陳永福招納了流民之后，調整了太原的作戰(zhàn)部署，整飭隊伍，加強防御，祭旗發(fā)令，使多鐸的鑲白旗清兵數(shù)次攻城未能突破，使戰(zhàn)局向有利于守城一方發(fā)展。
作為努爾哈赤的嫡出幺子，多鐸在滿清的政治地位是很高的，他六歲被封為和碩額真，十二歲成為正黃旗旗主，領有十五牛錄，努爾哈赤死后，皇太極按照女真族未分家幼子享有繼承權的習俗將努爾哈赤領有的十五牛錄分給多鐸，在改換旗號后，多鐸所領的鑲白旗是八旗中最強大精銳旗之一，戰(zhàn)斗力僅次于多爾袞的正白旗。
多鐸久攻不下太原，多爾袞的輜重部隊到了太原之后，他親自上陣前喊話：“太原的百姓三百年來吃大明的糧食，踏大明皇帝的土地，深戴國恩。你原乃大明朝的忠臣，應生為大明皇的人，死為大明皇的鬼。我等八旗大軍入關，吊命伐罪，追殺弒君逆賊李自成，若你肯受降，不僅太原百姓能轉禍為福，你還能做大官，決不會低于你現(xiàn)在的官位。如何？”
“哈哈，本官不信，你們滿人會如此好心？”陳永福在城頭道：“我等大順乃是義軍，為天下百姓之主。你們滿人無須多言，我們寧死也不會投降。”
多爾袞騎馬上前，揮著馬鞭，指著陣前的紅衣大炮，說：“將軍身擁重兵，你還是好好想一想，你何必這樣自己苦自己呢？否則，太原城破，本王一個活口不留！”
“你們就是一群餓狼！闖入我們的家園，我們必然血戰(zhàn)到死！”陳永福知道多爾袞不是戲言，大聲呵斥多爾袞——清兵屠城，是有傳統(tǒng)的，清朝進入中原，首先靠的是武力，而且是滅絕人寰的武力。為了殺一儆百，他們對抵抗較為頑強的地方，一律進行慘無人道的大屠殺。在入關前，努爾哈赤就對漢人實施民族壓迫，稍有反抗，便大肆屠殺，殘殺了一百多萬遼東漢人。后金軍隊多次入寇山東、河北。僅濟南一地，就殺了十三萬漢人。后金軍撤退時，還將被掠走的漢族婦女載在馬上，施以濃妝艷抹，一路吹拉彈唱，侮辱她們。
“找死！”多爾袞一聲令下，命炮兵炮轟城墻，派甲士爬城，但被守城士民一次次擊退。
為了籌措軍糧，清兵大肆掠奪太原周邊的鄉(xiāng)鎮(zhèn)，凡有反抗者，清兵格殺勿論。
搶到錢糧后，多爾袞調整作戰(zhàn)部署，改變戰(zhàn)術，先用重炮轟擊，再派弓箭手射箭，最后命清軍的甲士向城內發(fā)起攻擊。
陳永福下令數(shù)千身穿普通百姓服裝的青壯，手持竹尖和身穿甲衣的士兵一起守城，石塊、滾木、熱油都用上了。
但是那些壯丁慢慢就到了滿清弓箭手的射程之內，清軍開始朝城墻上射箭，不時有守軍倒霉被射中。
城墻上也有成百上千支箭支飛射而下，十幾個清軍的弓箭手被射死。但是明顯他們這些射手水平跟滿清射手有明顯差距，那些青壯明顯是普通百姓，被活生生射死了很多。
陳永?？粗@一幕眼睛都紅了，但是沒有辦法，經過數(shù)天激戰(zhàn)，在守城士民糧盡彈絕的情況下，陳永福仍然不投降。
不久，多爾袞下令重炮集中攻城，彈重十斤四兩，滿城惶悚。
當天夜里，清軍連續(xù)攻城，炮落雉堞二堵，城上鼎沸，漸漸受不住了。
攻打愈急，炮火強勁，鉛彈大者如罍，堞墮不能修，陳永福下令以大袋沉泥填之。
后來，清軍的巨炮摧毀了太原北隅，崩聲如雷，城里遂陷。
最終，清軍是踩踏著城下堆積如山的尸體，才得以登上太原城頭的。
陳永福的士兵傷亡慘重，退守城中。早已懷著必死之志的他帶頭持刀與清兵搏戰(zhàn)，身負重傷，握刀僵立，倚壁而亡，其妻其妹投井而死。
接連三天，太原城里的巷戰(zhàn)不停，上萬流民沒有一兩個投降，血戰(zhàn)到底。
為報復守城士民，多爾袞后來命令屠城，大漢奸范文程極力勸阻：“攝政王，萬萬不可屠城，這并非是仁義之師所能為！我等的眼光要放長遠，江南各地的老百姓都盯著我們看呢！”
“范文程，你少放屁！”多鐸說：“屠城乃是為我們攻城死去的八旗勇士報仇！去你媽的仁義之師！”
“多鐸，你退下！”多爾袞厲聲喝道。
“哥，若不屠城，以儆效尤，誰還會怕我們？今后我們每遇到一座城池都像太原這么費勁，那我們什么時候能殺到西安？”多鐸不服氣，說：“而且你親口跟陳永福說過，若不屠城，人家還以為你言而無信！他們是自尋死路！”
范文程不好再繼續(xù)說話，看了身邊的洪承疇一眼。
洪承疇會議，也站出來表態(tài)，不同意屠城，說：“仁義之師，不是讓人害怕，而是要收服人心……”
多爾袞有點頭疼，用手指上的玉扳子頂了頂發(fā)亮的額頭，然后抬手示意洪承疇不要再說話，他咳嗽了一下，說：“你們不必多言。多鐸說得對，如果我大清不屠城，漢人必定是不會怕我們。而且本王一而再，再而三地給了陳永福機會，他自己不珍惜，那就不要怪本王心狠！”
范文程說：“陳永福該死！但不代表太原數(shù)十萬百姓該死……”
“夠了！本王沒心思聽你講大道理！”多爾袞怒了，一聲厲喝，拋棄了往日溫和的假面，露出了本來兇殘的真面目，道：“本王說到就要做到！多鐸，你去辦吧，一個活口不留?！?br/>
多爾袞一發(fā)怒，范文程和洪承就嚇得兩腿直哆嗦，不敢再多說一句話。
多鐸得令，開始屠城。太原城里二三十萬人，在守城時就戰(zhàn)死了一半，剩下聽說清軍要屠城就早往江南跑了，剩下的是有一些家產不愿意走的，都被多鐸殺了，城中僅剩下躲在寺觀塔里少數(shù)人。
清軍在太原屠城的消息傳到了江南，吳應熊下令將清軍屠城的消息在《新江南日報》上予以充分揭露，大造聲勢，揭穿了清軍入關偽善的面目，讓國人看清了滿清丑惡的真實嘴臉，江南士子群情激奮。
“血債血償！我們一定要讓殘暴的清軍付出代價！”吳應熊將南京的防務交給了閻應元，下令整頓軍備，集結十萬大軍，戰(zhàn)船兩千艘，準備北上討伐清軍！