永歷元年三月，清兵已攻陷平樂，瞿式耜估計(jì)敵人必然要爭奪桂林，一面調(diào)度糧草，一面把駐在黃沙鎮(zhèn)的焦璉部隊(duì)調(diào)回桂林，為鼓舞士氣瞿式耜甚至把自己俸銀也湊上去犒賞將士。第二天上午清兵突然襲擊桂林，攻入文昌門，瞿式耜沉著指揮，依靠焦璉、白貴等部隊(duì)奮勇廝殺，清兵全面潰退。
永歷二年二月，聯(lián)明抗清的原大順軍將領(lǐng)郝永忠（即郝?lián)u旗），在靈川戰(zhàn)役中受挫后退到桂林，受到當(dāng)?shù)伛v軍的歧視，發(fā)生兵變，郝永忠縱兵大肆掠奪，殺太常卿黃太元，當(dāng)時(shí)瞿式耜不在桂林，瞿式耜的家也被搶掠，家人拿出何騰蛟的令箭，才混出城去。
三月初瞿式耜回城后，料理善后事宜，首先安定人心，加強(qiáng)戰(zhàn)備，督師何騰蛟也帶兵來保衛(wèi)桂林，再敗清兵。
永歷三年，何騰蛟殉國后，瞿式耜兼任督師，陸續(xù)收復(fù)靖州、沅州、武岡等府縣。無奈南明朝中上下爭權(quán)奪利，猜忌傾軋，能征善戰(zhàn)的廣西本地部隊(duì)又長期戰(zhàn)斗，得不到休整，大大削弱了戰(zhàn)斗力。
永歷四年正月，南雄被清兵攻破，不久全州再度陷落，嚴(yán)關(guān)失守，前線潰退下來的官軍竟然沿途擄掠，秩序大亂，駐城將領(lǐng)也不戰(zhàn)而逃。
瞿式耜氣憤到極點(diǎn)，捶胸頓足說：“國家把高官厚祿養(yǎng)這些人，現(xiàn)在竟這般行徑，可恥！可恥！”。
形勢(shì)越來越壞，十月初，清軍兵臨城下時(shí)，桂林軍民已經(jīng)四散而逃，就連瞿府男女仆從也走散了，他的侍從武官備馬請(qǐng)他出城暫避，勸他說：“大人是國家棟梁，一身關(guān)系國家安危，突圍出去后，還可號(hào)召四方愛國志士，再干大事。二公子歷經(jīng)千難萬苦，正從常熟趕來看望大人，只需暫避一下，父子就能見面了。”
瞿式耜擺擺手說：“我是桂林留守，我沒有守好這個(gè)地方，對(duì)不起國家，還顧什么子女！”隨后整整衣冠，端坐在衙門里。
……
翰林院學(xué)士、廣西總督張同敞，是瞿式耜的學(xué)生，見局勢(shì)已無法挽回，從靈川隨潰兵逃回桂林，聽說城里人已走空，只有瞿式耜沒走。張同敞平時(shí)十分敬重瞿式耜，立即只身泅水過江，趕到留守衙門見瞿式耜說：“恩師，形勢(shì)這么危急，你怎么辦？”
瞿式耜說：“我是留守，有責(zé)任守好這地方，城存與存，城亡與亡。今天，為國家而死，死得光明磊落，你不是留守，為什么不走？”
張同敞聽后說：“恩師，以前戰(zhàn)敗，只要我不跑，總有部隊(duì)跟隨我，以圖再起；而這次竟全部跑光，再無一兵一卒敢于再戰(zhàn)，可見人心已然散盡了，我不死還能做什么呢？要死，就一起死！恩師，你難道不允許我和你一起殉難嗎？”
說完就在旁邊椅子上坐下來，和瞿式耜一起飲酒。
東方漸漸發(fā)白，清兵沖進(jìn)衙門，要捆綁他們，瞿式耜說：“我們不怕死，坐等一夜了，用不著捆綁。”遂和張同敞昂首闊步走出衙門。
孔有德一心想收降瞿式耜，關(guān)押至今，屢遭嚴(yán)詞拒絕，終于失去了耐心。
……
“別山，這是我寫的絕命詞，明天你托那位余將軍想法帶出去罷，日后若是傳至皇上耳中，也算是老夫以明厥志了?！?br/>
瞿式耜把一張書稿隔窗遞給張同敞，目光深邃的道。
張同敞接過書稿，朗聲讀到：
“從容待死與城亡，千古忠臣自主張；三百年來恩澤久，頭絲猶帶滿天香！”
“恩師大義！”張同敞凜然道。
“別山，你是快槍手，也吟一首吧？這是你我最后唯一能夠留給這個(gè)國家的了?！?br/>
“學(xué)生豈敢落后，也已擬就一篇，就請(qǐng)恩師最后為學(xué)生斧正一次吧?！?br/>
張同敞眼含熱淚，輕聲吟道：
“一月悲歌待此時(shí)，成仁取義有天知；衣冠不改生前制，名姓空留死后詩。
破碎山河休塟骨，顛連君父未舒眉；魂兮懶指歸鄉(xiāng)路，直往諸陵拜舊碑?！?br/>
“好！別山……我生平最愛山水佳景，此地頗佳，你我可以安心去矣！”
……
師生二忠良知道大限將至，正笑對(duì)生死，忽然瞥見余成帶了幾個(gè)緊身裝束的人悄然摸進(jìn)洞中，余成跪于瞿式耜身前，急聲說道：
“督師大人，總督大人，卑職位卑能鮮，連日目睹大人們被困受辱，卻無力施救，心如刀絞。今日終有援兵來救，請(qǐng)大人等速速破囚而出，回南寧行在與皇上會(huì)合，征召四方志士，再圖大業(yè)?！?br/>
“余將軍，你身在曹營心在漢，老夫知曉?！宾氖今曷勓陨砸汇渡瘢叭徽f道：
“然局勢(shì)已然如此，老夫縱然出得牢籠，又有何能力挽大廈于將傾？唯有為社稷盡忠而已?！?br/>
“督師大人，實(shí)不相瞞，現(xiàn)有忠勇義軍強(qiáng)力來援，我大明復(fù)興有望，我等只望大人蛟龍歸海，登高一呼而已，還望大人明鑒哪?！庇喑梢姶似嗦曊f道。
瞿式耜聞言沉吟半晌，沉聲問道：“余將軍，此話當(dāng)真？”
“在下大明抗清義軍首領(lǐng)林嘯，見過兩位大人?！?br/>
沒等余成答話，林嘯跨步上前，一臉正色地道：“在下戎裝在身，不便行禮，望大人見諒。我等由海外歸國效力，現(xiàn)已屯兵欽州，萬事俱備，不日即可發(fā)兵勤王護(hù)駕，聽聞大人被囚，特領(lǐng)輕騎來救，眼下形勢(shì)急迫，詳情不及細(xì)說，還請(qǐng)兩位大人速速隨我等出城要緊?！?br/>
瞿式耜和張桐敞將信將疑，相視一笑。
稍頃，瞿式耜終于點(diǎn)頭，這段時(shí)間他想通了，有機(jī)會(huì)逃出去的話他不想就這么死了，他要繼續(xù)為國效力，如若不濟(jì)，早晚戰(zhàn)死疆場而已。
張桐敞是頗為信任余成的，當(dāng)下也一點(diǎn)頭，既然連死都不怕了，管他真假，出去再說吧。
當(dāng)下兩人走出余成早已打開的牢門，正要出洞，卻見余成和莫原煒上前，拿出兩根繩子，莫原煒帶著歉意說道：
“兩位大人被囚多日，恐體力不支，張大人尚且有傷在身，還是由卑職等背負(fù)大人下山吧?！?br/>
眾人不由分說，把兩位大人捆在莫原煒、余成身上，捆扎停當(dāng)，林嘯帶頭閃出洞口，眾人魚貫而出，余成帶著兩名隨從親信緊隨其后。
下山辦法林嘯早已計(jì)劃好，眾人摸至一處峭壁前，在一棵古松后摸出一捆粗麻繩，一端系于樹根，張晨楓把大狙背于身后，抓緊麻繩試了試，沿著山壁慢慢蕩下山去，悄然落地后迅速摸至狙擊陣地，打開夜視儀，警戒清兵軍營方向。
隨后，劉旭磊，何守信，莫原煒，余成等逐一沿繩溜下山來，林嘯帶著余成的兩名親兵斷后。
不料莫原煒雖身材魁梧，力氣很大，身手卻遠(yuǎn)不及余成靈巧，地形也不及余成熟悉，背著瞿式耜使他下山動(dòng)作有些笨拙，不小心踩到一塊松動(dòng)的斷層石巖，石巖骨碌碌滾下山去，發(fā)出的響聲雖說不大，但在萬籟俱寂的深夜，顯得相當(dāng)突兀。