四面行營副都統(tǒng)。史儼又在云陽打敗王行瑜的軍隊(duì)，擒獲云陽鎮(zhèn)使王令誨，進(jìn)獻(xiàn)給朝廷。
李克用打了勝仗，唐昭宗給獎(jiǎng)賞，由于魏國夫人陳氏的才能姿色群冠后宮，唐昭宗把陳氏賜給李克用作為獎(jiǎng)賞。
十月初，李存貞在梨園寨北部打敗王行瑜的邠寧軍隊(duì)，殺死一千余人。從此，梨園寨不敢再出戰(zhàn)，但城內(nèi)糧食吃完，城里的軍隊(duì)棄城逃跑。
李罕之攻克了王行瑜軍隊(duì)的三個(gè)營寨，斬殺一萬余人，擒獲王行瑜的兒子王知進(jìn)、大將李元福等，李克用隨后進(jìn)駐到梨園寨。
王行約、王行實(shí)兄弟二人見哥哥兵敗，就放火焚燒寧州城后逃跑。李克用奏請(qǐng)匡國節(jié)度使蘇文建擔(dān)任靜難節(jié)度使，鎮(zhèn)所暫設(shè)在寧州。
王行瑜帶領(lǐng)五千精兵駐守龍泉寨，李克用繼續(xù)率軍攻打。此前駐扎在此的李茂貞帶領(lǐng)五千人救援王行瑜，但遭到李罕之的襲擊，李茂貞撤兵而走。。
十一月初五，李罕之攻克龍泉寨，王行瑜逃入邠州城，并派遣使者向李克用請(qǐng)求投降。
李克用再率兵攻打邠州城，王行瑜登城哭訴說之前發(fā)兵長安都是被李茂貞、李繼鵬逼迫的，自己愿意向朝廷投降。但李克用不答應(yīng)，王行瑜就帶領(lǐng)族人棄城而走，當(dāng)走到慶州境內(nèi)時(shí)，王行瑜被部下殺死，首級(jí)傳至京城。