《柯南，好想永遠(yuǎn)和你在一起，可是我們沒有機(jī)會(huì)了吧》·一

    第一部分：江戶川文代二度現(xiàn)身

    江戶川文代又一次來到毛利偵探所，說要帶柯南去游樂園?？履弦詾樗质敲老Ｗ铀纾悴患討岩傻母狭宋拇能?。但在車上柯南卻被江戶川文代用**控制。原來她是黑衣組織的人，柯南的身份已經(jīng)被組織完全發(fā)現(xiàn)了！

    柯南在慌張中還是利用**射中了偽裝成文代的敵人，在車子沖下大橋前逃脫，往阿笠博士家奔去。

    與此同時(shí)Ｇｉｎ從學(xué)校綁架了少年偵探團(tuán)，并威脅哀交出她研究APTX4869解毒藥的數(shù)據(jù)資料。哀為了救大家把資料給了組織，并被Ｇｉｎ押上了車。

    而Ｇｉｎ在開走前卻暗中告訴Vodka在他離開之后就殺死少年偵探團(tuán)的三人。

    在Vodka要槍殺少年偵探團(tuán)時(shí)，柯南終于找到了那里救了大家，但Vodka還是逃走了。并說組織在等著工藤新一。

    第二部份：沉睡的小五郎－覺醒！

    柯南來到博士家用追蹤眼鏡找到了哀的下落?？履狭粝铝艘粡垖懨饕磺械拇疟P讓博士轉(zhuǎn)交給蘭，決定自己去面對(duì)黑色組織。

    但磁盤被闖入博士家的英語老師Judy拿走了，原來她是黑衣組織上層安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新發(fā)明彈射坐椅欺騙了Judy，逃過一死來到了毛利家。當(dāng)阿笠博士正想告訴小五郎和蘭現(xiàn)在的狀況時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)坐在偵探所客廳里的毛利呈現(xiàn)出沉睡的小五郎的姿勢(shì)！而毛利面前的筆記本上寫著“工藤新一”“柯南”“黑衣組織”等等。

    原來毛利早就懷疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是為了調(diào)查出柯南的真實(shí)身份和整個(gè)事件。毛利在沉睡般的深思中展現(xiàn)出他真正的實(shí)力，通過柯南留下的磁盤資料推理出了黑衣組織的所在。

    與此同時(shí)，F(xiàn)BI特工赤井秀一來到同事Judy家，意外的發(fā)現(xiàn)了的柯南的磁盤。他偷偷的把磁盤取回了家。秀一解開密碼后閱讀了柯南的自述以及對(duì)整個(gè)事件的推理。他對(duì)同事Judy的身份開始懷疑，但卻突然被人從后面擊昏。

    而這時(shí)在米花町，放學(xué)回家的蘭在門口意外的聽見了小五郎和阿笠博士的對(duì)話，終于確定了柯南就是新一！蘭在淚水中決意要以性命為賭注，為救回新一與黑衣組織絕一死戰(zhàn)！

    第三部份：小說家的意外訪客

    赤井秀一被Judy帶回了組織。Gin威脅秀一加入組織，最后的考慮時(shí)間為2小時(shí)。

    因?yàn)橛辛税У臄?shù)據(jù)和配合。兩小時(shí)之后，組織的藥物數(shù)據(jù)計(jì)算終于就可以完成。也就是傳說中的“同時(shí)成為上帝和魔鬼。讓時(shí)間倒轉(zhuǎn)，死人復(fù)活”藥物的完成。

    在世界的另一邊，工藤優(yōu)作和美希子也收到了博士的消息。優(yōu)作第一次讓美希子進(jìn)入了他的密室，原來這里就是工藤優(yōu)作獨(dú)自對(duì)抗黑衣組織的總部。而小說家不過是個(gè)用來收集資料的幌子。

    工藤優(yōu)作和美希子明白決戰(zhàn)的時(shí)刻已經(jīng)來臨。收拾裝備之時(shí)，前門突然出現(xiàn)了意外的訪客——目暮警官。

    目暮警官撕下自己臉上的偽裝。優(yōu)作驚訝的發(fā)現(xiàn)到來的客人居然是自己從學(xué)生時(shí)代便結(jié)交的死黨，自己還當(dāng)了他兒子的教父！

    他就是曾經(jīng)揚(yáng)名世界的偉大魔術(shù)家——黑羽先生！

    優(yōu)作看見10年前已經(jīng)被判定為失蹤的老朋友非常吃驚。而黑羽開門見山的告訴優(yōu)作，自己這十年也一直在獨(dú)自對(duì)著抗黑衣組織。方式就是讓自己的兒子黑羽快斗在世界范圍內(nèi)尋找一塊特殊的寶石。而就在今天快斗卻給他發(fā)來了代表最后決戰(zhàn)的消息：關(guān)于寶石、新一、黑色組織以及人類的未來。他這才以黑羽的身份重新回到人間！而他的兒子也被人稱為平成的亞森羅賓。優(yōu)作這才恍然大悟，原來自己的教子就是怪盜基德！

    第四部份：最黑的黑色

    柯南在傍晚來到了東京塔下，東京世界博覽會(huì)正在這里召開。原來黑衣組織的本部就是東京的中心！柯南騙過了警衛(wèi)進(jìn)入了地下室的暗門。

    這里是另外一個(gè)地下王國?？履侠冒Ⅲ也┦拷唤o他的電腦在警衛(wèi)房間里侵入了黑衣組織的電腦中樞，正在向外傳播加密數(shù)據(jù)時(shí)，柯南意外的被人從后面擊昏，那個(gè)人居然又是Gin。

    得到部份數(shù)據(jù)的阿笠博士將大家所擁有的信息整理到了一起，由優(yōu)作和小五郎一起推理出了驚天的結(jié)論：黑衣組織的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣組織的的支持者！組織的一部分重要功能就是以非法手段達(dá)到日本的擴(kuò)張！

    而美國**也早有察覺了這一點(diǎn)，并且指使FBI特工暗中介入。事實(shí)上美國也想通過操作組織來控制日本。

    當(dāng)分析出這一結(jié)論之時(shí)，毛利租來的車子已經(jīng)開到了東京塔下。

    關(guān)押赤井秀一的房門突然打開，走進(jìn)來的是——“Sherry”。

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