1565年9月，他再次勝利歸來，女工授予他一枚獎(jiǎng)?wù)乱再Y褒獎(jiǎng)。
月2日，他第三次出海。
女王借給他王室海軍戰(zhàn)船“Y穌”號(hào)和“米尼翁”號(hào)。
他的表弟弗朗西斯·德雷克也參加了船隊(duì)。
霍金斯首先在幾內(nèi)亞海岸附近，捕獲、購買了500多名黑人，然后駛往西印度群島，把他們秘密地賣給當(dāng)?shù)氐奈靼嘌乐趁裾摺?br/>
不料，在返航途中，船隊(duì)遭遇颶風(fēng)。
于是，他避人西屬港口桑約安港。
恰巧，西班牙新上任的墨西哥總督恩里奎斯，也率領(lǐng)艦隊(duì)進(jìn)港躲避風(fēng)暴。
幾天后，恩里奎斯向霍金斯發(fā)起突然襲擊，殺傷了300多名英國船員，擊毀了“Y穌”號(hào)。
霍金斯和德雷克猝不及防，只好率殘部倉促逃走。
他歷經(jīng)艱辛，才于1569年1月回到普里茅斯。
正當(dāng)尼德蘭和海盜問題，攪得英、西關(guān)系不得安寧之時(shí)，西歐政局也發(fā)生了變化。
月5日，弗朗西斯二世逝世，他的弟弟查理士九世（年在位）繼承法國王位，并暫由其母攝政。
1561年8月，瑪麗·斯圖亞特回到蘇格蘭。
1567年，她和情夫布恩華爾伯爵，合謀暗殺了她的第二任丈夫達(dá)恩里勛爵。
1568年5月，瑪麗·斯圖亞特因此被廢黜，逃往英格蘭避難，從此被伊麗莎白拘禁。
她的年僅13個(gè)月的兒子，繼位蘇格蘭國王，稱詹姆士六世。
對(duì)腓力二世來說，來自法國的威脅已經(jīng)不存在了，可以放心大膽的吞并英國。
他向伊麗莎白求婚，但遭到拒絕，遂改變對(duì)英政策，利用瑪麗·斯圖亞特造伊麗莎白的反。
1568年，發(fā)生的另一件事，終于使英、西關(guān)系走向緊張。
霍金斯的兄弟、普里茅斯市長威廉·霍金斯，也組織了私掠船隊(duì)，不時(shí)搶劫西班牙財(cái)寶船。
為了不把英國女王牽涉進(jìn)去，他們的船只，都懸掛著尼德蘭抵抗領(lǐng)袖，威廉·范·奧倫治的旗幟，
12月，私掠船把一支，滿載金條的西班牙船隊(duì)，趕進(jìn)了罕威、普里茅斯和南安普頓等，英國港口內(nèi)。
船上的錢財(cái)屬于熱內(nèi)亞銀行，準(zhǔn)備交付給，正在安特衛(wèi)普的西班牙將領(lǐng)阿爾伐公爵，作為鎮(zhèn)壓尼德蘭起義的軍費(fèi)。
伊麗莎白設(shè)法奪取了這批餉銀，將其中一部分，轉(zhuǎn)送給歐洲大陸上的新J諸候。
阿爾伐哪受過如此奇恥大辱，就把留在尼德蘭的英國船只和貨物一律沒收。
伊麗莎白也毫不示弱，照樣沒收了留在英國的西班牙船只和貨物。
正在此時(shí)，傳來了“Y穌”號(hào)被西班牙擊毀的消息，更是火上澆油。
失去餉銀的阿爾伐公爵，一方面禁止尼德蘭與英國通商，另一方面，只好征收極其繁重的捐稅，結(jié)果，激起尼德蘭人更猛烈的反抗。
而英國海盜，則繼續(xù)大肆搶劫，西班牙在美洲殖民地的財(cái)富。
就這樣，從1568年起，英、西關(guān)系逐漸緊張。
腓力二世支持英國的TZ教徒，伊麗莎白也開放英格蘭，供荷蘭新J叛徒避難。
從月起，英國國內(nèi)外的TZ教勢(shì)力，就開始議論英國最后一個(gè)TZ教公爵，諾福克公爵與瑪麗·斯圖亞特的婚事，并展開一系列陰謀活動(dòng)，企圖擁立瑪麗·斯圖亞特為英國女王。
1571年，腓力發(fā)動(dòng)了李多費(fèi)陰謀，想用阿爾伐所屬的6000人，支持英格蘭境內(nèi)的TZ教叛變，并在英國重建TZ教的X仰。
但伊麗莎白發(fā)覺了這個(gè)陰謀，鎮(zhèn)壓了貴族叛亂，并于1572年6月，處死了諾?？斯?。
于是，英國與西班牙的矛盾更加尖銳。
由于腓力二世正在對(duì)土耳其人和荷蘭人作戰(zhàn)，所以一時(shí)間無暇顧及英國。
伊麗莎認(rèn)為腓力的克制只是暫時(shí)的，一旦他騰出手來，就會(huì)設(shè)法剝奪她的王位。
因此，她著手加強(qiáng)英國的防御，開始重建一度曾被忽視的英國海軍。
霍金斯奉命重建海軍，他對(duì)戰(zhàn)船和火炮進(jìn)行了改革。
霍金斯設(shè)計(jì)的快速艦，取消了高聳的前后船樓和艦首的撞角，這種戰(zhàn)船重量輕，航速快，機(jī)動(dòng)性強(qiáng)，威力更大。
他還在戰(zhàn)船上，安裝了射程較遠(yuǎn)的長炮，又叫寇非林。
當(dāng)時(shí)軍艦上普遍使用的火炮有三種：加農(nóng)、寇非林和皮里爾。
皮里爾是一種落伍的火炮。
它射程較短，且只能發(fā)射20磅的石彈。
加農(nóng)和寇非林則是戰(zhàn)船上的主要裝備。
這兩種火炮的特性如下表：加農(nóng)口徑為7.25英寸、彈重50磅、最小射程340米、最大射程2000米。
寇菲林口徑為5.25英寸、彈重17磅、最小射程400、最大射程2500米。
西班牙人的戰(zhàn)術(shù)目標(biāo)為，先使敵船喪失戰(zhàn)斗能力，然后再攀登上敵船進(jìn)行白刃格斗，所以，船上多裝備加農(nóng)炮。
英國人的目標(biāo)，卻是在遠(yuǎn)距離擊沉敵船，或迫使它易幟投降，所以盡可能地多裝備寇非林。
霍金斯的改革，為英國人戰(zhàn)勝西班牙艦隊(duì)奠定了基礎(chǔ)。
他的表弟德雷克，在年和年，兩次遠(yuǎn)航美洲，奪取了豐富的戰(zhàn)利品。
僅1573年春，他在巴拿馬地峽，就搶劫了5噸黃金和數(shù)不清的奇珍異寶。
他回到普利茅斯時(shí)，受到空前熱烈的歡迎，被譽(yù)為“自由英國的旗手”。
1577年，德雷克得到樞密院的默許，決心要打破西班牙在太平洋的獨(dú)占地位。
他率領(lǐng)5艘船只，開始做周游世界的航行。
一路上，他在未設(shè)防的美洲西海岸奪取大量金銀，接著突襲了凡爾巴萊索，搶劫了塔拉巴卡，
捕獲了西班牙最大的運(yùn)寶船“卡卡弗哥”號(hào)，還駛?cè)肓伺f金山灣，以伊麗莎白女王的名義，將其收為英國領(lǐng)土，定名為新阿爾賓。
1580年9月，他返回英國，帶來了價(jià)值約50萬英鎊的財(cái)物。
這些財(cái)物，相當(dāng)于英國王室一年的全部收入，伊麗莎白女王則分到16.3萬英鎊。
她還親自訪問了，駐扎在普利茅斯港口的德雷克艦隊(duì)，并在德雷克的旗艦“金雌鹿”號(hào)的后甲板上，封他為爵士。
西班牙駐英國大使，要求伊麗莎白賠償?shù)吕卓嗽斐傻膿p失，結(jié)果一無所獲。