在德游學時期，是蔡元培潛心治學、辛勤筆耕的黃金期。他在這里進一步形成良好的西方學術(shù)修養(yǎng)，攝取各類學術(shù)精華，又以深厚的國學底蘊，形成了對東、西兩大文明的獨特認知，這為他后來回國后領(lǐng)導和革新全國性的文化教育事業(yè)，奠定了思想和學術(shù)基礎(chǔ)。

    蔡元培以“爬格子”的方式半工半讀，在這一期間編著了《中學修身教科書》，編寫了《中國倫理學史》，翻譯了《倫理學原理》。這些著作奠定了蔡元培在中國學術(shù)和教育界的地位。

    《中學修身教科書》共五冊，前兩冊1907年12月初版，后三冊1908年3月初版。

    此書如蔡元培所說：“悉本我國古圣賢道德之原理，旁及東西倫理學大家之說，斟酌取舍，以求適合于今日之社會?！?br/>
    早期的修身教科書，一類翻譯自日本、歐美的修身與倫理教科書，重西學輕傳統(tǒng)，未能很好地適應(yīng)國情;另一類則為國人自編，幾乎都是以傳統(tǒng)經(jīng)學為基礎(chǔ)，固守忠孝仁義，缺乏先進的民主思想。對當時已經(jīng)逐漸融入現(xiàn)代社會的中國教育來說，這兩類修身教科書都顯得很不適應(yīng)。

    因此，由上海商務(wù)印書館出版的《中學修身教科書》，就顯得格外引人注目。該書中西結(jié)合、兼容并包，一方面對中華傳統(tǒng)倫理批判繼承，另一方面對西方先進思想辯證吸收。其中對“愚孝愚忠”的批判，對儒家經(jīng)學教義的揚棄，對公義、公理、公德，自由、平等、博愛等現(xiàn)代民主理念的提倡，都在一定程度上促進了國民文化啟蒙和思想解放，也為后來民國修身教科書及公民教育教科書的編寫樹立了一個標桿。

    “修身、齊家、治國、平天下”，這是傳統(tǒng)儒家對于個人修身的最高要求，也是每個儒家子弟窮其一生來追逐的理想境界。蔡元培在編寫《中學修身教科書》時，前四冊書分別以“修己”、“家族”、“社會”和“國家”來命名。很顯然，他希望中國人繼續(xù)堅守“修齊治平”這個儒家倫理道德的理想。但在這個延續(xù)了兩千年的“舊瓶”中，他是裝了“新酒”的。

    蔡元培在《中學修身教科書》第一冊中，強調(diào)了修己的重要意義及要求。

    他在《修己總論》中這樣寫道:“道德者。非可以猝然而襲取也。必也有理想、有方法。修身一科，即所以示其方法者也。夫事必有序。道德之條目。其為吾人所當為也同。而所以行之之方法。則不能無先后。其所謂先務(wù)者。修己之道是已。”

    至于如何修己，他認為“凡道德以修己為本。而修己之道。又以體育為本。”這種“體育為本”的價值觀念，在蔡元培1912年提出的“軍國民教育、實利主義、公民道德、世界觀、美育”等五種教育方針中也有所體現(xiàn)。

    “軍國民教育”與“體育為本”是一脈相承的，這一價值觀念不僅在當時，即使在今天也有非常重要的實踐意義。對于如何康強身體，蔡元培提出了許多務(wù)實的要求，與后來那些泛泛而談的倫理思想有著天壤之別。

    “孝行為本”的家族倫理。蔡元培認為“凡家族所由成立者。有三倫焉。一曰親子。二曰夫婦。三曰兄弟姊妹?！薄笆赂改钢馈Ｒ谎砸员沃?，則曰孝?！彼岢案复茸有?。兄友弟悌。夫義婦和。”提倡“孝者百行之本。”但對于“忠孝”這個極具中國特色的倫理道德觀念，蔡元培在《中學修身教科書》中的態(tài)度是有所批判、有所辨別的。提倡“忠孝”的同時，他反對“愚孝”、反對“盲從”。亂命不可從，“今使親有亂命。則人子不惟不當妄從。且當圖所以諫阻之?！?br/>
    蔡元培在《中學修身教科書》中，提倡“博愛為本”的社會倫理。主張“人之在社會也，其本務(wù)雖不一而足，而約之以二綱，曰公義，曰公德”，而公義公德都離不開博愛，所以“博愛”是社會倫理的核心?！皥D公益、開世務(wù)”，以美善社會，盡公義公德，這樣才能建功立業(yè)，謀取社會幸福，推進社會進步。

    在社會倫理中，他還提出了“取之有道”的生財之道和“用之有益”的通財之義等等。

    對于“愛國為本”的國家倫理。蔡元培認為“愛國之心，實為一國之命脈”，“愛國心為國家之元氣?！睈蹏P(guān)系到國家興衰，是國民應(yīng)盡的義務(wù)。之后，蔡元培又話鋒一轉(zhuǎn)，提出愛國不等于“愛君”，他指出國家是公權(quán)的國家，不是“全天之下，莫非王土”的國家。他在強調(diào)國民對國家盡義務(wù)的同時，也強調(diào)國家對國民盡義務(wù)，二者都是權(quán)利義務(wù)的統(tǒng)一體。此外，蔡元培還強調(diào)“依法治國”，他認為“吾人對于國家之本務(wù)。以遵守法律為第一義。”“法弊尚勝于無法”。他強調(diào)“執(zhí)法必嚴”，認為“法律雖不允當仍須遵守?！边@一“法治”的思想無疑是超前的，也是對“人治”的批判。

    清末，自由、平等、博愛等西方民主思想傳入中國，加上蔡元培留學西方的耳濡目染，使民主思想在《中學修身教科書》得到了很好體現(xiàn)：

    提倡自存、自立、自決。蔡元培把自由思想融合到修己本務(wù)之中，他認為修己需要勤勉職分、節(jié)制情欲、保持勇敢，甚至可以為國家急難而犧牲自己的性命財產(chǎn)。同時他所描述的勇敢是具有獨立之心的勇敢，他認為“勇敢之最著者為獨立?！薄蔼毩⒅腥?。一曰自存。二曰自信。三曰自決。”他倡導思想自由、信仰自由，強調(diào)人要有獨立之心，做到不依賴于人，以自己的思想、意志盡守職務(wù)，立足世界。

    提倡夫婦平等、職業(yè)平等、國民平等。蔡元培把平等觀念滲透到“家族”、“社會”和“國家”倫理之中，他提倡夫婦平等，批判“三從四德”的封建家庭倫理，他認為男女性質(zhì)不同，夫妻各有本務(wù)，但是“男女平權(quán)”。他提倡職業(yè)平等，雖然職業(yè)有勞心勞力之分，但無高低等差，“凡一職業(yè)中。莫不有特享榮譽之人。蓋職業(yè)無所謂高下?！彼岢珖衿降?，批判封建等級觀念，認為國民并無等差，人人都有權(quán)利，人人都有義務(wù)，“權(quán)利義務(wù)二者相因”。

    提倡公義、公德、博愛。蔡元培倡導的博愛不僅是救人于疾病、危難和窮困之中;而且能夠為社會國家挺身而出;還能積極投身博愛事業(yè)，量力捐財，修河渠、繕堤防、筑港埠、開道路、拓荒蕪，設(shè)醫(yī)院、建學校、設(shè)圖書館，設(shè)育嬰堂、養(yǎng)老院等。

    蔡元培所描述的社會國家不再是自給自足的小農(nóng)經(jīng)濟社會，也不是閉關(guān)鎖國的所謂“泱泱大國”，他講的社會是大社會，超越國界。他講的博愛是人類之愛，不論是國際紅十字會的人道主義救援，還是人類社會的“相互待遇本務(wù)”，都是大愛。由此我們可以領(lǐng)略蔡元培的世界觀念和國際情懷。

    遵循“中學為體、西學為用”的思想，蔡元培力圖在修身教科書中把中西文化完美地結(jié)合起來，也確實堪稱當時最好的范例。

    《中學修身教科書》本著“實用主義”原則，貼近中學生生活實際，完全可以成為他們的“生活指南”。此套書雖然寫在百年之前，但它表達的許多普遍的倫理道德，在今天一樣值得學習借鑒。

    《中學修身教科書》至1921年則曾經(jīng)再版16次，是民國初期國內(nèi)中學深受歡迎的教科書。

    《中國倫理學史》之所以具有標志意義，不僅因其是蔡元培晚清時期的學術(shù)代表作，是國人寫作倫理學史的開山之作，更因其是現(xiàn)代學術(shù)精神、道德意識與文化品格的結(jié)晶，是考察彼時“新學”邏輯、脈絡(luò)與關(guān)懷的重要樣本。

    《中國倫理學史》把中國倫理學的歷史分為三期，每期都有總論和結(jié)論。其下設(shè)章，每章介紹一位倫理學家的倫理思想。首先是該倫理學家的小結(jié)，然后介紹他的倫理思想，最后在結(jié)論中作者對該章倫理學家的思想稍加評論，闡明自己的觀點。蔡元培在撰寫《中國倫理學史》時，雖然把倫理學與修身術(shù)嚴格區(qū)別開來，但這只是指文體上的區(qū)別。從研究目的和書中所體現(xiàn)的倫理思想來看，是為了在整理、歸納中國數(shù)千年倫理思想的基礎(chǔ)上建立一種適合時代特點的倫理觀念和行為標準。

    在《中國倫理學史》的主體部分中，第一期是先秦創(chuàng)始時代。作者根據(jù)諸家倫理思想的特點，認為儒家代表中國的北方文化，道家代表中國的南方文化，“墨家毗于北，農(nóng)家為南方思想之一支，法家折衷南北學派”。

    第二期為漢唐繼承時代。作者認為漢唐時期，由于政治的沖擊，學者偷生其間，無遠志，循時勢所趨，學風頹靡。在此期間，倫理學界能成一家之言者寥寥無幾。這一時期對中國文化沖擊較大的是佛教的輸入，它和當時思想界的消極因素相融合，致使儒道兩家都染上宗教色彩，出現(xiàn)了三教并存的局面。后因道、釋二家的理論不具有社會實踐性，它們的出家之法僅為少數(shù)人所信從，所以獨尊儒術(shù)者占了上風，儒家之說成為普通社會之倫理學。

    第三期為宋明理學時代。作者認為，自宋及明，名儒輩出。他們著書立說，講學授徒，對于普及儒教，鞏固儒教的社會地位起了重要作用。在此期間雖然各派紛爭，有的思想家也有所建樹，但是終沒有擺脫儒教的束縛。