經(jīng)過大朝會的廷論后，明朝官場和士林間對體制改革和科舉改革逐漸達(dá)成統(tǒng)一認(rèn)識，朱厚照和內(nèi)閣商議后，決定進一步推行體制改革。內(nèi)閣更名為政務(wù)院，內(nèi)閣首輔劉大夏為政務(wù)院院長，其余八人均為政務(wù)院副院長。撤銷原六部及一應(yīng)院司，重新設(shè)立各部，朱厚照參照后世，采取修改撤銷合并等方式，共設(shè)立了十余個部，分別如下：吏部更名為人力資源部、戶部更名為財政部、禮部更名為教育部、商部更名為商務(wù)部、稅部更名為稅務(wù)總署，刑部更名為刑偵部、工部更名為科技部、鴻臚寺更名為外交部、大理寺更名為司法部、都察院更名為監(jiān)察部。
新增國家安全部、交通部、教育部、民生部、自然資源部、水利部、衛(wèi)生部、廉政署、審計署。原內(nèi)閣成員不再擔(dān)任各部具體職務(wù)，只負(fù)責(zé)管轄，其中人力資源部、司法部、監(jiān)察部、廉政署、審計署為獨立部門，由皇帝朱厚照親自管轄。修改原有職位品級，更名為院級、部級（署級）、府級（司級）、縣級（局級）、吏級。吏員分為三級，所有官員必須從一級吏員做起。
政務(wù)院成員屬于朝廷最高職級，撤銷原各部職級稱謂，尚書改部長，侍郎更名為司長，以此類推。撤銷原省一級行政機構(gòu)承宣布政使司、提刑按察使司、都指揮使司，更名為省府，最高長官為省長（部級），副省長（副部級）八人，分別管轄不同的政務(wù)部門；參照朝廷各部設(shè)立對應(yīng)的部門。
兵部改組為軍務(wù)院，楊一清為第一任軍務(wù)院院長，下設(shè)總參謀部、總裝備部、總后勤部、總訓(xùn)練部、軍情部和八大戰(zhàn)區(qū)，軍情部由錦衣衛(wèi)改制而來，西山戰(zhàn)區(qū)更名為北平戰(zhàn)區(qū)，負(fù)責(zé)京城和京畿之地；遼東戰(zhàn)區(qū)負(fù)責(zé)京城以北（現(xiàn)東北地區(qū)）；山東戰(zhàn)區(qū)負(fù)責(zé)山東、山西、河南；南京戰(zhàn)區(qū)負(fù)責(zé)南京、浙江、江西、湖廣；四川戰(zhàn)區(qū)負(fù)責(zé)四川、陜西及西部，廣東戰(zhàn)區(qū)負(fù)責(zé)廣東、廣西、福建、海南；云南戰(zhàn)區(qū)負(fù)責(zé)云南、貴州。
每個戰(zhàn)區(qū)按照軍務(wù)院架構(gòu)設(shè)置參謀部、裝備部、后勤部、訓(xùn)練部，設(shè)司令一人；按照作戰(zhàn)所需設(shè)立相應(yīng)的作戰(zhàn)部隊，以師為單位。朱厚照作為一國之君，自然是最高統(tǒng)帥，但朱厚照很清楚若是大權(quán)總攬，會導(dǎo)致大臣不滿，到時候又會出現(xiàn)皇權(quán)和臣權(quán)之爭，所以他選擇了放權(quán)，政務(wù)院具有最高行政權(quán)，朱厚照負(fù)責(zé)立法權(quán)和軍權(quán)。
梳理完體制改革后，從京師到地方開始進行轟轟烈烈的改革，科技改革開始以北方為試點，三年后推行全國。成立西山學(xué)院，為大明朝第一所高級學(xué)院，學(xué)院依舊設(shè)立在西山，西山衙署專門劃分了一百畝地供學(xué)院使用，現(xiàn)在正在交由西山建筑建設(shè)，學(xué)院現(xiàn)階段設(shè)立了數(shù)學(xué)、物理、化學(xué)、農(nóng)業(yè)等分院。
朱厚照心里核算著，再有差不多五年時間應(yīng)該有不少的學(xué)生踏入西山學(xué)院學(xué)習(xí)研究，到時候才是明朝開始發(fā)力的時刻，自己是不是掛個學(xué)院的院長名分呢？朱厚照想了想，隨后又放棄了這個年頭，現(xiàn)在由于朝廷從上到下的改革，朱厚照每天愈加繁忙，除了處理政務(wù)，朱厚照每天還堅持編寫高等數(shù)學(xué)、物理、化學(xué)等高級教材，每天忙得不可開交，五年后估計會更忙，到時應(yīng)該收復(fù)日本了吧？
朝鮮王宮旁邊的軍營校場，王守仁看著眼前瘦弱的朝鮮士兵，站姿勉強還過得去，朝鮮士兵對于明朝官兵的到來沒有什么排外的情緒，反倒是朝鮮軍隊的將軍頗有不滿，言辭之間充滿敵意。
王守仁當(dāng)即宣布：“從今天起，明朝將在朝鮮設(shè)立朝鮮戰(zhàn)區(qū)，任命本人為朝鮮戰(zhàn)區(qū)的最高指揮使，由本人負(fù)責(zé)朝鮮戰(zhàn)區(qū)所有軍隊的訓(xùn)練和作戰(zhàn)。為了增加你們的作戰(zhàn)能力，所以在未來一個月內(nèi)，將由我們對你們進行訓(xùn)練，訓(xùn)練結(jié)束進行考核，如果考核不過關(guān)就會被淘汰，發(fā)放退伍軍餉；如果考核過關(guān)就列入明朝軍隊，每個月軍餉按照明朝士兵執(zhí)行，由明朝負(fù)責(zé)軍餉的發(fā)放”。
朝鮮士兵本來挺沒有精神的，一聽到以后將由明朝發(fā)放軍餉，全都喜形于色。在朝鮮當(dāng)兵三餐都吃不飽，加上層層盤剝，到手的軍餉不過區(qū)區(qū)一兩銀子。王守仁示意傳令官揮動令旗，從京城來的三千士兵整齊劃一的喊著口號走進校場，個個士兵身材壯實，站姿挺拔，精氣神與朝鮮士兵形成鮮明的對比，從朝鮮士兵的眼中，投射出羨慕的目光。
王守仁轉(zhuǎn)身對朝鮮的將軍說：“朝鮮軍隊上下都要重新整編，你們也要參加訓(xùn)練，不達(dá)標(biāo)就自己退伍，軍隊不養(yǎng)閑人”。
那些將軍臉色更為難堪，開什么玩笑，讓我等和那些下等士兵一起訓(xùn)練，我們還要不要臉啊，其中一位將軍走出來說：“王將軍，請恕末將無法答應(yīng)”。
王守仁問道：“為何？因為你們是有身份的將軍”？
那個將軍很坦然嗯了一聲，“是的，我們是朝鮮的貴族”。
貴族？王守仁的笑容充滿蔑視，語氣極為諷刺：“我父親不止是狀元，還是現(xiàn)任明朝內(nèi)閣閣老之一，我是弘治十二年的科舉狀元，現(xiàn)已是明朝西山軍校的校長，我尚且還要與士兵同吃同住，你一個屬國的貴族算什么，在這里擺什么譜，不愿意參加訓(xùn)練就退伍”。
那位將軍重重的哼了一聲，拂袖而去，剩余的將軍互相看了看，向王守仁拱手告退，跟隨那位將軍離去。王守仁轉(zhuǎn)身對朝鮮士兵說：“還有誰想走的，現(xiàn)在可以走，本官絕不阻攔”。陸陸續(xù)續(xù)有些士兵走了出來，王守仁打量了一下，相較于其他士兵，這些士兵較為壯實，看情形應(yīng)是之前那些將軍的心腹或是家將。
林俊在政務(wù)上也遇到了大麻煩，現(xiàn)在朝鮮官員幾乎都是勛貴家族的人，林俊想按照明朝的新體制設(shè)置朝鮮省府，這也是臨行前朱厚照的示意，算是新體制的踐行。林俊剛剛提出這個構(gòu)想，立刻引起了反彈。
不少朝鮮官員甚至放話，若是天朝上國敢改變朝鮮架構(gòu)，寧愿請辭也不愿為官。這一天，林俊召集了明朝跟過來的官員，林俊雙眼通紅，他已經(jīng)兩天沒怎么合眼了，把遇到的問題告知眾人后，一些明朝官員考慮到朝鮮的安穩(wěn)，建議林俊延緩體制變革，畢竟朝鮮不同于明朝，誰知道中途會遇上什么阻力，支持這一觀點的明朝官員不在少數(shù)，只有王守仁、唐伯虎等西山出來的官員表示不能受到勛貴家族的恐嚇，堅決執(zhí)行朝廷的策略，確保朝鮮收于掌中。
林俊考慮了很久，終究下定決心，若是這一步忍讓，下一步很難再去實施，就像明朝的體制改革和科舉改革，只要朝廷退一步，以后要退無數(shù)步，最終還是由朝鮮的勛貴家族把持朝政，這不是朝廷想要的結(jié)果。想通這點后，林俊冷笑一聲：“我們不可以妥協(xié)，這是陛下臨行之前給本官的任務(wù)，他們要請辭就同意他們的請辭，本官現(xiàn)在立刻寫奏章，請求朝廷派遣官員到朝鮮，哼，他們不想做官，大明朝可還有很多人沒法做官呢，按照本官說的去做，一切后果由本官承擔(dān)”。
“伯虎，辛苦你回京師一趟，一定要向陛下稟明朝鮮官場的現(xiàn)狀，這些勛貴家族是在要挾朝廷呢，除了派遣官員外，希望陛下也能派遣一下工匠到朝鮮，本官打算修路。另外防止朝鮮勛貴家族使壞，保證朝鮮的糧食供應(yīng)，請求朝廷撥付三千石的糧食支援”。
“大人，還需朝廷調(diào)動遼東戰(zhàn)區(qū)的士兵，至少需要一萬人，還要一萬支擊發(fā)槍和相應(yīng)的彈藥，才能確保朝鮮的安全和釜山港的建設(shè)”，王守仁在一旁提醒。林俊點點頭，涉及家族利益和生死，朝鮮勛貴家族肯定不會善罷甘休，即使再發(fā)生一次李?勾結(jié)倭寇弒殺大臣的事也不足為奇。
現(xiàn)在由西山過來的士兵只有區(qū)區(qū)三千人，雖然士兵訓(xùn)練有素、裝備精良，但畢竟不是國內(nèi)，若是朝鮮勛貴家族一意孤行，這點人根本無法保護眾人。林俊說：“伯安提醒的對，此事不可疏忽大意，伯安，調(diào)動五百人護送伯虎回去一趟，事情緊急，伯虎馬上出發(fā)吧”。
林俊安排唐伯虎回去是有深意的，首先唐伯虎可以說是天子門生，另外唐伯虎在陛下還是太子時就開始跟隨，與陛下的感情天然親近，由他開口索要物資和人員，再者陛下對朝鮮事務(wù)非常看重，把王守仁和唐伯虎都派到朝鮮來除了鍛煉他們，還有一個重要的原因就是為他們以后的升職積累經(jīng)歷。
唐伯虎也知道事情緊急，抱了抱拳沒有二話就告辭了。林俊拉住王守仁，輕聲說：“伯安，這段時間辛苦你，加強這里的防守，一定要確保我們的安全，那些勛貴家族失去了作威作福的權(quán)利，肯定不會善罷甘休，為防他們狗急跳墻，我們還是要提高警惕”。